【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及生物,具体涉及一种评估ffpe样本完整性的qpcr方法。
技术介绍
1、目前在ngs检验中,除去血液样本,接收的所有组织样本几乎均为ffpe(formalin-fixedparaffin-embedding)样本。为了保证ngs实验数据的准确性与真实性,从ffpe样本中提取纯化出高质量的核酸十分重要。一般核酸提取纯化有三个质检指标:核酸浓度、核酸纯度及核酸完整度。
2、ffpe样本完整性的常用检测方法有:直接电泳法、pcr扩增电泳法(申请号202011340762.8的专利)、生物分析仪分析法等。其中,直接电泳法操作简单,但难以判读,准确性低;pcr扩增电泳法判读存在较大主观性;生物分析仪分析法判读准确,但成本较高,且操作繁琐。
3、因此,目前需要一种成本低、操作简单且准确性高的检测ffpe样本完整性的方法。
技术实现思路
1、为了克服现有技术中的缺陷,本专利技术提供了一种评估ffpe样本完整性的qpcr方法和试剂盒。
2、为实现上述目的,
...【技术保护点】
1.一种评估FFPE样本完整性的qPCR方法,其特征在于,采用序列为SEQ IDNo.1~6的引物和序列为SEQ ID No.7~9的探针扩增ACTB基因;序列为SEQ IDNo.1和SEQ ID No.2的引物扩增得到长度为300bp的产物,序列为SEQ ID No.3和SEQ ID No.4的引物扩增得到长度为150bp的产物,序列为SEQ ID No.5和SEQ ID No.6的引物扩增得到长度为75bp的产物;通过计算300bp与150bp扩增产物的CT的差值,150bp与75bp扩增产物的CT值的差值,评估FFPE样本的完整性。
2.根据权利要求
...【技术特征摘要】
1.一种评估ffpe样本完整性的qpcr方法,其特征在于,采用序列为seq idno.1~6的引物和序列为seq id no.7~9的探针扩增actb基因;序列为seq idno.1和seq id no.2的引物扩增得到长度为300bp的产物,序列为seq id no.3和seq id no.4的引物扩增得到长度为150bp的产物,序列为seq id no.5和seq id no.6的引物扩增得到长度为75bp的产物;通过计算300bp与150bp扩增产物的ct的差值,150bp与75bp扩增产物的ct值的差值,评估ffpe样本的完整性。
2.根据权利要求1所述的qpcr方法,其特征在于,评估ffpe样本的完整性的标准如下:
3.根据权利要求1所述的qpcr方法,其特征在于,3条探针的5’端分别用不同荧光基团修饰,3’端均采用同一淬灭基团修饰;优选地,3条探针的5’端分别采用fam、hex、rox荧光基团修饰,3’端均采用bhq1淬灭基团修饰。
4.根据权利要求1所述的qpcr方法,其特征在于,所述扩增所采用的扩增体系包括10×缓冲液、dntp、无核酸酶水、taq酶、dna模板和引物探针混合液;其中,...
【专利技术属性】
技术研发人员:雷煜兰,郭亮,
申请(专利权)人:上海科医联创医学检验实验室有限公司,
类型:发明
国别省市:
还没有人留言评论。发表了对其他浏览者有用的留言会获得科技券。