System.ArgumentOutOfRangeException: 索引和长度必须引用该字符串内的位置。 参数名: length 在 System.String.Substring(Int32 startIndex, Int32 length) 在 zhuanliShow.Bind() 一种基于普通转录组测序方法的免疫相关生物标志物、试剂盒和免疫年龄预测模型技术_技高网

一种基于普通转录组测序方法的免疫相关生物标志物、试剂盒和免疫年龄预测模型技术

技术编号:40501810 阅读:9 留言:0更新日期:2024-02-26 19:29
本发明专利技术提供了一种基于普通转录组测序方法的用于评估人体免疫状态或者免疫年龄测定的生物标志物,由SELL基因、TMIGD2基因、NOSIP基因、DENND2D基因、CCT2基因、NSMCE1基因、CCR7基因、S100A6基因、S100A4基因、LGALS1基因、TSPO基因中的任意两个或者两个以上的基因组成。本发明专利技术还提供了上述的生物标记物在制备评估人体免疫状态或者免疫年龄测定的试剂盒中的应用。本发明专利技术还提供了一种评估人体免疫状态或者免疫年龄测定模型的构建方法及预测模型,本发明专利技术可广泛应用于免疫早衰、免疫逆龄的诊断和评估。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术属于生物医学检测领域,涉及一种生物标记物及试剂盒,具体来说是一种于普通转录组测序方法的免疫相关生物标志物、试剂盒和免疫年龄预测模型。


技术介绍

1、近年来,随着人口老龄化进程加快、社会压力不断增加及自然环境持续恶化等,衰老相关退行性变被认为是人类疾病和死亡的主要危险因素。作为复杂的退变进程,衰老极大地影响了免疫系统,导致免疫功能和亚型的改变,被称为免疫衰老(immunosenescence)。同时,老年人群的免疫系统炎症成分长期处于升高状态,这些变化都会影响人体对癌症、心血管疾病、神经退行性疾病和其他疾病的易感性。传统上,个体的实际年龄被视为时序年龄(chronological age,cage),但免疫系统的生理衰老速度并不一定与时序年龄相匹配,导致不同个体之间存在免疫生理年龄(biological age,bage)差异。

2、外周血淋巴细胞(t细胞、b细胞和nk细胞)、树突状细胞和单核细胞等构成了多样化的外周血单个核细胞(pbmc)群。这些免疫细胞广泛参与并调控了免疫衰老相关进程。同时,免疫细胞的衰老也会加速整体衰老的过程。尽管在20世纪70年代就出现了免疫年龄的概念,然而对于免疫年龄的评估一直是一个具有挑战性的难题。传统方法通常依赖于体外组织和免疫细胞培养筛选得出的免疫衰老生物标志物,或依赖于个体免疫细胞的数量和比例,以预测个体的免疫状态和老化进程。尽管这些方法在一定程度上有其价值,但它们存在着局限性。研究表明,这些传统方法或缺乏以人群试验为基础的精准评估性能,或缺乏深入基因和信使核醣核酸(mrna)转录层面的免疫衰老变化评估,无法实现多角度、多维度地确定个体的免疫系统健康状况和衰老程度。

3、因此,当前的免疫年龄的测定方法有限,缺乏高度精确的工具,从更深入的基因和mrna变化角度,多方位地、多维度地精确评估免疫系统的年龄和健康状况。需要一种新的免疫衰老评估技术,基于基因群的表达情况,在评估免疫系统的健康和衰老时引入新的维度和深度,以实现更全面、更准确,同时简便易行的免疫系统年龄和健康程度评估。


技术实现思路

1、针对现有技术中的上述技术问题,本专利技术提供了一种于普通转录组测序方法的免疫相关生物标志物、试剂盒和免疫年龄预测模型,所述的这种基于普通转录组测序方法的免疫相关生物标志物、试剂盒和免疫年龄预测模型要解决现有技术中的生物标记物组无法实现从基因和转录层面确定个体的免疫年龄和免疫衰老程度的技术问题。

2、本专利技术提供了一种用于评估人体免疫状态或者免疫年龄测定的生物标志物,由sell基因、tmigd2基因、nosip基因、dennd2d基因、cct2基因、nsmce1基因、ccr7基因、s100a6基因、s100a4基因、lgals1基因、tspo基因中的任意两个或者两个以上的基因组成。

3、本专利技术还提供了上述的生物标记物在制备评估人体免疫状态或者免疫年龄测定的试剂盒中的应用。

4、本专利技术还提供了一种评估人体免疫状态或者免疫年龄测定的试剂盒,含有检测sell基因、tmigd2基因、nosip基因、dennd2d基因、cct2基因、nsmce1基因、ccr7基因、s100a6基因、s100a4基因、lgals1基因、tspo基因中的任意两个或者两个以上的基因的引物,检测sell基因的引物如seq id no.1~2所示;检测tmigd2基因的引物如seq id no.3~4所示;检测nosip基因的引物如seq id no.5~6所示;检测dennd2d基因的引物如seq id no.7~8所示;检测cct2基因的引物如seq id no.9~10所示;检测nsmce1基因的引物如seq idno.11~12所示;,检测ccr7基因的引物如seq id no.13~14所示;检测s100a6基因的引物如seq id no.15~16所示;检测s100a4基因的引物如seq id no.17~18所示;,检测lgals1基因的引物如seq id no.19~20所示;检测tspo基因的引物如seq id no.21~22所示。

5、进一步的,还包括对所述生物标记物进行pcr检测所用试剂。

6、本专利技术还提供了一种用于检测上述的生物标记物的引物,其基因序列如seq idno.1~22所示。

7、本专利技术还提供了检测上述的生物标记物的引物或探针在制备用于评估人体免疫状态或者免疫年龄测定测定的试剂盒中的用途,生物标记物为:sell基因、tmigd2基因、nosip基因、dennd2d基因、cct2基因、nsmce1基因、ccr7基因、s100a6基因、s100a4基因、lgals1基因、tspo基因中的任意两种或者两种以上的组合。

8、本专利技术还提供了一种免疫年龄测定模型的构建方法,具体步骤如下:

9、步骤1,构建一个多元线性回归模型作为免疫年龄预测模型,具体模型公式为:

10、免疫年龄=β0+β1*x1+β2*x2+β3*x3+β4*x4+β5*x5+β6*x6+β7*x7+β8*x8+β9*x9+β10*x10+β11*x11;

11、式中,x1、x2、x3、x4、x5、x6、x7、x8、x9、x10、x11依次分别为sell基因的表达量、tmigd2基因的表达量、nosip基因的表达量、dennd2d基因的表达量、cct2基因的表达量、nsmce1基因的表达量、ccr7基因的表达量、s100a6基因的表达量、s100a4基因的表达量、lgals1基因的表达量、tspo基因的表达量;

12、式中,β0、β1、β2、β3、β4、β5、β6、β7、β8、β9、β10、β11依次分别为截距项、sell基因的回归系数、tmigd2基因的回归系数、nosip基因的回归系数、dennd2d基因的回归系数、cct2基因的回归系数、nsmce1基因的回归系数、ccr7基因的回归系数、s100a6基因的回归系数、s100a4基因的回归系数、lgals1基因的回归系数、tspo基因的回归系数;

13、步骤2,从sell基因、tmigd2基因、nosip基因、dennd2d基因、cct2基因、nsmce1基因、ccr7基因、s100a6基因、s100a4基因、lgals1基因、tspo基因中,选取多种基因定义为目标基因,其它基因定义为非目标基因;

14、获取全年龄段健康人群的外周血样本作为训练样本,检测出各种目标基因在每个训练样本中的表达量;

15、步骤3,构建一个目标基因表达矩阵,目标基因表达矩阵中的每一行代表一种目标基因,目标基因表达矩阵中的每一列代表一个训练样本,目标基因表达矩阵中的每个阵元包含有该阵元所属列的训练样本的样本来源人年龄信息及该阵元所属行的目标基因在该阵元所属列的训练样本中的表达量;

16、步骤4,将步骤1构建的免疫年龄预测模型中的所有非目标基因的表达量设定为0,再根据目标基因表达矩阵中的数据,采用最小二乘法对免本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种用于评估人体免疫状态或者免疫年龄测定的生物标志物,其特征在于,由SELL基因、TMIGD2基因、NOSIP基因、DENND2D基因、CCT2基因、NSMCE1基因、CCR7基因、S100A6基因、S100A4基因、LGALS1基因、TSPO基因中的任意两个或者两个以上的基因组成。

2.权利要求1所述的生物标记物在制备评估人体免疫状态或者免疫年龄测定的试剂盒中的应用。

3.一种评估人体免疫状态或者免疫年龄测定的试剂盒,其特征在于,含有检测SELL基因、TMIGD2基因、NOSIP基因、DENND2D基因、CCT2基因、NSMCE1基因、CCR7基因、S100A6基因、S100A4基因、LGALS1基因、TSPO基因中的任意两个或者两个以上的基因的引物,检测SELL基因的引物如SEQ ID NO.1~2所示;检测TMIGD2基因的引物如SEQ ID NO.3~4所示;检测NOSIP基因的引物如SEQ ID NO.5~6所示;检测DENND2D基因的引物如SEQ ID NO.7~8所示;检测CCT2基因的引物如SEQ ID NO.9~10所示;检测NSMCE1基因的引物如SEQ ID NO.11~12所示;,检测CCR7基因的引物如SEQ ID NO.13~14所示;检测S100A6基因的引物如SEQID NO.15~16所示;检测S100A4基因的引物如SEQ ID NO.17~18所示;,检测LGALS1基因的引物如SEQ ID NO.

4.根据权利要求3所述的一种评估人体免疫状态或者免疫年龄测定的试剂盒,其特征在于,还包括对所述生物标记物进行PCR检测所用试剂。

5.一种用于检测权利要求1所述的生物标记物的引物或探针,其特征在于,其基因序列如SEQ ID NO.1~22所示。

6.权利要求5所述的检测生物标记物的引物或探针在制备用于评估人体免疫状态或者免疫年龄测定测定的试剂盒中的用途,其特征在于,生物标记物为:SELL基因、TMIGD2基因、NOSIP基因、DENND2D基因、CCT2基因、NSMCE1基因、CCR7基因、S100A6基因、S100A4基因、LGALS1基因、TSPO基因中的任意两种或者两种以上的组合。

7.一种基于权利要求1所述的生物标记物的免疫年龄预测模型的构建方法,其特征在于,具体步骤如下:

8.根据权利要求7所述的免疫年龄预测模型的构建方法,其特征在于,步骤5中,利用免疫年龄预测模型预测出目标用户的免疫年龄后,将目标用户实际年龄减去预测出的目标用户免疫年龄;

9.根据权利要求7所述的免疫年龄预测模型的构建方法,其特征在于,将SELL基因、TMIGD2基因、NOSIP基因、DENND2D基因、CCT2基因、NSMCE1基因、CCR7基因、S100A6基因、S100A4基因、LGALS1基因、TSPO基因全部选取为目标基因。

10.一种基于权利要求7所述的方法的免疫年龄预测系统,其特征在于,该系统包括:

11.一种基于权利要求10所述的方法的免疫年龄预测系统,其特征在于,该系统还包括:

...

【技术特征摘要】

1.一种用于评估人体免疫状态或者免疫年龄测定的生物标志物,其特征在于,由sell基因、tmigd2基因、nosip基因、dennd2d基因、cct2基因、nsmce1基因、ccr7基因、s100a6基因、s100a4基因、lgals1基因、tspo基因中的任意两个或者两个以上的基因组成。

2.权利要求1所述的生物标记物在制备评估人体免疫状态或者免疫年龄测定的试剂盒中的应用。

3.一种评估人体免疫状态或者免疫年龄测定的试剂盒,其特征在于,含有检测sell基因、tmigd2基因、nosip基因、dennd2d基因、cct2基因、nsmce1基因、ccr7基因、s100a6基因、s100a4基因、lgals1基因、tspo基因中的任意两个或者两个以上的基因的引物,检测sell基因的引物如seq id no.1~2所示;检测tmigd2基因的引物如seq id no.3~4所示;检测nosip基因的引物如seq id no.5~6所示;检测dennd2d基因的引物如seq id no.7~8所示;检测cct2基因的引物如seq id no.9~10所示;检测nsmce1基因的引物如seq id no.11~12所示;,检测ccr7基因的引物如seq id no.13~14所示;检测s100a6基因的引物如seqid no.15~16所示;检测s100a4基因的引物如seq id no.17~18所示;,检测lgals1基因的引物如seq id no.

4.根据权利要求3所述的一种评估人体免疫...

【专利技术属性】
技术研发人员:卜军陈磊李荣红王宇飞陈一凡孙铭泽陈泰威
申请(专利权)人:上海交通大学医学院附属仁济医院
类型:发明
国别省市:

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