【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于分子生物学及植物分子育种，具体涉及基于全基因组重测序开发的菜心核心kasp分子标记及其应用。
技术介绍
1、菜心(brassica campestris l.ssp.chinesis var.utilis tsen et lee.)又名广东菜心，为十字花科芸薹属芸薹种白菜亚种的一个变种，是华南地区栽培面积大，复种指数高的特产蔬菜之一，是“菜篮子”的重要蔬菜供应品种。
2、分子标记(rapd、ssr、indel、snp等)被广泛地应用于菜心种质资源遗传多样性评价、遗传图谱构建与基因定位、分子标记辅助育种等方面。其中，rapd技术较易受到各种因素的影响。无论是模板的质量和浓度、短的引物序列，还是pcr的循环次数、基因组dna的复杂性、技术设备等，都有可能导致rapd结果的不稳定和难重复。ssr标记因其具有多态性高、操作简单等优点，在我国蔬菜作物遗传育种中曾经被普遍应用。但是其无法满足大规模、高通量、自动化的检测需求。snp标记作为第三代分子标记技术，具有以下优势：一是在基因组中密度高、分布更均匀；二是高通量，检测位点可以达到几百万个；三是容易实现数据统计的自动化和数据整合比较。其中，竞争性等位基因pcr(kompetitive allele specificpcr,kasp)是一种基于荧光检测的基因分型技术。该技术现在主要被应用于snp或indel基因的分型研究中，正逐渐成为遗传图谱构建、基因定位、分子辅助育种、种质资源鉴评的主要技术手段。
3、随着我国菜心种质资源收集保护工作的不断推进，以及育
技术实现思路
1、为了克服上述现有技术的不足，本专利技术基于全基因组重测序开发的菜心核心kasp分子标记，为菜心的遗传图谱构建、基因定位、分子辅助育种等工作提供了新的途径。
2、为了实现上述目的，本专利技术所采用的技术方案是：
3、本专利技术第一方面提供了用于扩增菜心kasp分子标记的kasp引物，所述菜心kasp分子标记包括编号为kasp1～40所示标记(共40个kasp标记)中的至少一种：
4、所述kasp1标记为碱基g/a，位于菜心a01染色体上，位置为菜心全基因组序列的第11610782位；
5、所述kasp2标记为碱基a/t，位于菜心a01染色体上，位置为菜心全基因组序列的第2704979位；
6、所述kasp3标记为碱基a/c，位于菜心a01染色体上，位置为菜心全基因组序列的第28651393位；
7、所述kasp4标记为碱基a/c，位于菜心a01染色体上，位置为菜心全基因组序列的第1698491位；
8、所述kasp5标记为碱基a/g，位于菜心a02染色体上，位置为菜心全基因组序列的第185869位；
9、所述kasp6标记为碱基a/t，位于菜心a02染色体上，位置为菜心全基因组序列的第17100560位；
10、所述kasp7标记为碱基c/a，位于菜心a02染色体上，位置为菜心全基因组序列的第23423862位；
11、所述kasp8标记为碱基a/g，位于菜心a02染色体上，位置为菜心全基因组序列的第10001726位；
12、所述kasp9标记为碱基t/c，位于菜心a03染色体上，位置为菜心全基因组序列的第10862382位；
13、所述kasp10标记为碱基t/g，位于菜心a03染色体上，位置为菜心全基因组序列的第8493116位；
14、所述kasp11标记为碱基c/g，位于菜心a03染色体上，位置为菜心全基因组序列的第19697759位；
15、所述kasp12标记为碱基t/c，位于菜心a03染色体上，位置为菜心全基因组序列的第27623567位；
16、所述kasp13标记为碱基t/c，位于菜心a04染色体上，位置为菜心全基因组序列的第18088070位；
17、所述kasp14标记为碱基t/c，位于菜心a04染色体上，位置为菜心全基因组序列的第6258410位；
18、所述kasp15标记为碱基t/c，位于菜心a04染色体上，位置为菜心全基因组序列的第10026614位；
19、所述kasp16标记为碱基c/g，位于菜心a04染色体上，位置为菜心全基因组序列的第16218350位；
20、所述kasp17标记为碱基g/a，位于菜心a05染色体上，位置为菜心全基因组序列的第3145717位；
21、所述kasp18标记为碱基a/c，位于菜心a05染色体上，位置为菜心全基因组序列的第18572144位；
22、所述kasp19标记为碱基g/a，位于菜心a05染色体上，位置为菜心全基因组序列的第9463552位；
23、所述kasp20标记为碱基a/c，位于菜心a05染色体上，位置为菜心全基因组序列的第28192892位；
24、所述kasp21标记为碱基a/g，位于菜心a06染色体上，位置为菜心全基因组序列的第6852121位；
25、所述kasp22标记为碱基g/a，位于菜心a06染色体上，位置为菜心全基因组序列的第10677734位；
26、所述kasp23标记为碱基a/g，位于菜心a06染色体上，位置为菜心全基因组序列的第22257476位；
27、所述kasp24标记为碱基g/c，位于菜心a06染色体上，位置为菜心全基因组序列的第9965983位；
28、所述kasp25标记为碱基c/t，位于菜心a07染色体上，位置为菜心全基因组序列的第1174293位；
29、所述kasp26标记为碱基g/a，位于菜心a07染色体上，位置为菜心全基因组序列的第10981162位；
30、所述kasp27标记为碱基g/t，位于菜心a07染色体上，位置为菜心全基因组序列的第9983050位；
31、所述kasp28标记为碱基t/c，位于菜心a07染色体上，位置为菜心全基因组序列的第26272325位；
32、所述kasp29标记为碱基g/a，位于菜心a08染色体上，位置为菜心全基因组序列的第1301114位；
33、所述kasp30标记为碱基g/a，位于菜心a08染色体上，位置为菜心全基因组序列的第10565599位；
34、所述kasp31标记为碱基a/g，位于菜心a08染色体上，位置为菜心全基因组序列的第3345952位；
35、所述kasp32标记为碱基a/g，位于菜心a08染色体上，位置为菜心全基因组序列的第17050414位；
36、所述kasp33标记为碱基t/c，位于菜心a09染色体上本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.用于扩增菜心KASP分子标记的KASP引物，其特征在于，所述菜心KASP分子标记包括编号为KASP1～40所示标记中的至少一种：
2.根据权利要求1所述的用于扩增菜心KASP分子标记的KASP引物，其特征在于，引物F1的5’端添加FAM荧光标签序列，所述FAM荧光标签序列如SEQ ID NO:121的核苷酸序列所示，引物F2的5’端添加HEX荧光标签序列，所述HEX荧光标签序列如SEQ ID NO:122的核苷酸序列所示。
3.含有权利要求1或2所述的KASP引物的检测产品，其特征在于，所述检测产品包括检测试剂、试剂盒和芯片。
4.权利要求1或2所述的KASP引物或权利要求3所述的检测产品在以下任一方面中的应用：
5.根据权利要求4所述的应用，其特征在于，包括以下步骤：
6.根据权利要求5所述的应用，其特征在于，PCR扩增的反应体系为10μL，包括20ng/μL～30ng/μL的DNA 2μL，KASP引物共0.28μL，其中两条F引物各0.07μL，R引物0.14μL，2×KASPMaster mixture 5μ
7.根据权利要求5所述的应用，其特征在于，PCR扩增的反应条件为：94℃,15min；94℃,20sec，63℃～55℃,1min，每个循环降0.8℃，共10个循环；94℃,20sec，55℃,1min，共26个循环；荧光信号值的读取条件为16℃，20S。
...【技术特征摘要】
1.用于扩增菜心kasp分子标记的kasp引物，其特征在于，所述菜心kasp分子标记包括编号为kasp1～40所示标记中的至少一种：
2.根据权利要求1所述的用于扩增菜心kasp分子标记的kasp引物，其特征在于，引物f1的5’端添加fam荧光标签序列，所述fam荧光标签序列如seq id no:121的核苷酸序列所示，引物f2的5’端添加hex荧光标签序列，所述hex荧光标签序列如seq id no:122的核苷酸序列所示。
3.含有权利要求1或2所述的kasp引物的检测产品，其特征在于，所述检测产品包括检测试剂、试剂盒和芯片。
4.权利要求1或2所述的kasp引物或权利要求3所述的检测产...
【专利技术属性】
技术研发人员：张艳，杨豪，张文彬，黎庭耀，刘文超，沈卓，杨易，周轩，吴增祥，
申请(专利权)人：广东省农业科学院蔬菜研究所，
类型：发明
国别省市：
还没有人留言评论。发表了对其他浏览者有用的留言会获得科技券。