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【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于核酸检测,尤其是涉及一种基于crispr-cas13蛋白的病毒rna电学检测模块及应用。
技术介绍
1、对碱基序列及其突变的精确识别是目前精准医疗的核心要素之一,例如在流行病防控中,对呼吸道提取物中的病原体进行核酸序列分析,仍是在人群中诊断病毒种类的最有效方法。此外随着时间演变,病毒毒株将由于碱基突变而产生不同的亚种,导致其传播速度与免疫逃逸能力都呈现较大差异。因此对于病毒防控与临床医疗而言,如何对目标核酸序列进行快速且准确的检测将尤为重要。
2、crispr(规律间隔成簇短回文重复序列)源自细菌的免疫系统,其cas蛋白可与引导核苷酸链相结合,从而实现对目标核酸序列的特异性识别与编辑。目前已成功开发出基于crispr的核酸检测平台,其原理大多为利用crispr-cas蛋白的协同剪切效应,对带有荧光基团的报告分子进行切割,从而利用荧光信号强弱来实现间接检测(cn 113373264 b)。然而这些方法大部分需要复杂的光学仪器,也不可避免地涉及扩增技术,这使得操作流程变的冗长,并增加了样本污染的风险。同一时期,二维场效应晶体管器件在传感领域的应用也得到了飞速发展,借助导电沟道中二维材料原子级别的厚度,器件能对外界环境变化做出实时,灵敏的反馈。
3、近年有团队将cas9蛋白修饰到石墨烯晶体管,识别了人体基因组dna的碱基突变(nat.biomed.eng.2021,5,713-725)。然而cas9蛋白只能特异性靶定双链dna,这种晶体管无法实现对病毒rna分子的直接检测,另外其检出限为1.7飞摩
4、综上所述,尽管在rna检测中crispr-cas技术已经开发出了许多不同的检测方法,但这些检测方法要么需要扩增或逆转录等过程而易导致样本污染,要么需额外引入荧光报告分子或寡聚rna分子。因此开发一种可简单快速地检测目标rna分子、无需扩增并有成本优势的rna检测平台,将具有重要的医疗临床意义。
技术实现思路
1、为了克服现有技术中存在的问题,本专利技术目的在于提供一种基于crispr-cas13蛋白的病毒rna电学检测模块及应用。
2、本专利技术提供的方法结合了crispr-cas13蛋白与晶体管技术,通过晶体管电信号变化来判断样本是否含有目标病毒核酸。该方法无需荧光等物质进行标记,无需引入其他寡聚rna分子,且无需扩增。平均检测时间为5~15分钟,检出限为1阿摩尔每升(1×10-18摩尔/升)。
3、本专利技术的目的可以通过以下技术方案来实现:
4、本专利技术首先提供一种基于crispr-cas13蛋白的病毒rna电学检测模块,该模块包括:
5、绝缘基底;
6、设置在所述绝缘基底上的源极和漏极;
7、设置在所述绝缘基底上并位于所述源极和漏极之间的半导体薄膜;
8、与半导体薄膜相连的cas13-grna探针,其中cas13蛋白通过共价键或范德华力与半导体薄膜表面相连,向导rna(grna)则结合cas13蛋白形成复合物;
9、其中,半导体薄膜在源极与漏极之间形成有导电沟道,在绝缘基底上有进样槽并使进样槽内含半导体薄膜表面。
10、在本专利技术的一个实施方式中,所述绝缘基底选自二氧化硅/硅基底、石英或聚合物薄膜。
11、在本专利技术的一个实施方式中,所述源极和漏极为金属材料,选自金、铜、银、铬、铝等中的一种或几种的组合,所述源极和漏极的厚度为10~100纳米。
12、在本专利技术的一个实施方式中,所述半导体薄膜选自石墨烯、二维过渡金属硫属化合物、硅或黑磷。
13、在本专利技术的一个实施方式中,所述cas13蛋白为常间回文重复序列丛集/常间回文重复序列丛集关联蛋白系统(crispr/cas)中的vi类蛋白,其可与引导rna结合实现对核酸的特异性识别。所述cas13蛋白源自以下物种:leptotrichia wadei(瓦氏纤毛菌),porphyromonas gulae(古卟啉单胞菌),lachnospiraceae bacterium(毛螺菌),ruminoccocus flavefaciens(瘤胃球菌),eubacterium siraeum(惰性真杆菌),prevotella bacterium(普雷沃氏菌)。
14、在本专利技术的一个实施方式中,所述grna是长度为35~60个碱基的寡核苷酸链,其可与cas13蛋白结合生成二元复合物,并引导cas13蛋白靶向目标rna分子。
15、在本专利技术的一个实施方式中,所述病毒为rna病毒,选自流感病毒、肝炎病毒、鼻病毒、冠状病毒、艾滋病病毒和2019新型冠状病毒。
16、本专利技术进一步提供所述基于crispr-cas13蛋白的病毒rna电学检测模块的制备方法,包括以下步骤:
17、步骤1、在绝缘基底上加工电极,所述电极包括源极和漏极;
18、步骤2、在绝缘基底上沉积半导体薄膜,利用光刻技术对半导体薄膜材料进行刻蚀,使图案化后的半导体薄膜作为导电沟道连接源极与漏极,得到待修饰器件;
19、步骤3、在待修饰器件的半导体薄膜沟道表面修饰连接分子;
20、步骤4、在连接分子上连接cas13蛋白,形成修饰有cas13蛋白的半导体薄膜表面;
21、步骤5、将靶向目标分析物的grna引入修饰有cas13蛋白的半导体薄膜表面,使grna转载到cas13蛋白上,制备cas13-grna探针;
22、步骤6、在绝缘基底上安装进样槽并使其内含半导体薄膜表面,得到所述基于crispr-cas13蛋白的病毒rna电学检测模块。
...
【技术保护点】
1.一种基于CRISPR-Cas13蛋白的病毒RNA电学检测模块,其特征在于,该模块包括:
2.根据权利要求1所述的一种基于CRISPR-Cas13蛋白的病毒RNA电学检测模块,其特征在于,所述绝缘基底选自二氧化硅/硅基底、石英或聚合物薄膜;
3.根据权利要求1所述的一种基于CRISPR-Cas13蛋白的病毒RNA电学检测模块,其特征在于,所述Cas13蛋白为常间回文重复序列丛集/常间回文重复序列丛集关联蛋白系统(CRISPR/Cas)中的VI类蛋白,其可与引导RNA结合实现对核酸的特异性识别;
4.根据权利要求1所述的一种基于CRISPR-Cas13蛋白的病毒RNA电学检测模块,其特征在于,所述gRNA为引导RNA,是长度为35~60个碱基的寡核苷酸链,其可与Cas13蛋白结合生成二元复合物,并引导Cas13蛋白靶向目标RNA分子。
5.权利要求1-4中任一项所述基于CRISPR-Cas13蛋白的病毒RNA电学检测模块的制备方法,其特征在于,包括以下步骤:
6.根据权利要求5所述基于CRISPR-Cas13蛋白的病毒R
7.一种基于CRISPR-Cas13蛋白的病毒RNA电学检测方法,其特征在于,该方法包括以下步骤:
8.根据权利要求7所述基于CRISPR-Cas13蛋白的病毒RNA电学检测方法,其特征在于,步骤B中热处理的方式为将样本置于恒温摇床,温度设置范围为55~95℃,振荡至少30分钟;病毒裂解液处理的方式为将样本置于灭活型病毒保存液中,处理5~15分钟。
9.根据权利要求7所述基于CRISPR-Cas13蛋白的病毒RNA电学检测方法,其特征在于,步骤C中,RNA样本测试所需的外界环境温度为15~60℃。
10.根据权利要求7所述基于CRISPR-Cas13蛋白的病毒RNA电学检测方法,其特征在于,步骤C中,RNA样本检测按电流-时间检测模式或电流-栅压检测模式进行;
...【技术特征摘要】
1.一种基于crispr-cas13蛋白的病毒rna电学检测模块,其特征在于,该模块包括:
2.根据权利要求1所述的一种基于crispr-cas13蛋白的病毒rna电学检测模块,其特征在于,所述绝缘基底选自二氧化硅/硅基底、石英或聚合物薄膜;
3.根据权利要求1所述的一种基于crispr-cas13蛋白的病毒rna电学检测模块,其特征在于,所述cas13蛋白为常间回文重复序列丛集/常间回文重复序列丛集关联蛋白系统(crispr/cas)中的vi类蛋白,其可与引导rna结合实现对核酸的特异性识别;
4.根据权利要求1所述的一种基于crispr-cas13蛋白的病毒rna电学检测模块,其特征在于,所述grna为引导rna,是长度为35~60个碱基的寡核苷酸链,其可与cas13蛋白结合生成二元复合物,并引导cas13蛋白靶向目标rna分子。
5.权利要求1-4中任一项所述基于crispr-cas13蛋白的病毒rna电学检测模块的制备方法,其特征在于,包括以下步...
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