【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于病原体感染检测领域，具体地，涉及一种病原体宏基因组测序数据的分析方法、装置及其应用，更具体地，涉及一种病原体宏基因组测序数据的阳性结果降级分析方法、装置及其应用。
技术介绍
1、病原学的精准诊断对于感染性疾病的诊断和治疗具有重要意义。传统的病原学诊断高度依赖于临床医师的经验，通常根据患者的临床表现做出病原体的鉴别诊断，针对可疑的病原体进行检测，逐一排查；因传统检测方法的局限性往往无法兼顾罕见致病病原体和混合感染等情况，而宏基因组第二代测序(metagenomics next generationsequencing，简称mngs)技术可以快速、无偏倚地同时检测多种病原体。典型的mngs生物信息学流程由来自原始输入fastq文件的一系列分析步骤组成，包括质量和低复杂性过滤、接头过滤、人类宿主去除、通过与参考数据库比对进行微生物鉴定、可选的序列组装以及在科、属和种的水平上对单个读数和/或连续序列(重叠群)进行分类。
2、病原体宏基因组测序目前需花费大量时间、专业解读人员，并对报告进行审核，输出报阳结果。但是输出的报阳结果会受检出reads数过低或丰度过低的阳性微生物的影响，因此，本领域需求一种分析方法，能够对报阳结果进行降级处理，输出高精度的报阳结果。
技术实现思路
1、有鉴于此，第一方面，本专利技术提供一种病原体宏基因组测序数据的分析方法，包括如下步骤：
2、s1、获取病原体宏基因组测序报阳数据，所述报阳数据包括病原体宏基因组测序的阳性数据和原始
3、s2、对报阳数据进行特定病原体的阳性结果降级；以及
4、s3、输出最终报阳结果步骤。
5、在一些具体的实施方案中，所述分析方法还包括构建解读库的步骤。
6、进一步地，所述解读库可以包括阳性库；更进一步地，所述阳性库构建包括以下步骤：
7、获取已知阳性样本的报告结果，以及与其对应的已知阳性样本的测序数据，将报告结果和测序数据一一对应并标注，从而构建解读库。
8、所述构建解读库的步骤可以在s1步骤之前，也可以在s1步骤之后，也可以在s2步骤之前。
9、进一步地，所述解读库可以包括阴性库；更进一步地，所述阴性库构建包括以下步骤：
10、获取已知阴性样本的报告结果，以及与其对应的已知阴性样本的测序数据，将报告结果和测序数据一一对应并标注，从而构建阴性库。
11、进一步地，所述报告结果包括阳性病原体、疑似病原体及检出的耐药基因；所述测序数据包括特异性reads数、样本编号、对应拉丁文名、基因组覆盖度、相对丰度、类别、对应属名、rpm、致病信息等测序数据常规所具有的数据。
12、进一步地，阳性样本的数量不小于200例，优选不小于1000例，更优选不小于3000例。
13、进一步地，阴性样本的数量不小于50例，优选不小于100例，更优选不小于300例。
14、在一些具体的实施方案中，所述s1步骤进一步包括获得以下数据中的至少一种：物种名、物种对应的属名、属中特异性短核苷酸序列数、测序数据量、人源数据量占总数据量比值、微生物总数据量、致病信息、短核苷酸序列数、阴性对照短核苷酸序列数、特异性短核苷酸序列数、阴性对照特异性短核苷酸序列数、单位短核苷酸序列数、阴性对照单位短核苷酸序列数、相对丰度、覆盖度。
15、在一个具体的实施方案中，所述s2步骤进一步包括如下阳性结果降级条件：
16、读取阳性结果，当待判读阳性病原体≥2时，将所述待判读阳性病原体的reads数与解读库中同种阳性病原体的最低reads数进行比较，如果所述阳性病原体的reads数更低，则对报阳结果进行降级，报成疑似致病菌。
17、在一个具体的实施方案中，所述s2步骤进一步包括如下阳性结果降级条件：
18、读取阳性结果，当待判读阳性病原体≥2时，将所述解读库中同种阳性病原体按reads数从小到大排序，如果待判读阳性病原体的reads数低于解读库中排在前5％的阳性病原体reads数，对报阳结果进行降级，报成疑似致病菌。
19、具体地，在解读库中，共有100次大肠杆菌阳性数据，按reads从低到高排序，待判读病原体reads低于解读库中排在第5的大肠杆菌的reads数时，报成疑似致病菌。
20、第二方面，本专利技术提供一种病原体宏基因组测序数据分析的装置，包括：
21、s1、获取病原体宏基因组测序报阳数据模块，所述报阳数据包括病原体宏基因组测序的阳性数据和原始数据；
22、s2、对报阳数据进行特定病原体的阳性结果降级模块；以及
23、s3、输出最终报阳结果步骤模块。
24、在一些具体的实施方案中，所述装置进一步包括构建临床解读库模块。
25、进一步地，所述解读库可以包括阳性库；更进一步地，所述阳性库构建包括以下步骤：
26、获取临床已知阳性样本的临床报告结果，以及与其对应的已知阳性样本的测序数据，将临床报告结果和测序数据一一对应并标注，从而构建解读库。
27、进一步地，所述解读库可以包括阴性库；更进一步地，所述阴性库构建包括以下步骤：
28、获取临床已知阴性样本的临床报告结果，以及与其对应的已知阴性样本的测序数据，将临床报告结果和测序数据一一对应并标注，从而构建阴性库。
29、进一步地，所述临床报告结果包括阳性病原体、疑似病原体及检出的耐药基因；所述测序数据包括特异性reads数、样本编号、对应拉丁文名、基因组覆盖度、相对丰度、类别、对应属名、rpm、致病信息等测序数据常规所具有的数据。
30、进一步地，阳性样本的数量不小于200例，优选不小于1000例，更优选不小于3000例。
31、进一步地，阴性样本的数量不小于50例，优选不小于100例，更优选不小于300例。
32、在一些具体的实施方案中，所述s3模块进一步包括如阳性结果降级条件：
33、读取阳性结果，当阳性病原体≥2时，将所述阳性病原体的reads数与解读库中同种阳性病原体的最低reads数进行比较，如果所述阳性病原体的reads数更低，则对报阳结果进行降级，报成疑似致病菌。
34、在一些具体的实施方案中，所述s3模块进一步包括如阳性结果降级条件：
35、读取阳性结果，当阳性病原体≥2时，将所述解读库中同种阳性病原体按reads数从小到大排序，如果阳性病原体的reads数低于解读库中排在前5％的阳性病原体reads数，对报阳结果进行降级，报成疑似致病菌。
36、进一步地，所述装置还包括核酸提取模块，所述核酸提取模块用于提取样本的核酸。
37、第三方面，本专利技术提供一种如上所述的分析方法或者装置在制备病原体宏基因组测序数据的试剂盒或者装置中的应用。
38、第四方面，本专利技术提供一种设备，包括：
39、至少一本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种病原体宏基因组测序数据的分析方法，包括如下步骤：
2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述分析方法还包括构建解读库的步骤。
3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，所述解读库包括阳性库，所述阳性库构建包括以下步骤：
4.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，所述解读库包括阴性库，所述阴性库构建包括以下步骤：
5.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述S2步骤进一步包括如下阳性结果降级条件：
6.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述S2步骤进一步包括如下阳性结果降级条件：
7.一种如权利要求1～6中任一项所述的病原体宏基因组测序数据的分析方法在制备病原体宏基因组测序数据的装置中的应用。
8.一种病原体宏基因组测序数据分析的装置，包括：
9.根据权利要求8所述的装置，其特征在于，所述装置进一步包括构建解读库模块。
10.一种病原体宏基因组测序数据分析的设备，包括：
11.一种存储介质，所述存储介质存储有计算机指令，所述计算机指令用于被所述计
...【技术特征摘要】
1.一种病原体宏基因组测序数据的分析方法，包括如下步骤：
2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述分析方法还包括构建解读库的步骤。
3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，所述解读库包括阳性库，所述阳性库构建包括以下步骤：
4.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，所述解读库包括阴性库，所述阴性库构建包括以下步骤：
5.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述s2步骤进一步包括如下阳性结果降级条件：
6.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述s2步骤进一步包...
【专利技术属性】
技术研发人员：杨丽，刘佳，朱鸿坤，戴立忠，李赛，邓小龙，陈姮玉，
申请(专利权)人：圣维数智成都基因科技有限公司，
类型：发明
国别省市：
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