本发明专利技术提供了用于鸭颈长性状筛选的微卫星标记、其检测试剂盒及应用，本发明专利技术微卫星标记，是引物对ＳＥＱ?ＩＤ?Ｎｏ．２＆３的扩增产物，其优势基因型如ＳＥＱ?ＩＤ?Ｎｏ．１所示。本发明专利技术微卫星标记及试剂盒可用于鸭的辅助育种，快速准确的辅助筛选，具有早期筛选、节省时间、成本低廉、准确性高的优点。
【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及分子生物学
，具体涉及鸭颈长性状筛选的微卫星标记、其检 测试剂盒及应用。
技术介绍
广义的分子标记是指可遗传的并可检测的DNA序列或蛋白质。分子标记是以个体 间遗传物质内核苷酸序列变异为基础的遗传标记，是DNA水平遗传多态性的直接反映。与 其他几种遗传标记一形态学标记、生物化学标记、细胞学标记相比，DNA分子标记具有的优 越性有大多数分子标记为共显性，对隐性性状的选择十分便利；基因组变异极其丰富，分 子标记的数量几乎是无限的；在生物发育的不同阶段，不同组织的DNA都可用于标记分析； 分子标记揭示来自DNA的变异；表现为中性，不影响目标性状的表达，与不良性状无连锁； 检测手段简单、迅速。微卫星DNA(Microsatellite DNA)是近几年发展起来的一种新的分子标记。微卫 星又称为简单序列重复(Simple Sequence Repeats, SSR)，一般由1-6个核苷酸重复序列 所构成的核心序列与其两侧的侧翼序列构成。每个微卫星标记的微卫星DNA片段的重复数 约为几次到几十次。微卫星DNA序列存在于几乎所有真核生物的基因组中，基因的间隔区和内含子以 及外显子和调控区均有微卫星的分布(黄海根，1995)。有文献报道，在染色体中除着丝粒 及端粒区域外，其它区域均广泛散在分布有微卫星位点(Winter et al.，1992)。不同物种 中，微卫星序列的含量各不相同，真核生物平均每50-150kb就存在一个微卫星位点(Tautz et al.，1989)，人类基因组中每间隔6kb存在一个微卫星位点，鸟类基因组中则每间隔 20-39kb存在一个微卫星位点(Primer etal.，1997)。并且各种微卫星序列的丰度在不同 物种中也各不相同。例如，在人类及哺乳类动物基因组中，最丰富的微卫星序列是(AC)n; 而在植物基因组中则以(AT)n最多(Wang et al.，1994)。在真核生物基因组中，二核苷酸 微卫星序列最为丰富，三核苷酸微卫星的序列含量比二核苷酸微卫星序列大约低10倍，而 四核苷酸微卫星的微卫星序列则相对较少(Ma et al.，1996)。微卫星的核心序列一般不转录，因为这些极其简单的核苷酸顺序上缺少转录所必 需的启动子。侧翼序列使某一微卫星特异定位在染色体的一定位置，核心序列重复数的差 异是形成微卫星多态性的基础，由于不表达的序列不受选择压力，因而它们的演化比表达 的序列快得多，以至于在一个品种内能够积累出显著数目的序列多态性。与其它分子标记相比，微卫星标记具有以下特点(1)广泛随机分布于真核生物 基因组中，外显子和内含子皆有分布；(2)可根据微卫星两侧的保守性侧翼序列设计引物， 通过PCR扩增检测其多态性；(3)高度多态，信息含量高；(4)进化上分离时间短的物种间 微卫星侧翼序列保守性较高，如Reed等用鸡的特异性微卫星引物扩增火鸡基因组，54%的 引物具有PCR扩增产物(Reed et al.，2000) ； (5)共显性遗传；(6)微卫星的序列一般较 短，即使是部分降解的DNA也可能有足够用来扩增的微卫星序列，这一点更优于RAPD和更3长目的基因序列的VNTR，因而在古DNA的研究及法医学鉴定中具有重要的应用价值；(7)随 着毛细管电泳技术及相关技术的发展，全自动化的大规模基因型分析已成为可能。因而，自 1974年Skirmer等首先发现微卫星以来(Skinner et al.，1974)，该标记被广泛应用于生 物进化、遗传学鉴定、种质资源分析及遗传图谱的构建、功能基因和数量性状的定位等研究 (张天真等，2001 ；樊斌，1999 ；况少青，1997 ;Heyen et al.，1997，Schnabel et al. ,2000, Rosenberg et al.,2001)o家畜的体型外貌不仅是一定生产力的直接表征，而且也是发育情况、健康状况和 结实度的外表反映，在育种工作中有着极其重要的意义。通过体尺测量，可以鉴定品种特征 和个体间的差异，判断家畜的生产力和经济价值，估计家畜的生物学效率。而颈长性状作为 体尺性状中的重要一项，是畜牧业生产中重要的经济性状之一，也是鸭品种选育中的重要 指标。利用微卫星标记与某些功能基因或QTL间的连锁关系，可将一些功能基因或QTL 定位在染色体或连锁群中。特别在数量性状基因位点的定位上，微卫星标记有望将控制家 禽某一数量性状的微效多基因剖分成不同的QTL，并将它们一一定位到染色体上，通过分析 各QTL的效应和互作关系，可能将发现更多的新结构基因和功能基因，或许对数量性状的 研究也有所突破。
技术实现思路
本专利技术的目的是提供一种用于鸭颈长性状筛选的微卫星标记、其检测试剂盒及应用。本专利技术利用已构建的鸭微卫星富集文库和遗传图谱，进行颈长性状标记-QTL的 定位。在构建的遗传图谱基础上，应用包含在16个连锁群的85个多态标记信息，利用Haley 回归区间定位法对F2资源群进行颈长性状的标记-QTL区间分析，进行QTL检测和效应估 计。所有的分析在http://latte. cap. ed. ac. uk网站通过在线进行。分析采用固定模型， 考虑家系、性别、批次三个固定效应，颈长性状用体斜长为协变量。模型见公式y = μ+P(QlM) +e其中μ为群体平均数；P(Q|M)为已知标记基因型时，QTL标记基因型的概率；Cai为群体中第i个个体在给定座位的加性组分的回归系数；A为QTL的加性效应；Cdi为群体中第i个个体在给定座位的显性组分的回归系数；D为QTL的显性效应；e为残差效应。结果发现，由引物SEQ ID No. 2&3标志的QTL显著作用于7周龄的颈长。进而，本 专利技术提供用于鸭颈长性状筛选的微卫星标记，其核苷酸序列如SEQ ID No. 1所示。本专利技术进一步提供用于扩增权利要求1所述微卫星标记的引物。在本专利技术优选的 实施方案中所述引物序列为Pf GAAAGAATGAGTTAAAAAGGCA,Pr :TGAGGCTTAATTGGTGGACA。4进一步，本专利技术还提供含有上述引物的试剂盒。该试剂盒还进一步包括以下试剂 中的一种或多种PCR缓冲液、Mg2+、DNA聚合酶、dNTPs。本专利技术微卫星标记及试剂盒可用于鸭的辅助育种，快速准确的辅助筛选，具有早 期筛选、节省时间、成本低廉、准确性高的优点。具体实施例方式以下的实施例便于更好地理解本专利技术，但并不限定本专利技术。下述实施例中的实验 方法，如无特殊说明，均为常规方法。下述实施例中所用的试验材料，如无特殊说明，均为自 常规生化试剂商店购买得到的。下述实施例中的％，如无特殊说明，均为质量百分含量。CAU资源家系由中国农业大学李宁教授课题组建立的用于定位研究影响鸭重要 经济性状QTL、寻找克隆主效基因的F2杂交实验群体，亲本为北京鸭。实施例1、鸭颈长性状的QTL定位在CAU资源家系中测定F2代个体7周龄的颈长及体斜长，以体斜长为协变量进行 QTL回归区间定位分析，显著性均为Chromosome wide的显著水平。模型见公式y = μ +P (Q | M) +e其中μ为群体平均数；P(Q|M)为已知标记基因型时，QTL标记基因型的概率；Cai为群体中第i个个体在给定座位本文档来自技高网...
【技术保护点】
用于鸭颈长性状筛选的微卫星标记，其为以下引物的扩增产物： Ｐｆ：ＧＡＡＡＧＡＡＴＧＡＧＴＴＡＡＡＡＡＧＧＣＡ， Ｐｒ：ＴＧＡＧＧＣＴＴＡＡＴＴＧＧＴＧＧＡＣＡ。
【技术特征摘要】
【专利技术属性】
技术研发人员：李宁，黄银花，吴非，
申请(专利权)人：李宁，
类型：发明
国别省市：11[中国|北京]
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