【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于生物育种，具体涉及一种可用于民猪选育的15k液相芯片制备方法及基因分型方法。
技术介绍
1、“种业振兴，良种先行”，优良种猪群体是现代生猪产业发展的前提和基础，在促进增产提效方面具有十分关键的作用。我国的地方猪遗传资源是五千年农耕文明流传下来的宝贵财富，是传承中华文明的鲜活载体，也是维护国家生态安全和农业安全的重要战略资源。保护好利用好地方猪遗传资源，对于提升我国畜牧业综合生产能力和核心竞争力，深入实施乡村振兴战略，更好满足广大人民日益增长、不断升级和个性化的畜产品需求意义重大。
2、由于遗传变异的存在，不同品种或群体才表现出表型差异。遗传变异主要通过遗传标记反映，目前被广泛应用的遗传标记是分子水平的snp标记。snp标记的主要检测方法为芯片检测法和高通量测序法。利用芯片进行snp检测，具有操作简便、通量高等特点，目前主要有固相芯片和液相芯片两种。在猪上，已经有成熟的商业芯片如60k芯片(porcinesnp60)、中芯一号芯片等，它们均为固相芯片。在使用中，人们逐渐发现固相芯片存在一些缺点，如①检测位点固定，...
【技术保护点】
1.一种可用于民猪选育的15K液相芯片制备方法，其特征在于，所述的液相芯片由民猪15K探针混合液和杂交捕获剂构成；所述的15K液相芯片制备方法包括以下步骤：
2.根据权利要求1所述的一种可用于民猪选育的15K液相芯片制备方法，其特征在于步骤二中所述的对提取的民猪耳组织DNA进行全基因组重测序是指：
3.根据权利要求2所述的一种可用于民猪选育的15K液相芯片制备方法，其特征在于所述的获得高质量的干净读长，是对去除低质量碱基数的读长，进行生物信息学分析，得到高质量SNP数据，具体步骤如下：1)使用软件BWA将完成质控后的干净读长与猪参考基因组序列进...
【技术特征摘要】
1.一种可用于民猪选育的15k液相芯片制备方法，其特征在于，所述的液相芯片由民猪15k探针混合液和杂交捕获剂构成；所述的15k液相芯片制备方法包括以下步骤：
2.根据权利要求1所述的一种可用于民猪选育的15k液相芯片制备方法，其特征在于步骤二中所述的对提取的民猪耳组织dna进行全基因组重测序是指：
3.根据权利要求2所述的一种可用于民猪选育的15k液相芯片制备方法，其特征在于所述的获得高质量的干净读长，是对去除低质量碱基数的读长，进行生物信息学分析，得到高质量snp数据，具体步骤如下：1)使用软件bwa将完成质控后的干净读长与猪参考基因组序列进行比对，通过比对定位干净读长在参考基因组上的位置；所述的完成质控指高质量数据获取中完成去除低质量碱基数的读长；2)依据步骤1)的结果，使用软件gatk的haplotypecaller模块进行变异检测，检测参数为：gatk best practices；使用软件gatk的variantfiltration模块进行过滤，过滤参数为：--filter-expression"qd<2.0||qual<30.0||mq<40.0||fs>60.0||sor>3.0||mqranksum<-12.5||readposranksum<-8.0"；3)根据参考基因组的注释文件，在参考基因组注释文件的snp数据集基础上进行位置注释，获得高质量snp位点数据。
4.根据权利要求1所述的一种可用于民猪选育的15k液相芯片制备方法，其特征在于步骤二中，在全基因组水平筛选snp位点，筛选原则为：挑选的snp位点要在全基因组均匀分布，每个snp位点的最小等位基因频率大于0.35。
5.根据权利要求1所述的一种可用于民猪选育的15k液相芯片制备方法，其特征在于步骤三中，遵循液相捕获技术的探针设计原则，所述的探针设计原则为：探针长度110bp；探针gc...
【专利技术属性】
技术研发人员：张冬杰，刘娣，何鑫淼，王文涛，田明，
申请(专利权)人：黑龙江省农业科学院畜牧研究所，
类型：发明
国别省市：
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