【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
本专利技术总体上涉及用于下一代测序的生物样品的制备。特别地，本专利技术利用微珠的随机组合，所述微珠具有与序列条形码偶联的显微镜可检测或以其他方式可见的标记，用于空间标记和识别源自单个位置的mrna或dna产物，并用于定位样品载玻片中的所述单个位置。
技术介绍
1、在复杂的细胞环境中，组织的细胞常常表现出多种表型，这反映在细胞的rna表达谱中。在现有技术中，rna表达谱已应用于悬浮液中的单细胞，通常利用微孔或乳滴，其中单细胞与包被有独特细胞条形码序列和捕获裂解细胞的poly-amrna的poly-t的微珠封装在一起，在逆转录反应和cdna合成中用细胞条形码序列标记mrna的3’端(参见例如macoskoet al 2015和broad institute inc.的wo 2016040476)。测序后，源自相同原始细胞的mrna转录本可以基于细胞条形码分组在一起，并生成所有细胞的单独基因表达谱。然而，目前的细胞条形码珠仅针对悬浮细胞。
2、为了了解组织内的组织结构、细胞功能和细胞间相互作用，需要将rna表达数据与通过单细胞分辨率和高通量方式检查细胞或组织切片获得的细胞图像和空间信息联系起来。wo 2021046232公开了一种基于光学可读条形码的系统，用于表征单细胞的分子相互作用。该系统依赖于具有多个荧光标记的寡核苷酸探针的使用。仍然需要改进的方法。
技术实现思路
1、如所附权利要求中所限定的本专利技术基于具有可见标记的微珠的新颖设计，该可见标记与标记特异性条形码偶联，使
2、本专利技术的一个目的是提供一种用于检测核酸靶标的构建体，所述构建体包括珠，优选磁珠，其中所述珠包括一种或多种视觉可检测特征和/或所述珠与一种或多种视觉可检测实体偶联，并且其中所述珠包括寡核苷酸，并且所述寡核苷酸包括a)扩增柄(amplification handle)序列，b)对所述视觉可检测特征和/或实体中的一种或多种特异的条形码序列和c)3’末端捕获或锚定序列，并且其中所述寡核苷酸被布置为可从所述珠上分离。优选地，所述末端捕获或锚定序列包括poly-a序列，用于与市售细胞条形码珠上的互补poly-t序列杂交。
3、替代地，细胞条形码序列也可以与可见标记放置在同一构建体上。
4、本专利技术的另一个目的是提供一种组合物，其包括如上限定的几种构建体，优选地具有不同的视觉可检测特征或实体的混合物。
5、本专利技术的另一个目的是提供孔板或芯片，其包括装载至所述板或芯片的孔的根据本专利技术的组合物。
6、本专利技术的另一个目的是提供一种试剂盒，其包括如上文所限定的孔板或芯片和计算机可读实体，所述计算机可读实体包括具有装载至所述板或芯片的孔的本专利技术组合物的所述板或芯片的照片或扫描文件。
7、本专利技术的另一个目的是提供所述构建体或组合物用于鉴定源自生物样品中的单细胞或位置的期望核酸靶标或mrna测序产物的用途。
8、本专利技术的另一个目的是提供一种在单细胞水平上分析生物样品的方法，所述方法包括以下步骤：
9、-将本专利技术的构建体或组合物与生物样品一起或以任何顺序依次装载至包括孔的基底，
10、-在将所述生物样品装载至所述基底之前和/或之后，用显微镜、优选光学显微镜或荧光显微镜对所述基底中的孔进行拍照或扫描；和
11、-任选地确定装载的基底中具有不同的视觉可检测特征和/或实体或其组合的特定孔的位置或坐标。
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1.一种用于检测核酸靶标的构建体，所述构建体包括珠，优选磁珠，其中所述珠包括一种或多种视觉可检测特征和/或所述珠与一种或多种视觉可检测实体偶联，并且其中所述珠包括寡核苷酸，并且所述寡核苷酸包括a)扩增柄序列，b)对所述视觉可检测特征和/或实体中的一种或多种特异的条形码序列和c)3’末端捕获或锚定序列，并且其中所述寡核苷酸被布置为可从所述珠上分离。
2.根据权利要求1所述的构建体，其中，所述3’末端捕获或锚定序列包括poly-A序列、通用扩增柄序列或模板转换兼容序列。
3.根据权利要求1或2所述的构建体，其中，所述视觉可检测特征是所述珠的尺寸、所述珠的颜色、发光或荧光、所述珠的形状或其组合。
4.根据权利要求1-3中任一项所述的构建体，其中，所述寡核苷酸通过可裂解键，优选可光裂解、可化学裂解或可酶促裂解键与所述珠连接。
5.根据权利要求1-4中任一项所述的构建体，其中，所述珠还与化学化合物、抗原或抗体偶联。
6.根据权利要求1-5中任一项所述的构建体，其中，所述珠通过链霉亲和素-生物素或羧酸盐-胺键或通过任何其他键与所述一
7.根据权利要求1-6中任一项所述的构建体，其中，所述扩增柄序列与PCR引物互补，所述引物优选地包括下一代测序兼容的衔接子序列。
8.根据权利要求1-7中任一项所述的构建体，其中，所述构建体包括与所述珠偶联的第二寡核苷酸，所述第二寡核苷酸包括a)第二扩增柄序列，其优选与包括下一代测序兼容的衔接子序列的PCR引物互补，b)对所述珠的视觉可检测特征和/或实体中的一种或多种特异的条形码序列，c)对所述珠特异的条形码序列，d)任选的唯一分子条形码序列，以及e)末端poly-T序列或模板转换兼容序列。
9.一种组合物，包括根据权利要求1-8中任一项所述的构建体。
10.根据权利要求9所述的组合物，其中，所述组合物包括至少2种根据权利要求1-8中任一项所述的构建体的混合物，其提供不同的视觉可检测特征或实体的混合物。
11.根据权利要求10所述的组合物，其中，至少2种构建体的所述混合物包括至少6种、优选至少16种单独的视觉可检测特征和/或实体。
12.根据权利要求11所述的组合物，其中，视觉上不同的构建体类型的数量为16，并且所述构建体中的所述视觉可检测特征选自由所述珠的形状、尺寸、颜色、发光和荧光组成的组。
13.根据权利要求9-12中任一项所述的组合物，其被装载至孔板或芯片。
14.一种孔板或芯片，包括装载至所述板或芯片的孔的根据权利要求9-12中任一项所述的组合物。
15.一种试剂盒，包括根据权利要求14所述的孔板或芯片和计算机可读实体，所述计算机可读实体包括所述板或芯片的照片或扫描的文件，其中根据权利要求9-12中任一项所述的组合物被装载至所述板或芯片的孔。
16.根据权利要求1-8中任一项所述的构建体或根据权利要求9-13中任一项所述的组合物用于鉴定源自单细胞、位置或坐标的期望核酸靶标或mRNA测序产物的用途。
17.一种用于检测生物样品的位置的方法，所述方法包括以下步骤：
18.根据权利要求17所述的方法，还包括以下步骤：
19.根据权利要求17所述的方法，其中，所述方法包括以下步骤：
20.根据权利要求19所述的方法，还包括以下步骤：
21.根据权利要求17所述的方法，其中，所述方法包括以下步骤：
...【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】
1.一种用于检测核酸靶标的构建体，所述构建体包括珠，优选磁珠，其中所述珠包括一种或多种视觉可检测特征和/或所述珠与一种或多种视觉可检测实体偶联，并且其中所述珠包括寡核苷酸，并且所述寡核苷酸包括a)扩增柄序列，b)对所述视觉可检测特征和/或实体中的一种或多种特异的条形码序列和c)3’末端捕获或锚定序列，并且其中所述寡核苷酸被布置为可从所述珠上分离。
2.根据权利要求1所述的构建体，其中，所述3’末端捕获或锚定序列包括poly-a序列、通用扩增柄序列或模板转换兼容序列。
3.根据权利要求1或2所述的构建体，其中，所述视觉可检测特征是所述珠的尺寸、所述珠的颜色、发光或荧光、所述珠的形状或其组合。
4.根据权利要求1-3中任一项所述的构建体，其中，所述寡核苷酸通过可裂解键，优选可光裂解、可化学裂解或可酶促裂解键与所述珠连接。
5.根据权利要求1-4中任一项所述的构建体，其中，所述珠还与化学化合物、抗原或抗体偶联。
6.根据权利要求1-5中任一项所述的构建体，其中，所述珠通过链霉亲和素-生物素或羧酸盐-胺键或通过任何其他键与所述一种或多种视觉可检测实体偶联。
7.根据权利要求1-6中任一项所述的构建体，其中，所述扩增柄序列与pcr引物互补，所述引物优选地包括下一代测序兼容的衔接子序列。
8.根据权利要求1-7中任一项所述的构建体，其中，所述构建体包括与所述珠偶联的第二寡核苷酸，所述第二寡核苷酸包括a)第二扩增柄序列，其优选与包括下一代测序兼容的衔接子序列的pcr引物互补，b)对所述珠的视觉可检测特征和/或实体中的一种或多种特异的条形码序列，c)对所述珠特异的条形码序列，d)任选的唯一分子条形码序列，以及e)末端poly...
【专利技术属性】
技术研发人员：佩伊维·萨瓦莱宁，
申请(专利权)人：斯切尔莱克斯有限公司，
类型：发明
国别省市：
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