【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于临床医学，具体涉及检测克罗恩病遗传易感基因位点组突变情况的试剂的应用。
技术介绍
1、炎症性肠病(inflammatory bowel disease,ibd)包括克罗恩病(crohn’sdisease,cd)和溃疡性结肠炎(ulcerative colitis,uc)，是发生在胃肠道病因不明且反复发作的慢性非特异性炎症性疾病。其发病原因和机制仍不清楚，可能与基因易感、肠黏膜屏障受损、黏膜组织内固有性和获得性免疫应答异常、肠道微生态失衡及外界环境因素刺激等有关。cd临床症状主要表现为腹痛、腹泻、腹部包块、肛周瘘管等，病变呈多节段、跳跃式分布，常导致肠梗阻、狭窄、穿孔等，造成严重的肠道致残。由于其病情反复、迁延不愈，中青年发病率逐年增加，临床缺乏灵敏的早期诊断方法以及有效的治疗手段等特点，给个人、家庭及社会带来了沉重的负担，所以又被称为“绿色癌症”。目前学者认为cd主要是发生在基因易感人群在特定环境下肠道黏膜免疫系统对肠道微生物抗原产生过激的免疫应答反应，引起肠黏膜炎症损伤。随着饮食结构和生活方式的改变，我国cd发病人数呈持续上升趋势，因此，对国人cd发病机制和临床防治研究意义重大。
2、近年来随着ibd全基因组关联研究(genome-wide association study，gwas)的迅速发展，已发现了320个与ibd发病相关的易感基因位点。ibd是一种复杂的多基因疾病，其易感性涉及多个基因位点，且有着显著的种族差异性，有关基因型与临床表型的研究也有很多报道，但是与临床药物治疗方案有效性相关的基因
3、随着遗传学研究的临床应用，使学者们能够更好地阐明ibd的发病机制，预测疾病风险、疾病行为和分型、结肠炎相关癌变发生、药物遴选和不良反应发生、疾病预后转归等。已有研究显示，cd患者可以根据nod2、主要组织相容性复合体(major histocompatibilitycomplex，mhc)、巨噬细胞刺激蛋白1(macrophage stimulating 1，mst1)这3种变异基因将克罗恩病分为回肠病变型、结肠病变型、回结肠病变型3种表型。且随后研究发现，nod2也是在克罗恩病的发病过程中起关键作用的危险因素，其突变也与特定的疾病状态(如回盲部疾病、回盲部切除和肛周疾病)相关。nod2基因突变患者的治疗药物监测也显示，与nod2基因无突变的患者相比，突变患者可能需要更高剂量的抗肿瘤坏死因子药物才能确保足够的药物治疗效果。在我国人群中的研究也证实，核苷酸焦磷酸酶15(nudix hydrolase 15，nudt15)变异(p.arg139cys、p.val18ile和p.val18_val19insglyval)是硫代嘌呤引起的白细胞减少症的危险因素，联合检测这3个变异可以提高对硫代嘌呤引起的白细胞减少症的预测敏感性，并有助于区分杂合子中的早期白细胞减少症。因此，在我国ibd患者开始服用硫代嘌呤药物之前检测nudt15变异尤为重要，通过检测nudt15变异对患者进行药物剂量监测在未来的个体化治疗中具有广阔的应用前景。此外，作为克罗恩病的常见易感基因，atg16l1中的thr300ala突变体(rs2241880)能增加半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3介导的atg16l1蛋白质降解，促使机体在长期凋亡刺激的情况下发生自噬缺陷。有研究发现，肠上皮细胞中特异性缺失atg16l1的小鼠隐窝上皮细胞死亡增加，炎症加剧，存活率也下降，而通过抗γ干扰素治疗可以降低该小鼠的死亡率。提示，γ干扰素靶向治疗可能适合于具有atg16l1变异的克罗恩病患者。
4、此外，由于cd是一个多基因突变导致的疾病，现有技术中还暂未有通过检测cd患者外周血dna遗传易感基因突变位点来诊断cd并对其疾病严重程度的评估以及对疾病预后进行预测。
5、术语：
6、1、炎症性肠病，英文名为inflammatory bowel disease，缩写为ibd。
7、2、克罗恩病，英文名为crohn’s disease，缩写为cd。
8、3、adp核糖基化因子gtp酶激活蛋白ph双域1，英文名为arfgap with dual phdomains 1，缩写为adap1。
9、4、out去泛素化酶3，英文名为otu deubiquitinase 3，缩写为otud3。
10、5、中性粒细胞胞质因子4，英文名为neutrophil cytosolic factor 4，缩写为ncf4。
11、6、ydjc壳寡糖脱乙酰酶同系物，英文名为ydjc chitooligosaccharidedeacetylase homolog，缩写为tdjc。
12、7、主要促进子超家族结构域12,英文名为major facilitator superfamilydomain containing 12，缩写为mfsd12。
13、8、“生物标志物”，在本文中或可写作“标志物”或“易感基因志物”，包括基于dna、rna、蛋白质、碳水化合物或糖脂的分子学标志物，在本文中指外周血dna中的易感基因突变位点分子标志物，它们的存在可以在受试者的或患者的外周血样本中通过标准方法(本文中所涉及到的方法)进行检测。
14、9、“样品”是指来源于cd患者或健康受试者的外周血样本，可以用过公知的技术获得。
技术实现思路
1、本专利技术的目的在于提供检测遗传易感基因位点组突变情况的试剂在制备克罗恩病临床表型筛查和用药诊断试剂盒中的应用，以指导临床对于克罗恩病的治疗过程，并为进一步解释克罗恩病的病理生理学发病机制提供新的理论依据。
2、在申请人的研究工作中，进行了中国首个大样本ibd遗传感基因研究，也是迄今为止最大规模的东亚祖先ibd遗传易感基因研究，在东亚人群中发现了80个遗传相关位点，其中包括了16个新的遗传易感基因位点。结合东亚祖先和欧洲祖先基因数据联合分析后，首次发现了81个新的ibd遗传相关位点，将ibd相关遗传位点增加至320个。进一步对东亚和欧洲祖先遗传基因结构进行比较显示，大多数ibd基因位点的遗传效应在东西方祖先中是一致的，只有少数基因位点是明显例外(如tnfsf15、csf2rb和il23r)。在欧洲人群中，nod2和atg16l1是cd的最主要致病基因，而在东亚人群中tnfsf15是cd最主要的致病基因。
3、根据我们在前期工作中的研究结果，我们认为遗传易感基因突变在cd肠道炎症发生的过程中发挥着巨大的作用，可能参与了cd患者肠道狭窄或穿透的发生并影响治疗药物的响应，因此我们推测上述关键遗传易感基因是否能够在cd患者体液样本中具有诊断效能。于是我们收集了50例cd患者及50例健康对照者配对的外周dna样本，进行了外周血dna基因组测序分析，并与已有的基因组学检测结果进行比较，发现5种上述关键遗传易感基因在cd患者外周血dna中存在差异表本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.检测遗传易感基因位点组突变情况的试剂在制备克罗恩病临床表型筛查和用药诊断试剂盒中的应用，所述遗传易感基因位点组突变情况包括：
2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，
3.一种克罗恩病临床表型筛查试剂盒，其特征在于，包括检测遗传易感基因位点组突变情况的试剂，所述易感基因位点组突变情况包括：
4.根据权利要求3所述的克罗恩病临床表型筛查试剂盒，其特征在于，检测遗传易感基因位点组突变情况的试剂为测序试剂、荧光定量PCR试剂、限制性片段长度多态性方法用试剂或者单链构象多态性分析用试剂。
5.根据权利要求3所述的克罗恩病临床表型筛查试剂盒，其特征在于，所述检测遗传易感基因位点组突变情况的试剂包括用于扩增如下核酸片段的试剂：包含ADAP1基因中的rs77992257位点的核酸片段、包含OTUD3基因中的rs10799591位点的核酸片段、包含YDJC基因中的rs2075939位点的核酸片段、包含NCF4基因中的rs2298428位点的核酸片段和包含MFSD12基因中的rs2240751位点的核酸片段。
6.一种克罗恩病用药诊
7.根据权利要求6所述的克罗恩病用药诊断试剂盒，其特征在于，检测遗传易感基因位点组突变情况的试剂为测序试剂、荧光定量PCR试剂、限制性片段长度多态性方法用试剂或者单链构象多态性分析用试剂。
8.根据权利要求6所述的克罗恩病用药诊断试剂盒，其特征在于，所述检测遗传易感基因位点组突变情况的试剂包括用于扩增如下核酸片段的试剂：包含ADAP1基因中的rs77992257位点的核酸片段、包含OTUD3基因中的rs10799591位点的核酸片段、包含YDJC基因中的rs2075939位点的核酸片段、包含NCF4基因中的rs2298428位点的核酸片段和包含MFSD12基因中的rs2240751位点的核酸片段。
9.一种克罗恩病临床表型筛查装置，其特征在于，包括筛查指标输入模块和临床表型评估模块；
10.一种克罗恩病用药诊断装置，其特征在于，包括筛查指标输入模块和用药诊断评估模块；
...【技术特征摘要】
1.检测遗传易感基因位点组突变情况的试剂在制备克罗恩病临床表型筛查和用药诊断试剂盒中的应用，所述遗传易感基因位点组突变情况包括：
2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，
3.一种克罗恩病临床表型筛查试剂盒，其特征在于，包括检测遗传易感基因位点组突变情况的试剂，所述易感基因位点组突变情况包括：
4.根据权利要求3所述的克罗恩病临床表型筛查试剂盒，其特征在于，检测遗传易感基因位点组突变情况的试剂为测序试剂、荧光定量pcr试剂、限制性片段长度多态性方法用试剂或者单链构象多态性分析用试剂。
5.根据权利要求3所述的克罗恩病临床表型筛查试剂盒，其特征在于，所述检测遗传易感基因位点组突变情况的试剂包括用于扩增如下核酸片段的试剂：包含adap1基因中的rs77992257位点的核酸片段、包含otud3基因中的rs10799591位点的核酸片段、包含ydjc基因中的rs2075939位点的核酸片段、包含ncf4基因中的rs2298428位点的核酸片段和包含mfsd12基因中的rs2240751位点的核酸片段。
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