System.ArgumentOutOfRangeException: 索引和长度必须引用该字符串内的位置。 参数名: length 在 System.String.Substring(Int32 startIndex, Int32 length) 在 zhuanliShow.Bind() 一种蛋白质结合位点预测方法、装置、终端及存储介质制造方法及图纸_技高网

一种蛋白质结合位点预测方法、装置、终端及存储介质制造方法及图纸

技术编号:40185351 阅读:10 留言:0更新日期:2024-01-26 23:49
本发明专利技术公开了一种蛋白质结合位点预测方法、装置、终端及存储介质,涉及生物制药领域。所述方法通过获取待预测蛋白质的蛋白质序列信息和蛋白质结构信息;根据所述蛋白质序列信息和所述蛋白质结构信息构建融合信息,根据所述融合信息确定所述待预测蛋白质对应的预测结合位点。本发明专利技术通过蛋白质的序列和结构的融合信息进行蛋白质结合位点预测,而非采用单一信息进行预测,可以有效提高蛋白质结合位点预测结果的准确性和可靠性。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及生物制药领域,尤其涉及的是一种蛋白质结合位点预测方法、装置、终端及存储介质


技术介绍

1、近年来,人工智能技术及其理论的发展取得长足进步,并被广泛应用于生物制药领域,涌现出一批对蛋白质结合位点进行预测的方法。目前的蛋白质结合位点预测方法通常是基于序列或结构进行预测,预测所采用的分析数据源单一,难以得到准确的蛋白质结合位点。

2、因此,现有技术还有待改进和发展。


技术实现思路

1、本专利技术要解决的技术问题在于,针对现有技术的上述缺陷,提供一种蛋白质结合位点预测方法、装置、终端及存储介质,旨在解决现有技术中基于序列或结构预测蛋白质结合位点,由于预测所采用的分析数据源单一,因此难以得到准确的蛋白质结合位点的问题。

2、本专利技术解决问题所采用的技术方案如下:

3、第一方面,本专利技术实施例提供一种蛋白质结合位点预测方法,所述方法包括:

4、获取待预测蛋白质的蛋白质序列信息和蛋白质结构信息;

5、根据所述蛋白质序列信息和所述蛋白质结构信息构建融合信息,根据所述融合信息确定所述待预测蛋白质对应的预测结合位点。

6、在一种实施方式中,所述融合信息为融合点云数据,所述根据所述蛋白质序列信息和所述蛋白质结构信息构建融合信息,根据所述融合信息确定所述待预测蛋白质对应的预测结合位点,包括:

7、根据所述蛋白质序列信息构建氨基酸点云数据,其中,所述氨基酸点云数据用于反映每一氨基酸的表征信息和结构信息;</p>

8、根据所述蛋白质结构信息构建原子点云数据,其中,所述原子点云数据用于反映每一重原子的位置信息和特征信息;

9、根据所述氨基酸点云数据和所述原子点云数据构建所述融合点云数据,根据所述融合点云数据确定所述预测结合位点。

10、在一种实施方式中,所述根据所述蛋白质序列信息构建氨基酸点云数据,包括:

11、根据所述蛋白质序列信息获取蛋白质序列和氨基酸结构信息,其中,所述氨基酸结构信息用于反映所述蛋白质序列中每一氨基酸的结构信息;

12、根据所述蛋白质序列生成氨基酸表征矩阵,其中,所述氨基酸表征矩阵用于反映所述蛋白质序列中每一氨基酸的表征信息;

13、根据所述氨基酸表征矩阵和所述氨基酸结构信息构建所述氨基酸点云数据。

14、在一种实施方式中,每一氨基酸的结构信息包括骨干原子和侧链质心分别对应的位置信息。

15、在一种实施方式中,所述根据所述蛋白质序列生成氨基酸表征矩阵,包括:

16、将所述蛋白质序列输入预设的蛋白质语言模型;

17、通过所述蛋白质语言模型提取所述蛋白质序列对应的序列表征;

18、根据所述序列表征生成所述氨基酸表征矩阵。

19、在一种实施方式中,每一重原子的特征信息包括原子类型和所述重原子结合的氢原子数量。

20、在一种实施方式中,所述根据所述氨基酸点云数据和所述原子点云数据构建所述融合点云数据,根据所述融合点云数据确定所述预测结合位点,包括:

21、将所述氨基酸点云数据和所述原子点云数据输入预先构建的位点预测网络;

22、通过所述位点预测网络根据所述氨基酸点云数据和所述原子点云数据构建所述融合点云数据,并根据所述融合点云数据确定所述预测结合位点。

23、在一种实施方式中,所述融合点云数据为更新后的氨基酸点云数据,所述位点预测网络用于:

24、根据所述原子点云数据构建原子空间信息表征矩阵,其中,所述原子空间信息表征矩阵用于反映各重原子分别对应的原子空间信息表征;

25、将所述原子空间信息表征矩阵和所述氨基酸点云数据进行融合,得到所述更新后的氨基酸点云数据;

26、根据所述更新后的氨基酸点云数据确定各氨基酸分别对应的氨基酸空间信息表征;

27、根据各氨基酸的所述氨基酸空间信息表征确定所述预测结合位点。

28、在一种实施方式中,所述根据所述原子点云数据构建原子空间信息表征矩阵,包括:

29、根据所述原子点云数据确定各重原子分别对应的第一邻居集合;

30、根据各重原子的所述第一邻居集合确定各重原子分别对应的所述原子空间信息表征;

31、根据各重原子的所述原子空间信息表征构建所述原子空间信息表征矩阵。

32、在一种实施方式中,所述根据所述原子点云数据确定各重原子分别对应的第一邻居集合,包括:

33、根据所述原子点云数据构建各重原子分别对应的第一局部框架矩阵,其中,每一重原子的所述第一局部框架矩阵用于反映以该重原子为中心,并通过与该重原子键合的多个其他重原子定向的空间位置;

34、根据各重原子的所述第一局部框架矩阵确定各重原子分别对应的所述第一邻居集合,其中,每一重原子的所述第一邻居集合包括与该重原子的相近程度由高到低排序的多个重原子。

35、在一种实施方式中,所述根据所述原子点云数据构建各重原子分别对应的第一局部框架矩阵,包括:

36、根据所述原子点云数据构建各重原子分别对应的第一关系矩阵,其中,每一重原子的所述第一关系矩阵用于反映该重原子和与该重原子键合的多个其他重原子的位置信息;

37、根据各重原子的所述第一关系矩阵构建各重原子分别对应的所述第一局部框架矩阵。

38、在一种实施方式中,所述根据各重原子的所述第一邻居集合确定各重原子分别对应的所述原子空间信息表征,包括:

39、针对每一重原子,对该重原子的所述第一邻居集合中各重原子的位置信息和特征信息进行空间卷积;

40、根据空间卷积结果确定该重原子对应的所述原子空间信息表征。

41、在一种实施方式中,所述将所述原子空间信息表征矩阵和所述氨基酸点云数据进行融合,得到所述更新后的氨基酸点云数据,包括:

42、根据所述原子空间信息表征矩阵和所述氨基酸点云数据中的所述氨基酸表征矩阵确定融合表征矩阵;

43、根据所述融合表征矩阵替换所述氨基酸点云数据中的所述氨基酸表征矩阵,得到所述更新后的氨基酸点云数据。

44、在一种实施方式中,所述根据所述更新后的氨基酸点云数据确定各氨基酸分别对应的氨基酸空间信息表征,包括:

45、根据所述更新后的氨基酸点云数据确定各氨基酸分别对应的第二邻居集合;

46、根据各氨基酸的所述第二邻居集合确定各氨基酸分别对应的所述氨基酸空间信息表征。

47、在一种实施方式中,所述根据所述更新后的氨基酸点云数据确定各氨基酸分别对应的第二邻居集合,包括:

48、根据所述更新后的氨基酸点云数据构建各氨基酸分别对应的第二局部框架矩阵,其中,每一氨基酸的所述第二局部框架矩阵用于反映以该氨基酸的骨干原子为中心,并通过前一序列位上的氨基酸的骨干原子和该氨基酸的侧链质心定向的空间位置;

49、根据各氨基酸的所述第本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种蛋白质结合位点预测方法,其特征在于,所述方法包括:

2.根据权利要求1所述的蛋白质结合位点预测方法,其特征在于,所述融合信息为融合点云数据,所述根据所述蛋白质序列信息和所述蛋白质结构信息构建融合信息,根据所述融合信息确定所述待预测蛋白质对应的预测结合位点,包括:

3.根据权利要求2所述的蛋白质结合位点预测方法,其特征在于,所述根据所述蛋白质序列信息构建氨基酸点云数据,包括:

4.根据权利要求3所述的蛋白质结合位点预测方法,其特征在于,每一氨基酸的结构信息包括骨干原子和侧链质心分别对应的位置信息。

5.根据权利要求3所述的蛋白质结合位点预测方法,其特征在于,所述根据所述蛋白质序列生成氨基酸表征矩阵,包括:

6.根据权利要求2所述的蛋白质结合位点预测方法,其特征在于,每一重原子的特征信息包括原子类型和所述重原子结合的氢原子数量。

7.根据权利要求3所述的蛋白质结合位点预测方法,其特征在于,所述根据所述氨基酸点云数据和所述原子点云数据构建所述融合点云数据,根据所述融合点云数据确定所述预测结合位点,包括:p>

8.根据权利要求7所述的蛋白质结合位点预测方法,其特征在于,所述融合点云数据为更新后的氨基酸点云数据,所述位点预测网络用于:

9.根据权利要求8所述的蛋白质结合位点预测方法,其特征在于,所述根据所述原子点云数据构建原子空间信息表征矩阵,包括:

10.根据权利要求9所述的蛋白质结合位点预测方法,其特征在于,所述根据所述原子点云数据确定各重原子分别对应的第一邻居集合,包括:

11.根据权利要求10所述的蛋白质结合位点预测方法,其特征在于,所述根据所述原子点云数据构建各重原子分别对应的第一局部框架矩阵,包括:

12.根据权利要求9所述的蛋白质结合位点预测方法,其特征在于,所述根据各重原子的所述第一邻居集合确定各重原子分别对应的所述原子空间信息表征,包括:

13.根据权利要求8所述的蛋白质结合位点预测方法,其特征在于,所述将所述原子空间信息表征矩阵和所述氨基酸点云数据进行融合,得到所述更新后的氨基酸点云数据,包括:

14.根据权利要求8所述的蛋白质结合位点预测方法,其特征在于,所述根据所述更新后的氨基酸点云数据确定各氨基酸分别对应的氨基酸空间信息表征,包括:

15.根据权利要求14所述的蛋白质结合位点预测方法,其特征在于,所述根据所述更新后的氨基酸点云数据确定各氨基酸分别对应的第二邻居集合,包括:

16.根据权利要求15所述的蛋白质结合位点预测方法,其特征在于,所述根据所述更新后的氨基酸点云数据构建各氨基酸分别对应的第二局部框架矩阵,包括:

17.根据权利要求14所述的蛋白质结合位点预测方法,其特征在于,所述根据各氨基酸的所述第二邻居集合确定各氨基酸分别对应的所述氨基酸空间信息表征,包括:

18.根据权利要求8所述的蛋白质结合位点预测方法,其特征在于,所述根据各氨基酸的所述氨基酸空间信息表征确定所述预测结合位点,包括:

19.一种蛋白质结合位点预测装置,其特征在于,所述装置包括:

20.一种终端,其特征在于,所述终端包括有存储器和一个以上处理器;所述存储器存储有一个以上的程序;所述程序包含用于执行如权利要求1-18中任一所述的蛋白质结合位点预测方法的指令;所述处理器用于执行所述程序。

21.一种计算机可读存储介质,其上存储有多条指令,其特征在于,所述指令适用于由处理器加载并执行,以实现上述权利要求1-18任一所述的蛋白质结合位点预测方法的步骤。

...

【技术特征摘要】

1.一种蛋白质结合位点预测方法,其特征在于,所述方法包括:

2.根据权利要求1所述的蛋白质结合位点预测方法,其特征在于,所述融合信息为融合点云数据,所述根据所述蛋白质序列信息和所述蛋白质结构信息构建融合信息,根据所述融合信息确定所述待预测蛋白质对应的预测结合位点,包括:

3.根据权利要求2所述的蛋白质结合位点预测方法,其特征在于,所述根据所述蛋白质序列信息构建氨基酸点云数据,包括:

4.根据权利要求3所述的蛋白质结合位点预测方法,其特征在于,每一氨基酸的结构信息包括骨干原子和侧链质心分别对应的位置信息。

5.根据权利要求3所述的蛋白质结合位点预测方法,其特征在于,所述根据所述蛋白质序列生成氨基酸表征矩阵,包括:

6.根据权利要求2所述的蛋白质结合位点预测方法,其特征在于,每一重原子的特征信息包括原子类型和所述重原子结合的氢原子数量。

7.根据权利要求3所述的蛋白质结合位点预测方法,其特征在于,所述根据所述氨基酸点云数据和所述原子点云数据构建所述融合点云数据,根据所述融合点云数据确定所述预测结合位点,包括:

8.根据权利要求7所述的蛋白质结合位点预测方法,其特征在于,所述融合点云数据为更新后的氨基酸点云数据,所述位点预测网络用于:

9.根据权利要求8所述的蛋白质结合位点预测方法,其特征在于,所述根据所述原子点云数据构建原子空间信息表征矩阵,包括:

10.根据权利要求9所述的蛋白质结合位点预测方法,其特征在于,所述根据所述原子点云数据确定各重原子分别对应的第一邻居集合,包括:

11.根据权利要求10所述的蛋白质结合位点预测方法,其特征在于,所述根据所述原子点云数据构建各重原子分别对应的第一局部框架矩阵,包括:

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【专利技术属性】
技术研发人员:刘子敬章琳炜李煜幺宝刚
申请(专利权)人:粤港澳大湾区数字经济研究院福田
类型:发明
国别省市:

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