【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于癌症基因组学，具体地，涉及一种cfdna片段特征组合在预测癌症中的应用。
技术介绍
1、血液中的游离dna(cfdna，circulating free dna or cell free dna)能够随着组织损伤、癌症和炎症反应等发生浓度变化，在疾病的早期诊断、预后、监测等方面具有重要潜在价值。近年来，cfdna已被广泛用于癌症早筛等研究领域。研究表明，可以利用特定的cfdna片段特征对肿瘤组织来源进行分类，cfdna片段的长度也可以揭示组织起源或肿瘤来源。
2、然而，目前大多数液体活检方法都专注于检测血液中的基因突变或染色体异常，且已有的片段组学方法多依赖于全基因组测序(wgs)的方法，无法充分开发利用其他组学测序数据信息。
技术实现思路
1、为解决上述技术问题中的至少一个，本专利技术开发了一种可基于多种组学数据分析片段组学的系统，以识别cfdna片段分布肿瘤标志物，进而鉴别样本是否为肿瘤样本。具体地，本专利技术采用的技术方案如下：
2、本专利技术第一方面提供一种cfdna片段特征组合，包括第一cfdna片段特征子组合和/或第二cfdna片段特征子组合，所述第一cfdna片段特征子组合包括落在60bp～200bp之间并且片段数量比例在群体癌症样本中增加的cfdna片段特征，所述第二cfdna片段特征子组合包括落在300～400bp之间并且片段数量比例在群体癌症样本中减少的cfdna片段特征，所述增加或减少是指相对于群体正常样本相应片段特征的片
3、在本专利技术中，相关术语的定义如下：
4、片段特征：是指将cfdna片段按不同长度划分为不同的片段区间，每个片段区间内的所有cfdna片段即为一个片段特征。例如片段特征为：61-65bp，包括片段长度为61bp、62bp、63bp、64bp和65bp的cfdna片段。例如片段特征为：74-75bp，包括片段长度为74bp和75bp的cfdna片段。
5、片段数量比例：是指一个片段特征中的cfdna片段数占总片段数的比例。
6、在本专利技术中，所述cfdna片段长度和数量数据是指利用测序方法得到的数据，所述测序选自包括wgs测序、wes测序、medip和mbd-seq的组中的任意一种。事实上，本领域技术人员可能使用任意测序的或非测序的方法，只要能够获得cfdna片段的长度及数量即可。
7、在本专利技术中，所述第一cfdna片段特征子组合中的每个片段特征所包含的cfdna片段相对都比较短，本专利技术的专利技术人意外地发现，落在60bp～200bp之间的片段特征可以用来识别癌症，并且具有较高的精准度。更加令人惊喜地，专利技术人发现落在130bp～175bp之间的cfdna片段特征具有更高的癌症识别精准度。
8、进一步地，如果在落在130bp～175bp之间的cfdna片段特征中，选择163-164bp、163-165bp、161-165bp、161-164bp、165-166bp、159-165bp、157-164bp、155-156bp、163-168bp、160-168bp、157-158bp、154-156bp、161-170bp、156-160bp、161-162bp、157-159bp、165-168bp、157-162bp、157-160bp、151-160bp、152-158bp、160-162bp、153-156bp、151-159bp、166-168bp、148-150bp、149-150bp、149-156bp、159-160bp、151-156bp、167-168bp、147-148bp、146-150bp、165-172bp、166-170bp、151-155bp、153-154bp、149-152bp、145-150bp、145-151bp、166-172bp、145-148bp、151-153bp、151-152bp、169-170bp、145-147bp、169-171bp、142-150bp、169-172bp和141-150bp中的至少一个，能够精准地预测受试者是否患有癌症或者是否具有患癌症的风险。
9、专利技术人进一步发现，上述片段特征的选择也不是越多越好，当选择163-164bp、163-165bp、161-165bp、161-164bp和165-166bp作为标志物时，具有非常好的癌症识别效果。
10、在本专利技术中，所述第二cfdna片段特征子组合中的每个片段特征所包含的cfdna片段相对都比较长，本专利技术的专利技术人意外地发现，落在300bp～400bp之间的片段特征可以用来识别肿瘤，并且具有较高的精准度。更加令人惊喜地，专利技术人发现落在330bp～360bp之间的cfdna片段特征具有更高的肿瘤识别精准度。
11、进一步地，如果在落在330bp～360bp之间的cfdna片段特征中，选择339-340bp、341-342bp、343-344bp、337-339bp、340-342bp、337-340bp、341-344bp、336-340bp、341-345bp、337-342bp、337-338bp、343-345bp、341-347bp、340-348bp、334-340bp、341-348bp、345-346bp、343-348bp、341-350bp、345-348bp、346-348bp、333-340bp、347-348bp、346-350bp、335-336bp、331-340bp、334-336bp、349-350bp、349-351bp、331-339bp、349-352bp、333-336bp、348-354bp、351-352bp、349-354bp、349-356bp、352-354bp、351-355bp、333-334bp、331-336bp、349-357bp、353-354bp、331-335bp、353-356bp、351-360bp、355-356bp、355-357bp、331-333bp、355-360bp和357-358bp中的至少一个，能够精准地预测受试者是否患有癌症或者是否具有患癌症的风险。
12、同样地，专利技术人进一步发现，上述片段特征的选择同样不是越多越好，当选择339-340bp、341-342bp、343-344bp、337-339bp和340-342bp作为标志物时，具有非常好的癌症识别效果。
13、本专利技术的第二方面提供一种预测受试者是否患有癌症或者是否具有患癌症的风险的系统，包括以下模块：
14、数据输入模块，用于输入受试者cfdna片段长度和数量数据；
15、分布谱分析模块，与所述数据输入模块连接，用于获得所述cfdna片段特征组合中各cfdna片段特征的片段数量比例；
16、癌症预测模块，与所述分布谱分析模块连接，用于根据所述cfdna片段特征的片段数量比例判断受试者是否患有癌症或者是否具有患癌本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.cfDNA片段特征组合的检测试剂在制备用于预测受试者是否患有癌症的试剂盒中的应用，其特征在于，所述cfDNA片段特征组合包括第一cfDNA片段特征子组合和第二cfDNA片段特征子组合，所述第一cfDNA片段特征子组合包括落在130bp～175bp之间的cfDNA片段特征，所述第二cfDNA片段特征子组合包括落在330bp～360bp之间的cfDNA片段特征。
2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述落在130bp～175bp之间的cfDNA片段特征选自包括163-164bp、163-165bp、161-165bp、161-164bp、165-166bp、159-165bp、157-164bp、155-156bp、163-168bp、160-168bp、157-158bp、154-156bp、161-170bp、156-160bp、161-162bp、157-159bp、165-168bp、157-162bp、157-160bp、151-160bp、152-158bp、160-162bp、153-156bp、151-159bp、166-168bp、148-15
3.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，所述第一cfDNA片段特征子组合包括落在160bp～170bp之间的cfDNA片段特征，所述落在160bp～170bp之间的cfDNA片段特征选自包括163-164bp、163-165bp、161-165bp、161-164bp和165-166bp的组中的至少一种。
4.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述落在330bp～360bp之间的cfDNA片段特征选自包括339-340bp、341-342bp、343-344bp、337-339bp、340-342bp、337-340bp、341-344bp、336-340bp、341-345bp、337-342bp、337-338bp、343-345bp、341-347bp、340-348bp、334-340bp、341-348bp、345-346bp、343-348bp、341-350bp、345-348bp、346-348bp、333-340bp、347-348bp、346-350bp、335-336bp、331-340bp、334-336bp、349-350bp、349-351bp、331-339bp、349-352bp、333-336bp、348-354bp、351-352bp、349-354bp、349-356bp、352-354bp、351-355bp、333-334bp、331-336bp、349-357bp、353-354bp、331-335bp、353-356bp、351-360bp、355-356bp、355-357bp、331-333bp、355-360bp和357-358bp的组中的至少一个。
5.根据权利要求4所述的应用，其特征在于，所述第二cfDNA片段特征子组合包括落在335bp～345bp之间的cfDNA片段特征，所述落在335bp～345bp之间的cfDNA片段特征选自包括339-340bp、341-342bp、343-344bp、337-339bp和340-342bp的组中的至少一种。
6.根据权利要求1～5任一所述的应用，其特征在于，所述检测试剂为基于非测序的方法检测所述cfDNA片段特征组合的试剂。
7.根据权利要求1～5任一所述的应用，其特征在于，获得所述cfDNA片段特征组合中各cfDNA片段特征的片段数量比例；根据所述cfDNA片段特征的片段数量比例判断受试者是否患有癌症或者是否具有患癌症的风险。
8.根据权利要求7所述的应用，其特征在于，所述第一cfDNA片段特征子组合中至少一个cfDNA片段特征的片段数量比例增加和/或所述第二cfDNA片段特征子组合中至少一个cfDNA片段特征的片段数量比例减少，则判断所述受试者患有癌症或者具有患癌症的风险。
9.根据权利要求7所述的应用，其特征在于，所述cfDNA片段特征组合包括第一cfDNA...
【技术特征摘要】
1.cfdna片段特征组合的检测试剂在制备用于预测受试者是否患有癌症的试剂盒中的应用，其特征在于，所述cfdna片段特征组合包括第一cfdna片段特征子组合和第二cfdna片段特征子组合，所述第一cfdna片段特征子组合包括落在130bp～175bp之间的cfdna片段特征，所述第二cfdna片段特征子组合包括落在330bp～360bp之间的cfdna片段特征。
2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述落在130bp～175bp之间的cfdna片段特征选自包括163-164bp、163-165bp、161-165bp、161-164bp、165-166bp、159-165bp、157-164bp、155-156bp、163-168bp、160-168bp、157-158bp、154-156bp、161-170bp、156-160bp、161-162bp、157-159bp、165-168bp、157-162bp、157-160bp、151-160bp、152-158bp、160-162bp、153-156bp、151-159bp、166-168bp、148-150bp、149-150bp、149-156bp、159-160bp、151-156bp、167-168bp、147-148bp、146-150bp、165-172bp、166-170bp、151-155bp、153-154bp、149-152bp、145-150bp、145-151bp、166-172bp、145-148bp、151-153bp、151-152bp、169-170bp、145-147bp、169-171bp、142-150bp、169-172bp和141-150bp的组中的至少一个。
3.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，所述第一cfdna片段特征子组合包括落在160bp～170bp之间的cfdna片段特征，所述落在160bp～170bp之间的cfdna片段特征选自包括163-164bp、163-165bp、161-165bp、161-164bp和165-166bp的组中的至少一种。
4.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述落在330bp～360bp之间的cfdna片段特征选自包括339-340bp、341-342bp、343-344bp、337-339bp、340-342bp、337-340bp、341-344bp、336-340...
【专利技术属性】
技术研发人员：汪强虎，吴玲祥，吴维，张若寒，
申请(专利权)人：南京医科大学，
类型：发明
国别省市：
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