基于pH敏感型连接单元的可逆终止核苷酸的合成及其用途制造技术

本发明专利技术提供了一种基于pH敏感型连接单元的可逆终止核苷酸的合成及其用途，所述pH敏感型可逆终止核苷酸的典型结构是：该结构式的特点为使用特定结构的pH敏感型三氮烯连接单元将dNTP(包含于)和荧光素(R<supgt;3</supgt;)连接在一起形成可逆终止核苷酸。该可逆终止核苷酸在参与DNA链延伸后，仅需在酸性条件下即可快速发生断裂。断裂后，残留在碱基上的基团较小，有利于DNA合成测序的进行。实验表明该类可逆终止核苷酸具有很好的应用前景；在DNA合成测序及单分子测序中，连接单元断裂快速，反应干净彻底，几乎没有观察到副反应发生；且该类化合物合成简单方便，且可以大量合成，能够极大降低测序成本。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术属于化学合成和生物化学领域，涉及可用于dna合成测序的化合物，涉及一类ph敏感型可逆终止核苷酸的合成及其用途，具体涉及一类基于ph敏感型连接单元的可逆终止核苷酸的合成及其在dna测序中的应用。

技术介绍

1、dna测序技术是现代生物学研究中重要的手段之一。人类基因组计划完成后，dna测序技术得到了迅速发展。dna测序(dnasequencing)是指分析特定dna片段的碱基序列，也就是腺嘌呤(a)、胸腺嘧啶(t)、胞嘧啶(c)与鸟嘌呤(g)的排列方式。发展精确、高通量、低成本的dna测序方法对于生物、医药科学等具有非常重要的意义。

2、合成法测序(sequencing by synthesis,sbs)是新一代dna测序技术之一。合成法测序方法通过把大量被测的模板dna片段进行固定，并在固定化的dna测序模板上杂交结合通用的dna引物，分别控制四种核苷酸在dna引物上的延伸。通过检测延伸反应过程或延伸核苷酸，实现高通量并行的dna序列信息的检测。

3、在合成法测序中，首先要合成dna链延伸所需要的四色荧光标记四种不同碱基的本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种基于pH敏感型三氮烯连接单元的可逆终止核苷酸，其结构式如式(I)所示:其中为包含dUTP,dCTP,dATP或dGTP核苷三磷酸的二级胺；R3是荧光染料；linker为烷基链或聚乙二醇链。

2.根据权利要求1所述的可逆终止核苷酸，其特征在于，所述荧光染料选自Cy3、Cy5、Cy2、Cy3.5、TAMRA、FITC、BDP FL、sulfo-Cy3、sulfo-Cy2、sulfo-Cy5或sulfo-Cy3.5。

3.根据权利要求1所述的可逆终止核苷酸，其特征在于，所述烷基链为[CH2]n的烷基链,n＝1-20；所述聚乙二醇链为[CH2CH2O]nCH2CH...

【技术特征摘要】

1.一种基于ph敏感型三氮烯连接单元的可逆终止核苷酸，其结构式如式(i)所示:其中为包含dutp,dctp,datp或dgtp核苷三磷酸的二级胺；r3是荧光染料；linker为烷基链或聚乙二醇链。

2.根据权利要求1所述的可逆终止核苷酸，其特征在于，所述荧光染料选自cy3、cy5、cy2、cy3.5、tamra、fitc、bdp fl、sulfo-cy3、sulfo-cy2、sulfo-cy5或sulfo-cy3.5。

3.根据权利要求1所述的可逆终止核苷酸，其特征在于，所述烷基链为[ch2]n的烷基链,n＝1-20；所述聚乙二醇链为[ch2ch2o]nch2ch2的烷基链,n＝1-20。

4.一种如权利要求1所述的可逆终止核苷酸的合成方法，其特征在于，所述方法包括如下步骤：

5.如权利要求4所述的可逆终止核苷酸的合成方法，其特征在于，步骤s1中，二氨基聚乙二醇和三氟乙酸乙酯的摩尔比为1：1～10；反应温度为25℃～-80℃。

6.如权利要求4所述的可逆终止核苷酸的合成方法，其特征在于，步骤s2中，摩尔比为1:1～10:1～10的n-叔丁氧羰基氨基苯甲酸...

【专利技术属性】
技术研发人员：沈玉梅，王平阳，汤博为，
申请(专利权)人：上海交通大学，
类型：发明
国别省市：