【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及转录组测序技术和分子标记领域，具体涉及明党参转录组序列est(express sequence tag-simple sequence repeat，表达序列标签)-ssr(简单序列重复)标记的特异引物筛选方法及分子标记引物的应用。
技术介绍
1、明党参(学名：changium smyrnioides wolff)是伞形科明党参单属单种多年生草本植物。明党参在医药方面具有广泛的药用价值，因此开专利技术党参的分子遗传标记，从而建立明党参可靠的鉴定方法尤为必要，对后续明党参品种遗传多样性的检测、分子辅助育种、提高育种效率及探讨功效化学成分生物合成的关联基因家族都具有十分重要的意义。
2、转录组测序技术是通过二代测序平台快速全面地获得某一物种特定细胞或组织在某一状态下的几乎所有的转录本及基因序列，可以用于研究基因的表达量、基因功能、结构、可变剪接和新转录本的预测等。目前常用的分子标记类型包括限制性片段长度多态性(rflp)、随机扩增多态性dna(rapd)、酶切扩增多态性序列(caps)、单核甘酸多态性(snp)、简单重复序列(ssr)等。将转录组序列和ssr序列的研究结合开发出的表达序列标签微卫星est(ex pressed sequence tag)-ssr是一种基于表达基因所在区域的分子标签由编码dna序列且简单序列重复设计的新型分子标记，具有易于搜索标记、多态性高、重复性好、共显性遗传和成本经济高效等优点，且跟功能基因关系紧密，故est-ssr引物开发的分子标记是当前最适合用于种质鉴定、遗传多样性分析
3、目前未见明党参全基因序列，因此利用明党参的转录组数据进行的est-ssr引物的分子标记开发，进一步进行明党参的种质资源鉴定及功能基因的研究就具有重要的价值，也是明党参品种中亟待解决的问题。
技术实现思路
1、针对上述存在的技术不足，本专利技术的目的是提供基于明党参转录组序列开发的est-ssr分子标记，其通过明党参根部denovo转录组分析根部不同部位的差异基因情况，探究明党参中与化学成分生物合成相关的基因特征，对于阐明明党参的药效物质基础，提高明党参药材的质量控制水平，精确根部的功效部位及差异基因，对合理利用明党参药用资源等具有重要意义。
2、为解决上述技术问题，本专利技术采用如下技术方案：
3、基于明党参转录组序列开发的est-ssr分子标记体系，其特征在于，包括11对引物组，分别为changiumssr-5、changiumssr-7、changiumssr-11、changiumssr-12、changiumssr-13、changiumssr-14、changiumssr-15、changiumssr-17、changiumssr-18、changiumssr-21和changiumssr-22，
4、所述引物组changiumssr-5的核苷酸序列如seq id no.1-seq id no.2所示；
5、所述引物组changiumssr-7的核苷酸序列如seq id no.3-seq id no.4所示；
6、所述引物组changiumssr-11的核苷酸序列如seq id no.5-seq id no.6所示；
7、所述引物组changiumssr-12的核苷酸序列如seq id no.7-seq id no.8所示；
8、所述引物组changiumssr-13的核苷酸序列如seq id no.9-seq id no.10所示；
9、所述引物组changiumssr-14的核苷酸序列如seq id no.11-seq id no.12所示；
10、所述引物组changiumssr-15的核苷酸序列如seq id no.13-seq id no.14所示；
11、所述引物组changiumssr-17的核苷酸序列如seq id no.15-seq id no.16所示；
12、所述引物组changiumssr-18的核苷酸序列如seq id no.17-seq id no.18所示；
13、所述引物组changiumssr-21的核苷酸序列如seq id no.19-seq id no
14、.20所示；
15、所述引物组changiumssr-22的核苷酸序列如seq id no.21-seq id no.22所示。
16、本专利技术还涉及基于明党参转录组序列开发的est-ssr分子标记体系，其特征在于，包括11条分子标记的核苷酸序列，分别为changiumssr-5、changiumssr-7、changiumssr-11、changiumssr-12、changiumssr-13、changiumssr-14、changiumssr-15、changiumssr-17、changiumssr-18、changiumssr-21和changiumssr-22；
17、changiumssr-5序列如seq id no.23所示；
18、changiumssr-7序列如seq id no.24所示；
19、changiumssr-11序列如seq id no.25所示；
20、changiumssr-12序列如seq id no.26所示；
21、changiumssr-13序列如seq id no.27所示；
22、changiumssr-14序列如seq id no.28所示；
23、changiumssr-15序列如seq id no.29所示；
24、changiumssr-17序列如seq id no.30所示；
25、changiumssr-18序列如seq id no.31所示；
26、changiumssr-21序列如seq id no.32所示；
27、changiumssr-22序列如seq id no.33所示。
28、本专利技术还涉及基于明党参转录组序列开发的est-ssr分子标记体系在伞形科明党参属明党参和同科植物胡萝卜、旱芹和芫荽品种鉴定区别和品质评价中的应用。
29、本专利技术还涉及基于明党参转录组序列开发的est-ssr分子标记体系的构建方法，其特征在于，具体步骤如下：
30、(3)提取新鲜明党参根部总rna及定性和质量检测；
31、(4)使用文库制备试剂盒构建转录组文库并进行测序分析，获得明党参转录组序列，进行从头转录组组装，获得单基因，统计不同长度转录本和单基因的数量，差异基因的共表达量和蛋白互作网络图；
32、(3)单基因功能注释:使用基于局部比对算法blast软件将单基因序列与各种功能数据库比对，获得单基因的注释信息，得到参与明党参中有效成分生物本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.基于明党参转录组序列开发的EST-SSR分子标记体系，其特征在于，包括11对引物组，分别为ChangiumSSR-5、ChangiumSSR-7、ChangiumSSR-11、ChangiumSSR-12、ChangiumSSR-13、ChangiumSSR-14、ChangiumSSR-15、ChangiumSSR-17、ChangiumSSR-18、ChangiumSSR-21和ChangiumSSR-22，
2.基于明党参转录组序列开发的EST-SSR分子标记体系，其特征在于，包括11条分子标记的核苷酸序列，分别为ChangiumSSR-5、ChangiumSSR-7、ChangiumSSR-11、ChangiumSSR-12、ChangiumSSR-13、ChangiumSSR-14、ChangiumSSR-15、ChangiumSSR-17、ChangiumSSR-18、ChangiumSSR-21和ChangiumSSR-22；
3.权利要求1所述的基于明党参转录组序列开发的EST-SSR分子标记体系在伞形科明党参属明党参和同科植物胡萝卜、
4.权利要求2所述的基于明党参转录组序列开发的EST-SSR分子标记体系在伞形科明党参属明党参和同科植物胡萝卜、旱芹和芫荽品种鉴定区别和品质评价中的应用。
5.基于明党参转录组序列开发的EST-SSR分子标记体系的构建方法，其特征在于，具体步骤如下：
...【技术特征摘要】
1.基于明党参转录组序列开发的est-ssr分子标记体系，其特征在于，包括11对引物组，分别为changiumssr-5、changiumssr-7、changiumssr-11、changiumssr-12、changiumssr-13、changiumssr-14、changiumssr-15、changiumssr-17、changiumssr-18、changiumssr-21和changiumssr-22，
2.基于明党参转录组序列开发的est-ssr分子标记体系，其特征在于，包括11条分子标记的核苷酸序列，分别为changiumssr-5、changiumssr-7、changiumssr-11、changiumssr-12...
【专利技术属性】
技术研发人员：杜清，高海东，宋小明，杨芳，郭苏城，
申请(专利权)人：青海民族大学，
类型：发明
国别省市：
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