【技术实现步骤摘要】
本申请属于基因检测，具体涉及一种耳聋相关基因检测引物组、试剂盒及其应用。
技术介绍
1、耳聋是一种听觉系统中传音、感音，以及听觉传导通路中的听神经或各级中枢的其中之一或部分发生病变，导致听觉功能障碍、听力减退的疾病，是人类最常见的感觉障碍性疾病之一。
2、目前研究发现，约60％的耳聋由遗传所致，但大部分情况下无法根据临床表现作出病因诊断。遗传性耳聋异质性较高，包含综合征型和非综合征型耳聋，分别占30％和70％，其中非综合征型耳聋主要包括常染色体显性遗传性耳聋、常染色体隐性遗传性耳聋、x连锁遗传性耳聋和线粒体遗传性耳聋，分别占非综合征性遗传性耳聋的80％、15％、1％～4％和1％。
3、流行病学统计结果还显示，正常听力人群耳聋基因突变携带率为4％～6％，80％～90％的耳聋患儿是由听力正常的父母所生。因此对新生儿的耳聋基因进行筛查，有助于耳聋的早发现、早诊断、早干预，同时为预防药物性耳聋提供重要的参考信息。对正常人群的，尤其是将要生育后代的夫妇进行耳聋基因的携带者筛查，可为耳聋的产前诊断提供了必不可少的信息，是避免耳聋患儿出生，预防出生缺陷的重要手段。
4、但是基因突变异质性较高，涉及的基因和突变位点较多，耳聋数据库deafness、variation、database(dvd)显示耳聋致病基因多达224个，超过8000个致病和可能致病突变位点。因此对耳聋基因的筛查需要考虑建立一种高通量、高效率、兼顾性价比的耳聋基因突变检测方法，以实现大规模的产前筛查和新生儿筛查。
5、目前，耳聋基
技术实现思路
1、基于此，本申请一实施例提供一种耳聋相关基因检测引物组以解决传统技术中对于耳聋相关基因检测灵敏度与覆盖度低的问题。
2、本申请一方面提供一种检测耳聋相关基因的引物组，所述引物组包括针对下述180个突变位点进行设计的引物:
3、在其中一个实施例中，所述引物组包括如seq id no.1～seq id no.162所示的引物。
4、本申请另一方面还提供一种耳聋相关基因检测试剂盒，包括所述的引物组。
5、在其中一个实施例中，所述引物组中的每条引物的5’端连接有建库测序所需的通用序列。
6、在其中一个实施例中，所述通用序列包括公共引物、接头和特异性标签。
7、本申请还提供一种耳聋相关基因的建库方法，包括以下步骤：
8、利用权利要求1所述的引物组或权利要求2～5任一项所述的试剂盒，对模板dna进行多重pcr扩增，获得扩增子文库，对扩增子文库进行混合、纯化，获得耳聋相关基因的文库。
9、在其中一个实施例中，所述多重pcr扩增包括第一次pcr扩增耳聋基因位点序列与第二次pcr扩增加入样本特异性的序列。
10、在其中一个实施例中，所述第一次pcr扩增的引物包括yk df panel mix；第二次pcr扩增的引物包括b1-index m、b1-index n。
11、在其中一个实施例中，所述第一次pcr扩增的反应条件为：93℃～95℃，2min～4min；5～7个循环扩增，每个循环为94℃～96℃，8s～12s，56℃～60℃，4min～6min，66℃～70℃，28s～32s；3℃～5℃保持；
12、所述第二次pcr扩增的反应条件为：93℃～95℃，2min～4min；14～16个循环扩增，每个循环为97℃～99℃，8s～12s，58℃～62℃，28s～32s，66℃～70℃，28s～32s；66℃～70℃，4min～6min；3℃～5℃保持。
13、本申请还提供所述建库方法获得的耳聋相关基因的文库。
14、与传统技术相比，本申请具有如下有益效果：
15、本申请基于二代测序，覆盖180个致病突变位点，涉及基因和基因突变位点范围广，覆盖更多的突变位点。相对常规20个位点的筛查项目，本申请对于新生儿耳聋基因筛查可提高耳聋基因突变检出率29％以上，检测覆盖度广。
16、同时，本申请采用单碱基分辨率，对于pcr、基因芯片等技术难以区分的gjb2基因的c.94c>t和c.94c>a、c.250g>c和c.250g>t、c.35del和c.35dup，myo7a基因的c.397del和c.397dup等，检测可准确区分和检测。对于线粒体基因组，覆盖常见的药物性耳聋基因突变，测序深度在5000×以上，检测下限为1％突变丰度，对于线粒体基因突变，本申请能够检出一代测序可能无法检出的突变丰度低于10％的线粒体突变，其中丰度最低的为3％的突变其次，检测灵敏度高。
本文档来自技高网...【技术保护点】
1.一种检测耳聋相关基因的引物组，其特征在于，所述引物组包括针对下述180个突变位点进行设计的引物:
2.根据权利要求1所述的引物组，其特征在于，所述引物组包括如SEQ ID NO.1～SEQID NO.162所示的引物。
3.一种耳聋相关基因检测试剂盒，其特征在于，包括权利要求1～2任一项所述的引物组。
4.根据权利要求2或3所述的试剂盒，其特征在于，所述引物组中的每条引物的5’端连接有建库测序所需的通用序列。
5.根据权利要求4所述的试剂盒，其特征在于，所述通用序列包括公共引物、接头和特异性标签。
6.一种耳聋相关基因的建库方法，其特征在于，包括以下步骤：
7.根据权利要求6所述的建库方法，其特征在于，所述多重PCR扩增包括第一次PCR扩增耳聋基因位点序列与第二次PCR扩增加入样本特异性的序列。
8.根据权利要求7所述的建库方法，其特征在于，所述第一次PCR扩增的引物包括YK DFpanel Mix；第二次PCR扩增的引物包括B1-index M、B1-index N。
9.根据权
10.权利要求6～9任一项所述建库方法获得的耳聋相关基因的文库。
...【技术特征摘要】
1.一种检测耳聋相关基因的引物组，其特征在于，所述引物组包括针对下述180个突变位点进行设计的引物:
2.根据权利要求1所述的引物组，其特征在于，所述引物组包括如seq id no.1～seqid no.162所示的引物。
3.一种耳聋相关基因检测试剂盒，其特征在于，包括权利要求1～2任一项所述的引物组。
4.根据权利要求2或3所述的试剂盒，其特征在于，所述引物组中的每条引物的5’端连接有建库测序所需的通用序列。
5.根据权利要求4所述的试剂盒，其特征在于，所述通用序列包括公共引物、接头和特异性标签。
6.一种耳聋相关基因的建库方法，其特征在于，包括以下步骤：
7.根据权利要求6所...
【专利技术属性】
技术研发人员：林华明，刘晶星，崔静，杨欣燕，赵静，
申请(专利权)人：广州达安临床检验中心有限公司，
类型：发明
国别省市：
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