【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及生物分子标记，尤其涉及与家马运动性能相关的转座子标记及其应用。
技术介绍
1、马的运动性能是区别于其他畜禽的卓越性能，经过长期的自然选择和人工选择，形成了多种多样出色的赛马品种，比如纯血马以速度和冲刺能力闻名，是各大赛事的明星马种。蒙古马以中长距离的耐力赛表现出色。
2、运动性能是一类复杂的性状，可以分为速度、耐力、步态等类型，受到遗传、环境、饲养和管理调教等方面的影响。虽然传统的基因组单位点碱基标记已经定位了一些关键的突变，比如肌肉生长抑制素基因mstn中的一个功能性snp，该位点cc基因型擅长短跑，ct适合中程比赛，而tt个体则擅长耐力赛。以及dmrt3基因的突变决定了马步调的协调性。但是作为动态的遗传标记，转座子具有活跃性强、遗传结构复杂、调控多个生物学性能等特征，功能学转座子的挖掘将对解析运动性具有重要的意义。
技术实现思路
1、本专利技术聚焦转座子ere1调控运动性能的候选位点，扩大群体验证转座子多态在不同类型马种的差异，为马匹运动性能的改良提供分子遗传标记。血小板反应蛋白ⅰ型基因(thrombospondin type i，thsd7a)主要在胎盘和脐带的内皮细胞中，主要参与细胞骨架形成。据报道该基因突变后可能引起骨质疏松和骨密度降低。在对国内以及国外家马进行全基因组选择信号筛选后，本专利技术发现thsd7a基因座位的多态性转座子变异与家马的运动特性有关，并在国内外的23个品种383个个体中得到了验证。具体地：
2、第一方面，本专利
3、第二方面，本专利技术提供了一种转座子标记，所述转座子标记为马第4号染色体第44790802碱基处(即thsd7a基因的第4-5内含子位置)插入所述的转座子序列或为碱基t。
4、本专利技术通过对多个品种的国内外家马进行了大量的基因型与运动特性研究，发现上述转座子标记位点与家马运动特性的关联性极显著(p<3.56e-6)。
5、在一些实施方案中，所述转座子标记的核苷酸序列为seq id no.2所示。
6、在seq id no.2所示序列中，第801～1038位为seq id no.1所示序列。
7、在一些实施方案中，所述转座子标记的核苷酸序列为seq id no.3所示。
8、第三方面，本专利技术提供了扩增seq id no.2所示序列的引物，包括：seq id no.4和/或seq id no.5所示序列。
9、第四方面，本专利技术提供了一种生物材料，其中含有上述任一实施方案中的转座子序列、或转座子标记、或所述引物。
10、第五方面，本专利技术提供了一种试剂或试剂盒，其中含有上述任一实施方案中的转座子序列、或转座子标记、或所述引物、或生物材料。
11、在一些实施方案中，试剂或试剂盒中还包括标准阳性模板。
12、第六方面，本专利技术提供了一种基因芯片，其中含有上述任一实施方案中的转座子序列、或转座子标记、或所述引物。
13、第七方面，本专利技术提供了上述任一实施方案中的转座子序列、或转座子标记、或所述引物、或所述生物材料、或所述试剂或试剂盒、或所述基因芯片在筛选、或鉴定、或选育马匹的运动特性品种中的应用。
14、第八方面，本专利技术提供了一种马的运动特性品种的鉴定方法，包括：检测马第4号染色体第44790802碱基对处的转座子多态性。
15、优选地，包括以下步骤：
16、1)提取待测马匹的基因组dna；
17、2)以待测马匹的基因组dna为模板，利用seq id no.4和seq id no.5所示引物进行pcr扩增反应，获得pcr扩增产物片段；
18、3)检测pcr扩增产物片段中是否存在seq id no.1所示序列，若存在，则判定待测马匹运动性能良好。
19、在一些实施方案中，若扩增出seq id no.2序列，则判定待测马匹运动性能良好。
20、在一些实施方案中，若扩增出seq id no.3序列，则判定待测马匹不具有作为赛马的运动潜能。
21、优选地，步骤2)中pcr扩增反应体系以25μl计，包括：
22、50-100ng/μl模板dna 1μl；
23、10pmol/μl正向引物 0.5μl；
24、10pmol/μl反向引物 0.5μl；
25、2×taq pcr master mix 13μl；
26、ddh2o 10μl。
27、优选地，pcr扩增反应的条件为：
28、变性64℃；
29、95℃预变性3分钟；
30、95℃变性15秒，64℃退火15秒，72℃延伸60秒，共35个循环；
31、72℃总延伸5分钟。
32、与现有技术相比，本专利技术的有益效果在于：
33、本专利技术提供的分子标记可以快速检测出具有运动特性的马，可用于运动型用马的育种改良。本专利技术的鉴定方法检测家马thsd7a基因转座子插入多态性的方法准确可靠，切实可行。本专利技术家马thsd7a基因的转座子位点的检出，为家马的运动特性的标记辅助选择提供了科学依据。
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1.一种转座子序列，其特征在于，其核苷酸序列为SEQ ID NO.1所示。
2.一种转座子标记，其特征在于，所述转座子标记为马第4号染色体第44790802碱基处插入权利要求1所述的转座子序列或为碱基T。
3.根据权利要求2所述的转座子标记，其特征在于，所述转座子标记的核苷酸序列为SEQ ID NO.2所示。
4.根据权利要求3所述的转座子标记，其特征在于，所述转座子标记的核苷酸序列为SEQ ID NO.3所示。
5.扩增权利要求3所述转座子序列的引物，其特征在于，包括：SEQ ID NO.4和/或SEQID NO.5所示序列。
6.一种生物材料，其特征在于，其中含有权利要求1所述的转座子序列、或权利要求2～4中任一项所述的转座子标记、或权利要求5所述的引物。
7.一种试剂或试剂盒，其特征在于，其中含有权利要求1所述的转座子序列、或权利要求2～4中任一项所述的转座子标记、或权利要求5所述的引物、或权利要求6所述的生物材料。
8.一种基因芯片，其特征在于，其中含有权利要求1所述的转座子序列、或权利要
9.权利要求1所述的转座子序列、或权利要求2～4中任一项所述的转座子标记、或权利要求5所述的引物、或权利要求6所述的生物材料、或权利要求7所述的试剂或试剂盒、或权利要求8所述的基因芯片在筛选、或鉴定、或选育马匹的运动特性品种中的应用。
10.一种马的运动特性品种的鉴定方法，其特征在于，包括：检测马第4号染色体第44790802碱基对处的转座子多态性。
...【技术特征摘要】
1.一种转座子序列，其特征在于，其核苷酸序列为seq id no.1所示。
2.一种转座子标记，其特征在于，所述转座子标记为马第4号染色体第44790802碱基处插入权利要求1所述的转座子序列或为碱基t。
3.根据权利要求2所述的转座子标记，其特征在于，所述转座子标记的核苷酸序列为seq id no.2所示。
4.根据权利要求3所述的转座子标记，其特征在于，所述转座子标记的核苷酸序列为seq id no.3所示。
5.扩增权利要求3所述转座子序列的引物，其特征在于，包括：seq id no.4和/或seqid no.5所示序列。
6.一种生物材料，其特征在于，其中含有权利要求1所述的转座子序列、或权利要求2～4中任一项所述的转座子标记、或权利要求5...
【专利技术属性】
技术研发人员：蒋琳，刘雪雪，浦亚斌，龚颖，马月辉，张艳丽，
申请(专利权)人：中国农业科学院北京畜牧兽医研究所，
类型：发明
国别省市：
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