System.ArgumentOutOfRangeException: 索引和长度必须引用该字符串内的位置。 参数名: length 在 System.String.Substring(Int32 startIndex, Int32 length) 在 zhuanliShow.Bind() 一种基于CRISPR-Cas13蛋白的病毒RNA电学检测模块及应用制造技术_技高网
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一种基于CRISPR-Cas13蛋白的病毒RNA电学检测模块及应用制造技术

技术编号:40541213 阅读:4 留言:0更新日期:2024-03-05 18:57
本发明专利技术涉及一种基于CRISPR‑Cas13蛋白的病毒RNA电学检测模块及应用。本发明专利技术的RNA电学检测模块包括:绝缘基底;设置在所述绝缘基底上的源极和漏极;设置在所述绝缘基底上并位于所述源极和漏极之间的半导体薄膜;与半导体薄膜相连的Cas13‑gRNA探针,其中Cas13蛋白通过共价键或范德华力与半导体薄膜表面相连,gRNA则结合Cas13蛋白形成复合物;其中,半导体薄膜在源极与漏极之间形成导电沟道,在绝缘基底上有进样槽并使进样槽内含半导体薄膜表面。检测时,将该检测模块与电学测试仪器相连,在进样槽中滴加待测样本溶液,通过电信号变化以判断样本中是否存在目标RNA分子。本发明专利技术结合了CRISPR‑Cas13蛋白与晶体管技术,成功实现了对目标RNA分子的即时、精准反馈。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术属于核酸检测,尤其是涉及一种基于crispr-cas13蛋白的病毒rna电学检测模块及应用。


技术介绍

1、对碱基序列及其突变的精确识别是目前精准医疗的核心要素之一,例如在流行病防控中,对呼吸道提取物中的病原体进行核酸序列分析,仍是在人群中诊断病毒种类的最有效方法。此外随着时间演变,病毒毒株将由于碱基突变而产生不同的亚种,导致其传播速度与免疫逃逸能力都呈现较大差异。因此对于病毒防控与临床医疗而言,如何对目标核酸序列进行快速且准确的检测将尤为重要。

2、crispr(规律间隔成簇短回文重复序列)源自细菌的免疫系统,其cas蛋白可与引导核苷酸链相结合,从而实现对目标核酸序列的特异性识别与编辑。目前已成功开发出基于crispr的核酸检测平台,其原理大多为利用crispr-cas蛋白的协同剪切效应,对带有荧光基团的报告分子进行切割,从而利用荧光信号强弱来实现间接检测(cn 113373264 b)。然而这些方法大部分需要复杂的光学仪器,也不可避免地涉及扩增技术,这使得操作流程变的冗长,并增加了样本污染的风险。同一时期,二维场效应晶体管器件在传感领域的应用也得到了飞速发展,借助导电沟道中二维材料原子级别的厚度,器件能对外界环境变化做出实时,灵敏的反馈。

3、近年有团队将cas9蛋白修饰到石墨烯晶体管,识别了人体基因组dna的碱基突变(nat.biomed.eng.2021,5,713-725)。然而cas9蛋白只能特异性靶定双链dna,这种晶体管无法实现对病毒rna分子的直接检测,另外其检出限为1.7飞摩尔,灵敏度有待提升。此外也有报告,通过在试管中将cas13-grna探针与目标核酸分子结合,以激活蛋白的协同剪切效应,并在石墨烯晶体管的沟道表面固定有负电性的寡聚rna分子。当滴入激活后的蛋白酶溶液时,修饰的负电性rna分子将因被切割而扩散到溶液中,产生电信号响应(angew.chem.int.ed.2022,e202203826)。但是这种cas13蛋白非直接修饰在晶体管表面的策略,未充分利用晶体管器件在灵敏度上的潜力。同时这种策略除了引导rna外仍需额外引入其他寡聚rna分子,当非靶向的核酸分子意外激活蛋白的剪切效应时,仍会使器件产生较大响应,其特异性面临着较大挑战。目前据我们所知,并未见报道通过将cas13蛋白直接修饰到石墨烯晶体管表面来识别rna序列。因为一方面,cas13蛋白在靶定目标rna的同时也会将该rna剪切,难以实现靶标物在器件表面的有效聚集。而如果修饰剪切活性缺失的cas13蛋白(dcas13),则器件对于rna的捕获速率会受到不利影响(adv.sci.2021,8,2004685)。另一方面,当cas13蛋白直接修饰到石墨烯表面后,需要在确保cas13蛋白活性的情况下,在晶体管器件内对蛋白-石墨烯复合体进行系列修饰。因此这种策略对cas13蛋白的种类以及各阶段的修饰条件提出了严格的要求。

4、综上所述,尽管在rna检测中crispr-cas技术已经开发出了许多不同的检测方法,但这些检测方法要么需要扩增或逆转录等过程而易导致样本污染,要么需额外引入荧光报告分子或寡聚rna分子。因此开发一种可简单快速地检测目标rna分子、无需扩增并有成本优势的rna检测平台,将具有重要的医疗临床意义。


技术实现思路

1、为了克服现有技术中存在的问题,本专利技术目的在于提供一种基于crispr-cas13蛋白的病毒rna电学检测模块及应用。

2、本专利技术提供的方法结合了crispr-cas13蛋白与晶体管技术,通过晶体管电信号变化来判断样本是否含有目标病毒核酸。该方法无需荧光等物质进行标记,无需引入其他寡聚rna分子,且无需扩增。平均检测时间为5~15分钟,检出限为1阿摩尔每升(1×10-18摩尔/升)。

3、本专利技术的目的可以通过以下技术方案来实现:

4、本专利技术首先提供一种基于crispr-cas13蛋白的病毒rna电学检测模块,该模块包括:

5、绝缘基底;

6、设置在所述绝缘基底上的源极和漏极;

7、设置在所述绝缘基底上并位于所述源极和漏极之间的半导体薄膜;

8、与半导体薄膜相连的cas13-grna探针,其中cas13蛋白通过共价键或范德华力与半导体薄膜表面相连,向导rna(grna)则结合cas13蛋白形成复合物;

9、其中,半导体薄膜在源极与漏极之间形成有导电沟道,在绝缘基底上有进样槽并使进样槽内含半导体薄膜表面。

10、在本专利技术的一个实施方式中,所述绝缘基底选自二氧化硅/硅基底、石英或聚合物薄膜。

11、在本专利技术的一个实施方式中,所述源极和漏极为金属材料,选自金、铜、银、铬、铝等中的一种或几种的组合,所述源极和漏极的厚度为10~100纳米。

12、在本专利技术的一个实施方式中,所述半导体薄膜选自石墨烯、二维过渡金属硫属化合物、硅或黑磷。

13、在本专利技术的一个实施方式中,所述cas13蛋白为常间回文重复序列丛集/常间回文重复序列丛集关联蛋白系统(crispr/cas)中的vi类蛋白,其可与引导rna结合实现对核酸的特异性识别。所述cas13蛋白源自以下物种:leptotrichia wadei(瓦氏纤毛菌),porphyromonas gulae(古卟啉单胞菌),lachnospiraceae bacterium(毛螺菌),ruminoccocus flavefaciens(瘤胃球菌),eubacterium siraeum(惰性真杆菌),prevotella bacterium(普雷沃氏菌)。

14、在本专利技术的一个实施方式中,所述grna是长度为35~60个碱基的寡核苷酸链,其可与cas13蛋白结合生成二元复合物,并引导cas13蛋白靶向目标rna分子。

15、在本专利技术的一个实施方式中,所述病毒为rna病毒,选自流感病毒、肝炎病毒、鼻病毒、冠状病毒、艾滋病病毒和2019新型冠状病毒。

16、本专利技术进一步提供所述基于crispr-cas13蛋白的病毒rna电学检测模块的制备方法,包括以下步骤:

17、步骤1、在绝缘基底上加工电极,所述电极包括源极和漏极;

18、步骤2、在绝缘基底上沉积半导体薄膜,利用光刻技术对半导体薄膜材料进行刻蚀,使图案化后的半导体薄膜作为导电沟道连接源极与漏极,得到待修饰器件;

19、步骤3、在待修饰器件的半导体薄膜沟道表面修饰连接分子;

20、步骤4、在连接分子上连接cas13蛋白,形成修饰有cas13蛋白的半导体薄膜表面;

21、步骤5、将靶向目标分析物的grna引入修饰有cas13蛋白的半导体薄膜表面,使grna转载到cas13蛋白上,制备cas13-grna探针;

22、步骤6、在绝缘基底上安装进样槽并使其内含半导体薄膜表面,得到所述基于crispr-cas13蛋白的病毒rna电学检测模块。

...

【技术保护点】

1.一种基于CRISPR-Cas13蛋白的病毒RNA电学检测模块,其特征在于,该模块包括:

2.根据权利要求1所述的一种基于CRISPR-Cas13蛋白的病毒RNA电学检测模块,其特征在于,所述绝缘基底选自二氧化硅/硅基底、石英或聚合物薄膜;

3.根据权利要求1所述的一种基于CRISPR-Cas13蛋白的病毒RNA电学检测模块,其特征在于,所述Cas13蛋白为常间回文重复序列丛集/常间回文重复序列丛集关联蛋白系统(CRISPR/Cas)中的VI类蛋白,其可与引导RNA结合实现对核酸的特异性识别;

4.根据权利要求1所述的一种基于CRISPR-Cas13蛋白的病毒RNA电学检测模块,其特征在于,所述gRNA为引导RNA,是长度为35~60个碱基的寡核苷酸链,其可与Cas13蛋白结合生成二元复合物,并引导Cas13蛋白靶向目标RNA分子。

5.权利要求1-4中任一项所述基于CRISPR-Cas13蛋白的病毒RNA电学检测模块的制备方法,其特征在于,包括以下步骤:

6.根据权利要求5所述基于CRISPR-Cas13蛋白的病毒RNA电学检测模块的制备方法,其特征在于,步骤3中修饰连接分子的原理包括:π-π堆积作用、氢键结合、静电吸引,共价键;

7.一种基于CRISPR-Cas13蛋白的病毒RNA电学检测方法,其特征在于,该方法包括以下步骤:

8.根据权利要求7所述基于CRISPR-Cas13蛋白的病毒RNA电学检测方法,其特征在于,步骤B中热处理的方式为将样本置于恒温摇床,温度设置范围为55~95℃,振荡至少30分钟;病毒裂解液处理的方式为将样本置于灭活型病毒保存液中,处理5~15分钟。

9.根据权利要求7所述基于CRISPR-Cas13蛋白的病毒RNA电学检测方法,其特征在于,步骤C中,RNA样本测试所需的外界环境温度为15~60℃。

10.根据权利要求7所述基于CRISPR-Cas13蛋白的病毒RNA电学检测方法,其特征在于,步骤C中,RNA样本检测按电流-时间检测模式或电流-栅压检测模式进行;

...

【技术特征摘要】

1.一种基于crispr-cas13蛋白的病毒rna电学检测模块,其特征在于,该模块包括:

2.根据权利要求1所述的一种基于crispr-cas13蛋白的病毒rna电学检测模块,其特征在于,所述绝缘基底选自二氧化硅/硅基底、石英或聚合物薄膜;

3.根据权利要求1所述的一种基于crispr-cas13蛋白的病毒rna电学检测模块,其特征在于,所述cas13蛋白为常间回文重复序列丛集/常间回文重复序列丛集关联蛋白系统(crispr/cas)中的vi类蛋白,其可与引导rna结合实现对核酸的特异性识别;

4.根据权利要求1所述的一种基于crispr-cas13蛋白的病毒rna电学检测模块,其特征在于,所述grna为引导rna,是长度为35~60个碱基的寡核苷酸链,其可与cas13蛋白结合生成二元复合物,并引导cas13蛋白靶向目标rna分子。

5.权利要求1-4中任一项所述基于crispr-cas13蛋白的病毒rna电学检测模块的制备方法,其特征在于,包括以下步...

【专利技术属性】
技术研发人员:魏大程马泓文捷孔德荣
申请(专利权)人:复旦大学
类型:发明
国别省市:

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