【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及农业领域，具体是一种基于snp和逻辑回归模型预测甜玉米胚乳突变基因的方法。
技术介绍
1、甜玉米是在乳熟后期和蜡熟初期收获食用鲜穗的玉米亚品种，是受一个或多个隐性基因控制的玉米胚乳突变体，是重要的果蔬。从20世纪90年代末至今，我国甜玉米产业已步入高速发展阶段。甜到目前为止，已发现至少有14个甜玉米胚乳隐性突变基因，其中有8个胚乳突变基因(su1，sh2，bt1，bt2，ae1，du1，wx1，se1)已应用于商业化育种。大量研究表明，这些胚乳突变基因有着各自特异的基因效应。
2、受单隐性基因甜质sugary1(su1)控制的甜玉米类型被称为普甜玉米。james等(james，robertson and myers，1995)通过mu插入技术克隆到su1的基因全长，明确su1编码淀粉分支酶中的异淀粉酶。目前研究证实su1基因产物为79kd蛋白质，其序列与淀粉脱分支酶sdbe相似，可水解分支多糖的多余的高度分支区以外的不正确位置上形成的α-1，6-糖苷键，从其对底物的专一性表明它属于异淀粉酶。su1突变体表现出胚乳透明且种皮皱缩。laughnan(1953)报道了一种胚乳凹陷的基因突变类型，命名为shrunkern2(sh2)。sh2是由编码adp-葡萄糖焦磷酸化酶大亚基的基因突变而来。对sh2基因效应的研究表明，sh2突变籽粒的含糖量是普通玉米的10倍，其中大部分是蔗糖，而水溶性多糖的积累较少。sh2基因已经被克隆，sh2的表达具有组织特异性。编码大亚基的sh2基因的转录产物存在于胚及胚乳中，但是在胚乳
技术实现思路
1、本专利技术的目的在于提供一种基于snp和逻辑回归模型预测甜玉米胚乳突变基因的方法，以解决上述
技术介绍
中提出的问题。
2、为实现上述目的，本专利技术提供如下技术方案：一种基于snp和逻辑回归模型预测甜玉米胚乳突变基因的方法，其特征在于包括如下步骤：
3、步骤1、选取su1基因和sh2基因，同时对不同snp标记集和惩罚回归在su1和sh2胚乳突变类型预测中的性能进行比对评估，并基于筛选的snp位点、惩罚回归和惩罚系数建立su1和sh2逻辑回归预测模型；
4、步骤2、选取样本及dna提取；
5、步骤3、获取结果，并进行分析。
6、在本案中，所述步骤2选取样本及dna提取包括如下步骤：
7、2.1、玉米籽粒胚乳表型的获取及分类标准；
8、2.2、选取样本及dna提取；
9、2.3、基因分型；
10、2.4、逻辑回归模型构建；
11、2.5、逻辑回归模型建立；
12、2.6、模型评估。
13、在本案中，所述步骤3包括如下子步骤：
14、步骤3.1、sh2和su1所在不同遗传区间snp标记分析；
15、步骤3.2、惩罚回归和snp标记集评估；
16、步骤3.3、惩罚系数和snp标记筛选；
17、步骤3.4、建立预测模型。
18、有益效果是：本专利技术选取了su1基因和sh2基因，同时对不同snp标记集和惩罚回归在su1和sh2胚乳突变类型预测中的性能进行了比对评估，并基于筛选的snp位点、惩罚回归和惩罚系数建立了su1和sh2逻辑回归预测模型，建立su1和sh2预测准确性最高的逻辑回归模型，有效解决了技术需求。
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1.一种基于SNP和逻辑回归模型预测甜玉米胚乳突变基因的方法，其特征在于包括如下步骤：
2.根据权利要求1所述的一种基于SNP和逻辑回归模型预测甜玉米胚乳突变基因的方法，其特征在于，所述步骤2选取样本及DNA提取包括如下步骤：
3.根据权利要求1所述的一种基于SNP和逻辑回归模型预测甜玉米胚乳突变基因的方法，其特征在于，所述步骤3包括如下子步骤：步骤3.1、sh2和su1所在不同遗传区间SNP标记分析；步骤3.2、惩罚回归和SNP标记集评估；
【技术特征摘要】
1.一种基于snp和逻辑回归模型预测甜玉米胚乳突变基因的方法，其特征在于包括如下步骤：
2.根据权利要求1所述的一种基于snp和逻辑回归模型预测甜玉米胚乳突变基因的方法，其特征在于，所述步骤2选取样本及dna提取包括如下步骤...
【专利技术属性】
技术研发人员：卢媛，王晨宇，郑洪建，王慧，胡颖雄，张超，孙萍东，关媛，卫季辉，顾炜，
申请(专利权)人：上海市农业科学院，
类型：发明
国别省市：
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