【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于植物分子育种，具体涉及一种大麦春化等位基因hvvrn1-12及其检测方法。
技术介绍
1、大麦(hordeum vulgare l.)是禾本科大麦属一年生或越年生草本植物。大麦含有丰富的营养成分，是我国古老粮种之一，是我国藏区藏民的主要粮食作物，具有食用、饲用和酿酒等多种用途。
2、开花是植物生命过程中的重要阶段，植物只有通过开花受精才能获得具有生活力的种子，从而保证物种的延续。影响植物开花的因素有很多，不同植物开花需要不同的环境因素，这导致了植物的广泛分布。在影响植物开花的因素中，温度起着至关重要的作用，一些一年生或多年生温带或亚热带植物开花前需要一段低温过程(一般情况下需要10℃以下6周)进行启动，这段低温过程就叫做春化阶段，这种低温诱导植物开花的效应叫做春化作用。根据对春化需求的不同可将大麦分为春性、弱冬性以及冬性3种生长习性类型。冬性品种开花需要经历春化阶段，春性品种开花不需要经历春化阶段，正常条件下就可以开花。
3、位于大麦第五染色体上的hvvrn1基因，对大麦春化作用起着至关重要的调控作用。hvvrn1野生型基因呈隐性，表现为冬性，基础表达水平，即未春化状态下的表达水平较低，春化作用可使其表达水平逐渐增加，直到启动开花基因。hvvrn1第一内含子(10790bp)包含大量调控基因表达的重要元件，对基因表达具有抑制作用。由hvvrn1第一内含子上大片段序列(>500bp)插入/缺失形成的hvvrn1等位基因具有较高的基础表达水平，表现为春性。到目前为止，在hvvrn1第一内含
技术实现思路
1、本专利技术的目的之一在于提供一种大麦等位基因hvvrn1-12，该等位基因的基础表达水平远远高于此前发现的11种第一内含子等位基因。
2、为实现上述目的，本专利技术采用以下技术方案：
3、大麦等位基因hvvrn1-12，所述hvvrn1-12的核苷酸序列如seq id no.1所示。
4、进一步，所述hvvrn1-12包含hvvrn1第一内含子缺失的8277bp序列片段。
5、进一步，所述hvvrn1-12包含hvvrn1第一内含子缺失的39bp序列片段。
6、进一步，所述hvvrn1-12的基础表达水平是hvvrn1-1的4.0倍，hvvrn1-3的3.2倍，hvvrn1-8的58.6倍，野生型等位基因hvvrn1的384.3倍。
7、进一步，所述等位基因hvvrn1-12从中国陕西大麦地方种zdm01097(国家大麦种质资源库统一编号)中获得，所述zdm01097来源于中国农业科学院作物研究所种质资源库。
8、本专利技术的目的之二在于提供一种用于鉴定所述大麦等位基因hvvrn1-12的引物对。
9、为实现上述目的，本专利技术采用以下技术方案：
10、用于鉴定所述大麦等位基因hvvrn1-12的引物对，所述引物对包括如seq id no.2所示的正向引物1097-f和如seq id no.3所示的反向引物1097-r。
11、本专利技术的目的之三在于提供一种用于鉴定权利要求1所述的大麦等位基因hvvrn1-12的引物对。
12、为实现上述目的，本专利技术采用以下技术方案：
13、用于扩增所述大麦等位基因hvvrn1-12的引物对，所述引物对包括如seq id no.4所示的正向引物和如seq id no.5所示的反向引物。
14、该分子标记位于基因的内部，不会发生分离，检测准确性高。
15、进一步，目的二所述的引物对和/或目的三所述的引物对在大麦等位基因hvvrn1-12分子标记辅助选择育种中的应用。
16、本专利技术的目的之四在于提供一种用于检测大麦等位基因hvvrn1-12的试剂盒。
17、为实现上述目的，本专利技术采用以下技术方案：
18、用于检测大麦等位基因hvvrn1-12的试剂盒，所述试剂盒含有如seq id no.4和seq id no.5所示的引物对。
19、本专利技术的目的之五在于提供一种利用目的二所述的引物对和/或目的三所述的引物对检测大麦等位基因hvvrn1-12的方法，该方法可以同时检测出hvvrn1-12和hvvrn1-8两种等位基因。
20、为实现上述目的，本专利技术采用以下技术方案：
21、大麦等位基因hvvrn1-12的检测方法，具体包括以下步骤：
22、s1：根据大麦春化基因hvvrn1第一内含子上12种大片段插入/缺失的位点差异设计检测hvvrn1-12基因的特异引物对；
23、s2：以待测大麦的基因组dna作为模板进行pcr扩增；
24、s3：根据扩增条带的大小判断是否含有所述的大麦等位基因hvvrn1-12。
25、进一步，2395bp条带鉴定为等位基因hvvrn1-8；601bp条带鉴定为等位基因hvvrn1-12；等位基因hvvrn1-1～hvvrn1-7、hvvrn1-9～hvvrn1-11以及野生型等位基因hvvrn1无扩增产物。
26、进一步，扩增体系为：2x es taq mastermix 5ul，正向引物1μl，反向引物1μl，模板dna1μl，无菌ddh2o补足至10μl。
27、进一步，pcr反应程序为：第一步：预变性94℃，3min；第二步：94℃，30s；60℃，30s；72℃，30s，35个循环；第三步：72℃，10min。
28、本专利技术的目的之六在于提供一种大麦等位基因hvvrn1-12在大麦育种中的应用。
29、为实现上述目的，本专利技术采用以下技术方案：
30、大麦等位基因hvvrn1-12在大麦育种中的应用，所述hvvrn1-12用于调控大麦的春化作用。
31、本专利技术的有益效果在于：
32、1.本专利技术发现的大麦春化基因hvvrn1第一内含子等位基因hvvrn1-12的基础表达水平远远高于之前发现的11种第一内含子等位基因；并且在高寒地区春播种植进行表型田间鉴定，开花时间也早于之前发现的11种第一内含子等位基因，即是说hvvrn1-12是目前发现的hvvrn1第一内含子等位基因中诱导大麦开花最早、春性最强的等位基因，该等位基因可以应用在其他hvvrn1第一内含子等位基因所不能适应的高寒、无霜期短的环境中。
33、2.本专利技术公开的等位基因hvvrn1-12的功能标记准确、稳定、检测方法简单，可以同时检测出hvvrn1-12和h本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.大麦等位基因HvVRN1-12，其特征在于，所述HvVRN1-12的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。
2.根据权利要求1所述的大麦等位基因HvVRN1-12，其特征在于，所述HvVRN1-12包含HvVRN1第一内含子缺失的8277bp序列片段。
3.根据权利要求1所述的大麦等位基因HvVRN1-12，其特征在于，所述HvVRN1-12包含HvVRN1第一内含子缺失的39bp序列片段。
4.用于鉴定权利要求1所述的大麦等位基因HvVRN1-12的引物对，其特征在于，所述引物对包括如SEQ ID NO.2所示的正向引物1097-F和如SEQ ID NO.3所示的反向引物1097-R。
5.用于鉴定权利要求1所述的大麦等位基因HvVRN1-12的引物对，其特征在于，所述引物对包括如SEQ ID NO.4所示的正向引物和如SEQ ID NO.5所示的反向引物。
6.用于检测大麦等位基因HvVRN1-12的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒含有权利要求4和/或权利要求5所述的引物对。
7.权利要求4所述的引物
8.利用权利要求3所述的引物对和/或权利要求4所述的引物对检测权利要求1所述的大麦等位基因HvVRN1-12的方法，其特征在于，具体包括以下步骤：
9.根据权利要求8所述的检测方法，其特征在于，2395bp条带鉴定为等位基因HvVRN1-8；601bp条带鉴定为等位基因HvVRN1-12；等位基因HvVRN1-1～HvVRN1-7、HvVRN1-9～HvVRN1-11以及野生型等位基因HvVRN1无扩增产物。
10.权利要求1-3任一所述大麦等位基因HvVRN1-12在大麦育种中的应用，其特征在于，所述HvVRN1-12用于调控大麦的春化作用。
...【技术特征摘要】
1.大麦等位基因hvvrn1-12，其特征在于，所述hvvrn1-12的核苷酸序列如seq id no.1所示。
2.根据权利要求1所述的大麦等位基因hvvrn1-12，其特征在于，所述hvvrn1-12包含hvvrn1第一内含子缺失的8277bp序列片段。
3.根据权利要求1所述的大麦等位基因hvvrn1-12，其特征在于，所述hvvrn1-12包含hvvrn1第一内含子缺失的39bp序列片段。
4.用于鉴定权利要求1所述的大麦等位基因hvvrn1-12的引物对，其特征在于，所述引物对包括如seq id no.2所示的正向引物1097-f和如seq id no.3所示的反向引物1097-r。
5.用于鉴定权利要求1所述的大麦等位基因hvvrn1-12的引物对，其特征在于，所述引物对包括如seq id no.4所示的正向引物和如seq id no.5所示的反向引物。
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【专利技术属性】
技术研发人员：张赤红，韩思怀，
申请(专利权)人：中国科学院成都生物研究所，
类型：发明
国别省市：
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