【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及水产动物遗传育种和分子生物学领域，涉及一种与建鲤（ cyprinus carrpiovar.jian）剩余采食量性状相关的snp遗传分子标记及其应用。
技术介绍
1、公开该
技术介绍
部分的信息仅仅旨在增加对本专利技术的总体背景的理解，而不必然被视为承认或以任何形式暗示该信息构成已经成为本领域一般技术人员所公知的现有技术。
2、中国是世界最大的鲤鱼养殖国家，其鲤鱼养殖面积占全球总面积的三分之二以上，鲤鱼年产量在我国淡水鱼中仅次于草鱼、鲢鱼和鳙鱼，排名第四，年产值约370亿元。建鲤是我国重要的鲤鱼养殖品种，因其体型颜色漂亮、生长速度快、抗逆性强、产量高，深受消费者和养殖户欢迎。随着饲料原材料价格上涨，鲤鱼饲料成本一路走高，因此如何节约饲料成本，进而提高生产效率是鲤鱼饲养过程中受关注的关键问题之一。
3、剩余采食量（rfi）定义为实际采食量与预期采食量之差，将能量分为维持能和代谢能，在个体中的表现主要是个体代谢效率上的差异，与体重等生产指标不存在相关性，可以作为一个更好的指标衡量饲料效率。研究表明，剩余采食量作为评价饲料利用效率的表型性状具有中等遗传力，有很好的选择反应。目前，rfi的研究多在禽畜中进行，鱼类rfi鲜见报道。选择rfi优良的基础群体，进行遗传选育，不仅有利于节约饲料成本，而且减少剩余饲料和粪便对水质的污染，低碳环保。
4、通过高通量测序技术，揭示rfi性状的遗传调节机制，遴选出特定表型潜在的分
技术实现思路
1、本专利技术公开提供与建鲤剩余采食量相关的snp分子遗传标记nc_056618.1-18426059，表示鲤第b22染色体nc_056618.1序列上的第18426059位。该标记表明不同基因型建鲤的剩余采食量存在差异，并进行通过建鲤剩余采食量的与全基因组snp遗传标记的关联分析，筛选影响建鲤剩余采食量的效应遗传标记，应用于建鲤的选育，选留低剩余采食量，可有效降低生产过程中饲料消耗量，提高企业经济效益和竞争力，其中涉及的nc_056618.1-18426059遗传标记即snp号为nc_056618.1-18426059的突变位点，见ncbi中鲤鱼基因组数据库（asm1834038v1）。
2、本专利技术一方面，公开了一种与建鲤剩余采食量性状相关的snp分子遗传标记，该标记位于b22号染色体nc_056618.1序列的18426059位点，位于loc109046551和loc109046550之间，该位点为一个c>t突变（突变位点，c>t即表示一个位点不同突变等位基因，c为大频率的等位基因，t为小频率的等位基因，符号>表示等位基因频率大小）。
3、进一步的，所述snp分子遗传标记的突变位点及上下游序列如seq id no.1所示，具体如下：5’-cttcaccttaatactggcgtgtgtctgccaggcggatgcgtgcagctggggggcctcaaggacaacaaagatcttgcattagtcgacaatcagcttccaatggttgccccccatggggatcttacctcgagggtttgggccagaagcgtcctttccaaccgcccacctcctcagaatttgtaaatcaatgcaccaacacaaatgttattttgcacccagcaggaacctccagcaaagcacatcttgtttcatatcctcagaaaaaatttgaccccttaggctctgttcaagctgaggtttattgcccaaccaacacagn（c>t）atctcccattccttaagaaatgcaagaaattttttgttgtcgacaccagcagacaagtcaaagcaacacgctggtaaaatgtgaccacaaacagacgcaattcaggccgtctttgaccacaggcagctcaaagtgctgatgtctaggt-3’；n为突变位点，上述序列的n是c或t时，导致上述序列多态性；5’-和-3’分别表示核苷酸序列的5’端和3’端。
4、本专利技术另一方面，提供一种确定上述snp分子遗传标记的方法，具体步骤如下：
5、（1）培育健康的建鲤个体，选取剩余采食量最低和最高的建鲤取血保存；
6、（2）提取dna，进行dna质量测定；
7、（3）确定建鲤剩余采食量性状关联的snp分子遗传标记。
8、本专利技术另一方面，提供一对上述snp分子遗传标记的引物，所述引物的正向引物序列如seq id no.2所示，具体为：5’-cttcaccttaatactggcgt-3’；反向引物序列如seq idno.3所示，具体为：5’-acctagacatcagcactttg-3’。
9、本专利技术另一方面，提供一种检测snp分子遗传标记的试剂盒，所述试剂盒包含上述引物。
10、进一步的，提供一种snp分子遗传标记试剂盒的使用方法，具体如下：
11、（1）对待检测个体进行尾部采血，edta抗凝，-20℃保存，进行dna提取；
12、（2）试剂盒包含2×taq master mix，正、反向引物；
13、（3）应用sanger测序法对pcr产物进行测序；
14、（4）选取第b22染色体上第18426059位为cc基因型的纯合个体。
15、本专利技术另一方面，提供一种利用上述snp分子遗传标记、snp分子遗传标记的引物或snp分子遗传标记试剂盒在筛选建鲤具有剩余采食量优良性状的个体或亲本的中的用途。
16、与现有技术相比，本专利技术的有益效果是：
17、（1）在鱼类中，本专利技术第一次报道剩余采食量性状相关分子标记及其基因型。本专利技术提供的分子标记经验证与建鲤剩余采食量性状显著相关，可应用于建鲤的选育，在选育过程中选留低剩余采食量的建鲤，可有效降低生产过程中饲料消耗量，提高企业经济效益和竞争力。
18、（2）本专利技术提供一种鉴定上述snp分子遗传标记的引物和试剂盒，可应用于高效筛选具有剩余采食量优良性状的个体或亲本的建鲤。
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1.一种与建鲤剩余采食量性状相关的SNP分子遗传标记，其特征是，该标记位于B22号染色体NC_056618.1序列的18426059位点，所述位点位于LOC109046551和LOC109046550之间，所述位点为一个C>T突变。
2.如权利要求1所述的SNP分子遗传标记，其特征是，所述SNP分子遗传标记的突变位点及上下游序列如SEQ ID NO.1所示，其中，n为突变位点，所述序列的n是C或T时，导致上述序列多态性。
3.一种确定SNP分子遗传标记的方法，具体步骤如下：
4.一种用于检测如权利要求1或2所述SNP分子遗传标记的引物，其特征是，所述引物的正向引物序列如SEQ ID NO.2所示，具体为：5’-CTTCACCTTAATACTGGCGT-3’；所述反向引物序列如SEQ ID NO.3所示，具体为：5’-ACCTAGACATCAGCACTTTG-3’。
5.一种用于检测如权利要求1或2所述SNP分子遗传标记的试剂盒，其特征是，所述试剂盒包含权利要求4所述的引物。
6.一种如权利要求5所述试剂盒的使用方法
7.一种如权利要求1或2所述SNP分子遗传标记、权利要求4所述引物或权利要求5所述试剂盒在筛选建鲤具有剩余采食量优良性状的个体或亲本的中的用途。
...【技术特征摘要】
1.一种与建鲤剩余采食量性状相关的snp分子遗传标记，其特征是，该标记位于b22号染色体nc_056618.1序列的18426059位点，所述位点位于loc109046551和loc109046550之间，所述位点为一个c>t突变。
2.如权利要求1所述的snp分子遗传标记，其特征是，所述snp分子遗传标记的突变位点及上下游序列如seq id no.1所示，其中，n为突变位点，所述序列的n是c或t时，导致上述序列多态性。
3.一种确定snp分子遗传标记的方法，具体步骤如下：
4.一种用于检测如权利要求1或2所述snp分子遗传标记的引物，其特...
【专利技术属性】
技术研发人员：冯文荣，唐永凯，许元峰，贾睿，苏胜彦，于凡，李建林，
申请(专利权)人：中国水产科学研究院淡水渔业研究中心，
类型：发明
国别省市：
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