【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及黄羽肉鸡饲料转化效率性状改良分子育种，尤其涉及一种黄羽肉鸡饲料转化效率相关基因与snp分子标记及应用。
技术介绍
1、鸡肉是全球第一大、中国第二大肉类消费产品，在我国每年出栏肉鸡100亿只以上。而黄羽肉鸡是中国地方肉鸡产业重要组成部分，因其耐粗饲和耐热性闻名，但存在饲料转化效率低等问题。rfi(剩余采食量)和adfi(平均日采食量)是衡量饲料效率的重要指标。因此，挖掘黄羽肉鸡饲料报酬相关经济性状有效的分子标记有助于提高饲料效率的遗传选育进程，对于提高黄羽肉鸡的生产效益和品质具有重要意义。
2、随着高通量测序技术的更新换代和基因组挖掘技术的持续发展，gwas(全基因组关联研究)已广泛应用于畜禽经济性状的主效基因挖掘，已挖掘到多个影响鸡饲料报酬相关性状的候选基因。rfi和adfi性状均为数量性状，通常受到多基因的调控，而单基因的效应相对较小。因此基于大样本群体，通过gwas和精细定位分析得到关键snp标记和候选基因，进一步提高其饲料效率，从而加快黄羽肉鸡采食量性状的选育进展。
3、综上，黄羽肉鸡饲料效率普遍较低，通过gwas分析研究rfi和adfi的遗传标记，利用snp标记与候选基因通过分子标记辅助选择、基因组选择等方式辅助黄羽肉鸡选育，提高生产效率与效益，为今后的选育技术提供参考依据，可以加快自主培育品种的改良进程。
技术实现思路
1、本专利技术提供一种黄羽肉鸡饲料转化效率相关基因与snp分子标记及应用，筛选影响平均日采食量和剩余采食量的基因和s
2、本专利技术通过gwas分析，筛选到影响鸡rfi和adfi的3个snp标记，通过调控基因plce1、lap3和immt表达以影响鸡采食量。本专利技术筛选到影响鸡饲料报酬相关性状的3个snp标记详细信息见表1，所述分子标记包括rs3386308535、rs731292712和rs314508466，其中分子标记rs3386308535含有鸡6号染色体上第21,123,592bp处多态性为c/t的核苷酸序列；分子标记rs731292712含有鸡4号染色体上第75,974,422bp处多态性为c/t的核苷酸序列；分子标记rs314508466含有鸡4号染色体上第85,488,222bp处多态性为a/g的核苷酸序列，以上分子标记的物理位置参考基因组grcg6a版本。
3、表1
4、
5、优选的，分子标记rs3386308535：cc基因型鸡的rfi偏低，tt基因型鸡的rfi中等，ct基因型鸡的rfi偏高；
6、和/或，分子标记314508466：aa基因型鸡的rfi偏低，ga基因型鸡的rfi中等，gg基因型鸡的rfi偏高；
7、和/或，分子标记rs3386308535：cc基因型鸡的adfi偏低，ct基因型鸡的adfi中等，tt基因型鸡的adfi偏高；
8、和/或，分子标记rs731292712：cc基因型鸡的adfi偏低，ct基因型鸡的adfi中等，tt基因型鸡的adfi偏高；
9、和/或，分子标记rs314508466：aa基因型鸡的adfi偏低，ga基因型鸡的adfi中等，gg基因型鸡的adfi偏高。
10、本专利技术还提供引物，用于扩增所述snp分子标记。
11、根据所述引物，所述引物的核苷酸序列如seq id no.1-2所示；
12、和/或，所述引物的核苷酸序列如seq id no.3-4所示；
13、和/或，所述引物的核苷酸序列如seq id no.5-6所示。
14、表2
15、
16、本专利技术还提供含有所述引物的检测产品，所述检测产品为检测试剂、试剂盒或基因芯片。
17、本专利技术还提供所述snp分子标记、所述引物、或所述检测产品在以下任一项中的应用：
18、(1)在检测或辅助检测饲料转化效率中的应用；
19、(2)在鸡饲料转化效率的早期预测中的应用；
20、(3)在鸡分子标记辅助育种中的应用；
21、(4)在鸡种质资源改良中的应用；
22、(5)在筛选饲料转化效率高的鸡中的应用；
23、(6)在鸡饲料转化效率基因分型中的应用；
24、(7)在鉴定和/或筛选饲料转化效率性状中的应用。
25、根据所述应用，所述饲料转化效率相关指标包括rfi和/或adfi；
26、优选的，筛选rfi偏低的鸡，进一步优选的，保留满足rs3386308535位点为cc基因型、rs731292712位点为ct基因型或rs314508466位点为aa基因型中任意的健康公母鸡；
27、优选的，筛选adfi偏低的鸡，进一步优选的，保留满足rs3386308535位点为cc基因型、rs731292712位点为cc基因型或rs314508466位点为aa基因型中任意的健康公母鸡。
28、根据所述应用，鉴定和/或筛选饲料转化效率性状包括以下步骤：
29、1)提取待测鸡的基因组dna；
30、2)以待测鸡的基因组dna为模板，利用所述引物进行pcr扩增反应；
31、3)分析pcr扩增产物。
32、优选的，所述鸡为肉鸡，优选为黄羽肉鸡。
33、本专利技术还提供用于检测上述3个snp位点与候选基因plce1、lap3和immt表达水平的检测方法。包括：获得来自黄羽肉鸡血液的基因组dna；snp位点基因型鉴定；候选基因表达量鉴定。其中检测3个候选snp位点的上、下游引物见表2。
34、本专利技术优点：
35、1、本专利技术提供的3个snp标记对黄羽肉鸡rfi和adfi具有显著影响，可用于黄羽肉鸡饲料利用效率相关性状的遗传改良。
36、2、本专利技术提供的plce1、lap3和immt基因表达量在黄羽肉鸡高低rfi分组中差异明显，为黄羽肉鸡采食量性状的改善提供了改良靶点，而且操作简单，结果可靠。
本文档来自技高网...【技术保护点】
1.与鸡饲料转化效率相关的SNP分子标记，其特征在于，包括以下分子标记中一种或多种：
2.根据权利要求1所述与鸡饲料转化效率相关的SNP分子标记，其特征在于，分子标记rs3386308535：CC基因型鸡的RFI偏低，TT基因型鸡的RFI中等，CT基因型鸡的RFI偏高；
3.一种引物，其特征在于，用于扩增权利要求1-2任一项所述SNP分子标记。
4.根据权利要求3所述引物，其特征在于，所述引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.1-2所示；
5.含有权利要求3或4所述引物的检测产品，所述检测产品为检测试剂、试剂盒或基因芯片。
6.权利要求1-2任一项所述SNP分子标记、权利要求3或4所述引物、或权利要求5所述检测产品在以下任一项中的应用：
7.根据权利要求6所述应用，其特征在于，所述饲料转化效率相关指标包括RFI和/或ADFI；
8.根据权利要求6或7所述应用，其特征在于，鉴定和/或筛选饲料转化效率性状包括以下步骤：
9.根据权利要求1-2任一项所述SNP分子标记、权利要求3或4所述引物
...【技术特征摘要】
1.与鸡饲料转化效率相关的snp分子标记，其特征在于，包括以下分子标记中一种或多种：
2.根据权利要求1所述与鸡饲料转化效率相关的snp分子标记，其特征在于，分子标记rs3386308535：cc基因型鸡的rfi偏低，tt基因型鸡的rfi中等，ct基因型鸡的rfi偏高；
3.一种引物，其特征在于，用于扩增权利要求1-2任一项所述snp分子标记。
4.根据权利要求3所述引物，其特征在于，所述引物的核苷酸序列如seq id no.1-2所示；
5.含有权利要求3或4所述引物的检测产品，所述检测产品为检测试剂、试剂盒或基因芯片。...
【专利技术属性】
技术研发人员：赵桂苹，刘冉冉，崔焕先，文杰，蔡克奇，魏立民，王秀萍，
申请(专利权)人：中国农业科学院北京畜牧兽医研究所，
类型：发明
国别省市：
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