一种基于FFPE组织的质谱蛋白质组学样品的前处理方法技术

技术编号:40315670 阅读:33 留言:0更新日期:2024-02-07 20:57
本发明专利技术提供一种基于FFPE组织的质谱蛋白质组学样品的前处理方法,包括:获得脱蜡处理后的FFPE组织、高温高压提取脱蜡处理后的FFPE组织中的蛋白质、将所得蛋白质制备为蛋白样品、将所得蛋白样品酶解、将酶解后样品除盐,即得FFPE组织的质谱蛋白质组学样品;本发明专利技术的方法在裂解液中高温高压提取蛋白质,在样本解交联的同时可以达到更高效的蛋白提取,检测到更多的组织中肽段,在保证肽段产率和低漏切率的同时,获得更高的鉴定率,尤其对于陈旧FFPE样本效果更为明显;本发明专利技术的前处理方法具有用时短、成本低、提取效率高、样本重复性好、操作简单方便、同时减少了样本储存时间对样本的影响等优点。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术属于生物学检测领域,特别是涉及一种基于ffpe组织的质谱蛋白质组学样品的前处理方法。


技术介绍

1、临床蛋白质组学研究是通过发现不同病患和健康人之间的蛋白质及其修饰水平的表达丰度差异,以实现疾病人群的分子分型,发现潜在的药物干预靶标和诊断标志物,除体液外,常用的临床样本基本来自活检、手术切除等获得的组织,组织样本主要分为两种:新鲜/冻存和福尔马林固定石蜡包埋(formalin-fixed and paraffin-embedding,ffpe)组织样本,其中ffpe组织在常温下可稳定储存数十年,是组织病理学分析的金标准。ffpe组织样本的一个重要优势是具备长期的临床随访信息,包括个体生活史、疾病分期、无病生存期和死亡时间等信息。这些信息对于多组学分析和目标导向的精准医学实践尤为重要,而这往往是新鲜/冻存组织难以达到的。基于患者人群的ffpe组织开展差异蛋白质组学研究,可以充分利用肿瘤或罕见疾病的样本,发现与疾病诊断、分型、预后和治疗密切相关的生物标志物。

2、目前,ffpe组织来源的切片可通过试剂盒进行蛋白质提取,但目前国内没有统一的本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种基于FFPE组织的质谱蛋白质组学样品的前处理方法,其特征在于,包括以下步骤:

2.根据权利要求1所述的前处理方法,其特征在于,步骤S1中所述脱蜡处理后的FFPE组织为通过对收集的FFPE组织切片上的蜡块组织进行脱蜡处理获得。

3.根据权利要求2所述的前处理方法,其特征在于,步骤S1中,所述FFPE组织切片的厚度为4~10μm;

4.根据权利要求3所述的前处理方法,其特征在于,步骤1)加入甲醇后,所述涡旋、离心中,涡旋时间为5~15s;

5.根据权利要求1所述的前处理方法,其特征在于,步骤S2中,所述高温为:120~125℃;

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【技术特征摘要】

1.一种基于ffpe组织的质谱蛋白质组学样品的前处理方法,其特征在于,包括以下步骤:

2.根据权利要求1所述的前处理方法,其特征在于,步骤s1中所述脱蜡处理后的ffpe组织为通过对收集的ffpe组织切片上的蜡块组织进行脱蜡处理获得。

3.根据权利要求2所述的前处理方法,其特征在于,步骤s1中,所述ffpe组织切片的厚度为4~10μm;

4.根据权利要求3所述的前处理方法,其特征在于,步骤1)加入甲醇后,所述涡旋、离心中,涡旋时间为5~15s;

5.根据权利要求1所述的前处理方法,其特征在于,步骤s2中,所述高温为:120~125℃;

6.根据权利...

【专利技术属性】
技术研发人员:夏雯雯孟丽媛夏立周立
申请(专利权)人:上海交通大学医学院附属第九人民医院
类型:发明
国别省市:

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