【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
技术介绍
1、蛋白质糖基化和其他翻译后修饰在人类生理学的几乎所有方面都有至关重要的作用。不出所料，错误或改变的蛋白质糖基化通常伴随着各种疾病状态。异常糖基化的鉴定为患病受试者的早期检测、干预和治疗提供了机会。现有的生物标志物鉴定方法(如在蛋白质组学和基因组学领域所开发的那些方法)可用于检测某些疾病(如癌症)的指标，并将某些类型的癌症与其他非癌性疾病区分开来。然而，使用糖蛋白质组学分析以前并未用于成功地管理受试者的治疗。
2、糖蛋白分析在多个层面上充满挑战。例如，由于糖苷键联、分支模式和/或具有相同质量的多种单糖有所不同，糖肽中的单个聚糖组成可含有大量异构结构。此外，共享相同肽骨架的多种聚糖的存在会导致来自不同糖型的测定信号，与无糖基化肽相比，其个别丰度会降低。因此，开发能够鉴定肽片段上聚糖结构的算法仍然是困难的。
3、鉴于上述情况，需要改进的分析方法，包括对糖蛋白进行位点特异性分析以获得关于蛋白质糖基化模式的信息，其又能提供可用于管理被诊断为患有特定疾病或疾患的受试者的治疗的量化信息。因此，可能希望有能够解决一个或多个上述问题的方法和系统。
技术实现思路
1、在一个或多个实施方案中，提供了一种用于管理被诊断患有黑色素瘤疾患的受试者的治疗的方法。所述方法包括接收对应于从所述受试者获得的生物样品中的一组糖蛋白的肽结构数据。使用从一组肽结构的肽结构数据中鉴定的量化数据来计算治疗分数。所述肽结构组包括从表1中所列的多个肽结构中鉴定的至少一个肽结构。使用所述治疗分数
2、在一个或多个实施方案中，提供了一种用于被诊断患有黑色素瘤疾患的受试者的治疗管理的方法。所述方法包括接收对应于与从所述受试者获得的生物样品中的一组糖蛋白相关的一组肽结构的肽结构数据。使用从所述肽结构组的多个子集的肽结构数据中鉴定的量化数据来计算多个治疗分数。所述多个治疗分数的各个治疗分数对应于多种治疗的不同治疗；其中所述多个子集的各个子集包括从表1中所列的多个肽结构中鉴定的至少一个肽结构。进行多个治疗分数的比较分析。基于所述比较分析生成治疗输出。治疗输出包括用于治疗所述受试者的推荐治疗计划。
3、在一个或多个实施方案中，提供了一种用于被诊断患有黑色素瘤疾患的受试者的治疗管理的方法。所述方法包括接收对应于与从所述受试者获得的生物样品中的一组糖蛋白相关的一组肽结构的肽结构数据。使用从所述肽结构组的第一子集的肽结构数据中鉴定的第一量化数据来计算派姆单抗(pembrolizumab)的第一治疗的第一治疗分数。所述第一子集包括从表2中所列的多个肽结构中鉴定的至少一个肽结构。使用从所述肽结构组的第二子集的肽结构数据中鉴定的第二量化数据来计算由纳武单抗(nivolumab)和伊匹单抗(ipilimumab)组成的第二治疗的第二治疗分数。所述第二子集包括从表3中所列的多个肽结构中鉴定的至少一个肽结构。进行所述第一治疗分数和所述第二治疗分数的比较分析。基于比较分析生成治疗输出。所述治疗输出将所述第一治疗和所述第二治疗中的一者鉴定为用于受试者的推荐治疗。
4、在一个或多个实施方案中，提供了一种用于治疗被诊断患有黑色素瘤疾患的受试者的方法。所述方法包括接收对应于从受试者获得的生物样品中的一组糖蛋白的肽结构数据。使用从一组肽结构的肽结构数据中鉴定的量化数据来计算治疗分数。所述肽结构组包括从表1中所列的多个肽结构中鉴定的至少一个肽结构。使用所述治疗分数生成指示所述受试者对治疗的预测反应的治疗输出。向反应为包括正向反应分类的预测反应的患者施用治疗。施用步骤包括以治疗剂量静脉内或口服施用推荐治疗或其衍生者中的至少一者。治疗选定为由以下组成的组中的一者：派姆单抗的第一治疗，其治疗剂量为每三周施用200mg、每三周施用2mg/kg、或每6周施用400mg中的至少一者；而由纳武单抗和伊匹单抗组成的第二治疗，治疗剂量为施用1mg/kg纳武单抗与3mg/kg伊匹单抗、或3mg/kg纳武单抗与1mg/kg伊匹单抗。
5、在一个或多个实施方案中，提供了一种用于管理被诊断患有黑色素瘤疾患的受试者的治疗的方法。所述方法包括接收样品群体的样品数据。所述样品数据表征被诊断患有黑色素瘤疾患的多个样品受试者对治疗的反应，并且包括用于所述多个样品受试者中的每名受试者的肽结构集合的样品肽结构数据。基于多个样品受试者的反应将样品数据分为对应于第一反应分类的第一组和对应于第二反应分类的第二组。使用样品数据进行差异丰度分析以比较对应于第一反应分类的第一组样品数据和对应于第二反应分类的第二组样品数据，以从肽结构集合中鉴定一组肽结构。所述肽结构组包含在第一反应分类和第二反应分类之间选出的n个最为不同的肽结构。接收对应于从所述受试者获得的生物样品中的一组糖蛋白的肽结构数据。使用从所述肽结构组的肽结构数据中鉴定的量化数据来计算治疗的治疗分数。使用治疗分数生成指示所述受试者对治疗的预测反应的治疗输出。
6、在一个或多个实施方案中，提供了一种治疗受试者的黑色素瘤的方法。所述方法包括接收对应于从所述受试者获得的生物样品中的一组糖蛋白的肽结构数据。使用从一组肽结构的肽结构数据中鉴定的量化数据来计算治疗分数。所述肽结构组包括从表1中所列的多个肽结构中鉴定的至少一个肽结构。使用所述治疗分数计算治疗输出。如果所述治疗输出包括派姆单抗治疗的正向反应分类或将派姆单抗治疗鉴定为推荐治疗中的至少一者，则向所述受试者施用派姆单抗治疗。
7、在一个或多个实施方案中，提供了一种治疗受试者的黑色素瘤的方法。所述方法包括接收对应于从所述受试者获得的生物样品中的一组糖蛋白的肽结构数据。使用从一组肽结构的肽结构数据中鉴定的量化数据来计算治疗分数。所述肽结构组包括从表1中所列的多个肽结构中鉴定的至少一个肽结构。使用治疗分数来计算治疗输出。如果所述治疗输出包括纳武单抗和伊匹单抗的组合治疗的正向反应分类或将组合治疗鉴定为推荐治疗中的至少一者，则向所述受试者施用所述组合治疗。
8、在一个或多个实施方案中，提供了一种鉴定患有黑色素瘤的患者以用派姆单抗治疗进行治疗的方法。所述方法包括接收对应于从所述受试者获得的生物样品中的一组糖蛋白的肽结构数据。使用从一组肽结构的肽结构数据中鉴定的量化数据来计算治疗分数。所述肽结构组包括从表1中所列的多个肽结构中鉴定的至少一个肽结构。使用所述治疗分数生成治疗输出。如果所述治疗输出包括派姆单抗治疗的正向反应分类或将派姆单抗治疗鉴定为推荐治疗中的至少一者，则用所述派姆单抗治疗对所述患者进行治疗。
9、在一个或多个实施方案中，提供了一种鉴定患有黑色素瘤的患者以用包含纳武单抗和伊匹单抗的组合治疗进行治疗的方法。所述方法包括接收对应于从所述受试者获得的生物样品中的一组糖蛋白的肽结构数据。使用从一组肽结构的肽结构数据中鉴定的量化数据来计算治疗分数。所述肽结构组包括从表1中所列的多个肽结构中鉴定的至少一个肽结构。使用所述治疗分数生成治疗输出。如果所述治疗输出包括组合治疗的正向反应分类或将组本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种用于管理被诊断患有黑色素瘤或非小细胞肺癌疾患的受试者的治疗的方法，所述方法包括：
2.如权利要求1所述的方法，其中生成所述治疗输出包括：
3.如权利要求2所述的方法，其中所述选定阈值为0.5。
4.如权利要求2所述的方法，其中生成所述预测反应包括：
5.如权利要求4所述的方法，其中所述第一预测反应分类是持续控制并且其中所述第二预测反应分类是早期中断。
6.如权利要求1-5中任一项所述的方法，其中所述治疗是派姆单抗，并且其中所述肽结构组包括从表2中所列的多个肽结构中鉴定的至少一个肽结构。
7.如权利要求1-6中任一项所述的方法，其中所述疾患为黑色素瘤并且所述治疗包含纳武单抗和伊匹单抗的组合，并且其中所述肽结构组包括从表3中所列的多个肽结构中鉴定的至少一个肽结构。
8.如权利要求1-7中任一项所述的方法，其中所述治疗结果包含修改所述受试者的治疗计划的建议。
9.如权利要求8所述的方法，其中所述修改治疗计划的建议包括为所述受试者选择不同治疗、改变所述治疗的剂量、或将所述治疗与至少一种
10.如权利要求1-9中任一项所述的方法，其中计算所述治疗分数包括：
11.如权利要求10所述的方法，其中所述肽结构组的一个肽结构的参考丰度是样品群体中肽结构的多个丰度的中值，并且其中所述肽结构组的一个糖肽结构的选定丰度是相对丰度，而所述肽结构组的一个无糖基化肽结构的选定丰度是绝对丰度。
12.如权利要求1-11中任一项所述的方法，所述方法还包括：
13.如权利要求12所述的方法，其中所述统计算法包含Wilcoxon秩和检验。
14.如权利要求12或权利要求13所述的方法，其中鉴定所述肽结构组包括：
15.如权利要求14所述的方法，其中所述选出的N个最为不同的肽结构是20个肽结构。
16.如权利要求14或权利要求15所述的方法，其中：
17.如权利要求16所述的方法，其中所述持续时间段为12个月并且所述初始时间段为6个月。
18.如权利要求1-17中任一项所述的方法，其中所述至少一个肽结构包含由肽序列和在所述肽序列的连接位点处连接至所述肽序列的聚糖结构所定义的糖肽结构，如表1中所鉴定的，其中所述肽序列是表7中定义的SEQ ID NO:21-46中的一者。
19.如权利要求1-18中任一项所述的方法，其中所述肽结构组的肽结构的量化数据包含调整丰度、相对丰度、绝对丰度、标准化丰度、相对量、调整量、标准化量、相对浓度、调整浓度或标准化浓度中的至少一者。
20.如权利要求1-19中任一项所述的方法，其中所述肽结构数据是使用多反应监测质谱分析(MRM-MS)生成的。
21.如权利要求1-20中任一项所述的方法，所述方法还包括：
22.如权利要求21所述的方法，所述方法还包括：
23.如权利要求1-22中任一项所述的方法，其中所述治疗输出包含所述治疗的设计或所述治疗的治疗剂量中的至少一者。
24.如权利要求1-23中任一项所述的方法，所述方法还包括：
25.如权利要求1-24中任一项所述的方法，所述方法还包括：
26.如权利要求1-25中任一项所述的方法，所述方法还包括：
27.一种用于被诊断患有黑色素瘤或非小细胞肺癌疾患的受试者的治疗管理的方法，所述方法包括：
28.如权利要求27所述的方法，其中生成所述治疗输出包括：
29.如权利要求27或权利要求28所述的方法，其中所述疾患是黑色素瘤，并且所述多种治疗包含派姆单抗的第一治疗和由纳武单抗与伊匹单抗组成的第二治疗。
30.如权利要求27-29中任一项所述的方法，其中执行所述比较分析包括：
31.如权利要求30所述的方法，其中所述选定阈值为0.5。
32.如权利要求27-31中任一项所述的方法，其中生成所述治疗输出包括：
33.如权利要求32所述的方法，其中当所述对应治疗分数高于选定阈值时，所述预测反应分类是持续控制，而当所述对应治疗分数不高于所述选定阈值时，所述预测反应分类是早期中断。
34.如权利要求33所述的方法，其中所述选定阈值为0.5。
35.如权利要求27-34中任一项所述的方法，其中生成所述治疗输出包括：
36.如权利要求35所述的方法，其中所述修改现有治疗计划的建议包括为所述受试者选择不同治疗、改变作为现有治疗计划一部分的治疗的剂量、或将所述治疗与...
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】
1.一种用于管理被诊断患有黑色素瘤或非小细胞肺癌疾患的受试者的治疗的方法，所述方法包括：
2.如权利要求1所述的方法，其中生成所述治疗输出包括：
3.如权利要求2所述的方法，其中所述选定阈值为0.5。
4.如权利要求2所述的方法，其中生成所述预测反应包括：
5.如权利要求4所述的方法，其中所述第一预测反应分类是持续控制并且其中所述第二预测反应分类是早期中断。
6.如权利要求1-5中任一项所述的方法，其中所述治疗是派姆单抗，并且其中所述肽结构组包括从表2中所列的多个肽结构中鉴定的至少一个肽结构。
7.如权利要求1-6中任一项所述的方法，其中所述疾患为黑色素瘤并且所述治疗包含纳武单抗和伊匹单抗的组合，并且其中所述肽结构组包括从表3中所列的多个肽结构中鉴定的至少一个肽结构。
8.如权利要求1-7中任一项所述的方法，其中所述治疗结果包含修改所述受试者的治疗计划的建议。
9.如权利要求8所述的方法，其中所述修改治疗计划的建议包括为所述受试者选择不同治疗、改变所述治疗的剂量、或将所述治疗与至少一种其他治疗组合中的至少一者。
10.如权利要求1-9中任一项所述的方法，其中计算所述治疗分数包括：
11.如权利要求10所述的方法，其中所述肽结构组的一个肽结构的参考丰度是样品群体中肽结构的多个丰度的中值，并且其中所述肽结构组的一个糖肽结构的选定丰度是相对丰度，而所述肽结构组的一个无糖基化肽结构的选定丰度是绝对丰度。
12.如权利要求1-11中任一项所述的方法，所述方法还包括：
13.如权利要求12所述的方法，其中所述统计算法包含wilcoxon秩和检验。
14.如权利要求12或权利要求13所述的方法，其中鉴定所述肽结构组包括：
15.如权利要求14所述的方法，其中所述选出的n个最为不同的肽结构是20个肽结构。
16.如权利要求14或权利要求15所述的方法，其中：
17.如权利要求16所述的方法，其中所述持续时间段为12个月并且所述初始时间段为6个月。
18.如权利要求1-17中任一项所述的方法，其中所述至少一个肽结构包含由肽序列和在所述肽序列的连接位点处连接至所述肽序列的聚糖结构所定义的糖肽结构，如表1中所鉴定的，其中所述肽序列是表7中定义的seq id no:21-46中的一者。
19.如权利要求1-18中任一项所述的方法，其中所述肽结构组的肽结构的量化数据包含调整丰度、相对丰度、绝对丰度、标准化丰度、相对量、调整量、标准化量、相对浓度、调整浓度或标准化浓度中的至少一者。
20.如权利要求1-19中任一项所述的方法，其中所述肽结构数据是使用多反应监测质谱分析(mrm-ms)生成的。
21.如权利要求1-20中任一项所述的方法，所述方法还包括：
22.如权利要求21所述的方法，所述方法还包括：
23.如权利要求1-22中任一项所述的方法，其中所述治疗输出包含所述治疗的设计或所述治疗的治疗剂量中的至少一者。
24.如权利要求1-23中任一项所述的方法，所述方法还包括：
25.如权利要求1-24中任一项所述的方法，所述方法还包括：
26.如权利要求1-25中任一项所述的方法，所述方法还包括：
27.一种用于被诊断患有黑色素瘤或非小细胞肺癌疾患的受试者的治疗管理的方法，所述方法包括：
28.如权利要求27所述的方法，其中生成所述治疗输出包括：
29.如权利要求27或权利要求28所述的方法，其中所述疾患是黑色素瘤，并且所述多种治疗包含派姆单抗的第一治疗和由纳武单抗与伊匹单抗组成的第二治疗。
30.如权利要求27-29中任一项所述的方法，其中执行所述比较分析包括：
31.如权利要求30所述的方法，其中所述选定阈值为0.5。
32.如权利要求27-31中任一项所述的方法，其中生成所述治疗输出包括：
33.如权利要求32所述的方法，其中当所述对应治疗分数高于选定阈值时，所述预测反应分类是持续控制，而当所述对应治疗分数不高于所述选定阈值时，所述预测反应分类是早期中断。
34.如权利要求33所述的方法，其中所述选定阈值为0.5。
35.如权利要求27-34中任一项所述的方法，其中生成所述治疗输出包括：
36.如权利要求35所述的方法，其中所述修改现有治疗计划的建议包括为所述受试者选择不同治疗、改变作为现有治疗计划一部分的治疗的剂量、或将所述治疗与至少另一种其他治疗组合中的至少一者。
37.如权利要求27-36中任一项所述的方法，其中生成所述治疗输出包括：
38.如权利要求27-37中任一项所述的方法，其中所述疾患是黑色素瘤，并且其中所述多种治疗中的第一治疗包含派姆单抗，其中所述多种治疗中的第二治疗包含纳武单抗和伊匹单抗的组合，并且其中计算所述多个治疗分数包括：
39.如权利要求27-38中任一项所述的方法，其中计算所述多个治疗分数包括：
40.如权利要求39所述的方法，其中所述肽结构组的一个肽结构的参考丰度是样品群体中肽结构的多个丰度的中值，并且其中所述肽结构组的一个糖肽结构的选定丰度是相对丰度，而所述肽结构组的一个无糖基化肽结构的选定丰度是绝对丰度。
41.如权利要求27-40中任一项所述的方法，所述方法还包括：
42.如权利要求41所述的方法，其中所述统计算法包含wilcoxon秩和检验。
43.如权利要求41或权利要求42所述的方法，其中鉴定所述子集包括：
44.如权利要求43所述的方法，其中所述选出的n个最为不同的肽结构是20个肽结构。
45.如权利要求43或权利要求44所述的方法，其中：
46.如权利要求45所述的方法，其中所述持续时间段为12个月并且所述初始时间段为6个月。
47.如权利要求27-46中任一项所述的方法，其中所述至少一个肽结构包含由肽序列和在所述肽序列的连接位点处连接至所述肽序列的聚糖结构所定义的糖肽结构，如表1中所鉴定的，其中所述肽序列是表7中定义的seq id no:21-46中的一者。
48.如权利要求27-47中任一项所述的方法，其中所述肽结构组的肽结构的量化数据包含调整丰度、相对丰度、绝对丰度、标准化丰度、相对量、调整量、标准化量、相对浓度、调整浓度或标准化浓度中的至少一者。
49.如权利要求27-48中任一项所述的方法，其中所述肽结构数据是使用多反应监测质谱分析(mrm-ms)生成的。
50.如权利要求27-49中任一项所述的方法，所述方法还包括：
51.如权利要求50所述的方法，所述方法还包括：
52.如权利要求27-51中任一项所述的方法，其中所述推荐治疗计划鉴定推荐治疗和所述推荐治疗的治疗剂量。
53.如权利要求52所述的方法，所述方法还包括：
54.如权利要求27-53中任一项所述的方法，所述方法还包括：
55.一种用于被诊断患有黑色素瘤疾患的受试者的治疗管理的方法，所述方法包括：
56.如权利要求55所述的方法，其中计算所述第一治疗分数包括：
57.如权利要求55或权利要求56所述的方法，其中计算所述第二治疗分数包括：
58.一种用于治疗被诊断患有黑色素瘤或非小细胞肺癌疾患的受试者的方法，所述方法包括：
59.一种用于治疗被诊断患有黑色素瘤疾患的受试者的方法，所述方法包括：
60.一种用于管理被诊断患有黑色素瘤或非小细胞肺癌疾患的受试者的治疗的方法，所述方法包括：
61.如权利要求60所述的方法，其中所述肽结构组包括从表1、表12、表14或表16中所列的多个肽结构中鉴定的至少一个肽结构。
62.如权利要求60或权利要求61所述的方法，其中所述差异丰度分析使用wilcoxon秩和检验进行。
63.如权利要求60-62中任一项所述的方法，其中所述选出的n个最为不同的肽结构是20个肽结构。
64.如权利要求60-63中任一项所述的方法，其中：
65.如权利要求64所述的方法，其中所述持续时间段为12个月并且所述初始时间段为6个月。
66.一种治疗受试者的黑色素瘤或非小细胞肺癌的方法，所述方法包括：
67.如权利要求66所述的方法，其中所述施用包括：
68.如权利要求66所述的方法，其中所述施用包括：
69.如权利要求66所述的方法，其中所述施用包括：
70.如权利要求66-69中任一项所述的方法，其中所述施用包括：
71.如权利要求66-70中任一项所述的方法，其中所述施用包括：
72.一种治疗受试者的黑色素瘤或非小细胞肺癌的方法，所述方法包括：
73.如权利要求72所述的方法，其中所述施用包括：
74.如权利要求72所述的方法，其中所述施用包括：
75.如权利要求72-74中任一项所述的方法，其中所述施用包括：
76.如权利要求72-75中任一项所述的方法，其中所述施用包括：
77.一种鉴定黑色素瘤或非小细胞肺癌患者以用派姆单抗治疗进行治疗的方法，所述方法包括：
78.如权利要求77所述的方法，其中以每3周200mg的剂量施用所述派姆单抗治疗。
79.如权利要求77所述的方法，其中以每3周2mg/kg的剂量施用所述派姆单抗治疗。
80.如权利要求77所述的方法，其中以每3周400mg的剂量施用所述派姆单抗治疗。
81.如权利要求77-80中任一项所述的方法，其中经由静脉内施用途径施用所述派姆单抗治疗。
82.如权利要求77-81中任一项所述的方法，其中每三周施用所述派姆单抗治疗，共四剂。
83.一种鉴定患有黑色素瘤的患者以用包含纳武单抗和伊匹单抗的组合治疗进行治疗的方法，所述方法包括：
84.如权利要求83所述的方法，其中以1mg/kg纳武单抗与3mg/kg伊匹单抗组合的剂量施用所述组合治疗。
85.如权利要求83所述的方法，其中以3mg/kg纳武单抗与1mg/kg伊匹单抗组合的剂量施用所述组合治疗。
86.如权利要求83-85中任一项所述的方法，其中经由静脉内施用途径施用所述组合治疗。
87.如权利要求83-86中任一项所述的方法，其中每三周施用所述组合治疗，共四剂。
88.一种用于分析来自患者的样品中的一组肽结构的方法，所述方法包括：
89.如权利要求88所述的方法，其中所述前体离子的质荷(m/z)比在表6中列出的与所述肽结构对应的前体离子的m/z比的±1.0内。
90.如权利要求88所述的方法，其中所述前体离子的质荷(m/z)比在表6中列出的与所述肽结构对应的前体离子的m/z比的±0.5内。
91.如权利要求88-90中任一项所述的方法，其中所述产物离子的质荷(m/z)比在表6中列出的与所述肽结构对应的前体离子的m/z比的±0.8内。
92.如权利要求88-90中任一项所述的方法，其中所述产物离子的质荷(m/z)比在表6中列出的与所述肽结构对应的前体离子的m/z比的±0.5内。
93.如权利要求88-92中任一项所述的方法，所述方法还包括：
94.如权利要求88-93中任一项所述的方法，其中所述反应监测质谱分析系统使用多反应监测质谱分析(mrm-ms)或选定的反应监测质谱分析(srm-ms)中的至少一者来...
【专利技术属性】
技术研发人员：D·塞雷，K·林德潘特纳，G·许，A·N·米切尔，C·E·皮克林，A·斯里尼瓦桑，黄永诚，
申请(专利权)人：维恩生物科学公司，
类型：发明
国别省市：
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