一种CRISPR质粒与引物设计系统技术方案

本发明专利技术公开了一种CRISPR质粒与引物设计系统，属于生物信息学技术领域。本发明专利技术公开了一种可以允许客户给定基因组、给定CRISPR母版载体、允许对多个靶点进行批量的引物和质粒图谱设计，输出的结果除gRNA及质量评估以外，还提供了可用于扩增gRNA、同源臂、载体骨架的引物、鉴定引物以及方便后续克隆构建时的测序数据比对以及追溯的质粒图谱。本发明专利技术通过Border引物设计策略克服了常规引物设计带来的3’端引物特异性差的问题。设计完整引物的同时满足扩增获得完整的目标DNA序列及3'端特异性更高的要求。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及一种crispr质粒与引物设计系统，属于生物信息学。

技术介绍

1、crispr可被用于单个或多个靶点的敲除、敲入等基因/基因组编辑，方便快捷。利用crispr对微生物基因组进行精准编辑时，常需要将crispr系统和左/右同源臂构建到载体上，形成完整的crispr质粒，包括载体骨架、cas蛋白的表达元件、grna的表达元件、左/右同源臂，以及需要敲入的序列(编辑方式为敲入)等。为实现高效的crispr编辑，针对不同的宿主，要选择适配类型的cas蛋白，选择合适的靶序列来设计grna，设计适宜长度的同源臂序列；另外，在构建crispr质粒时，目前常用的构建方法是分两个阶段：第一步，先通过pcr、酶切/酶连、golden gate或gibson assembly等方法将grna连接到质粒上，然后将利用化学合成或利用pcr从目标基因组上扩增等方法获取左右同源臂，并将其与该质粒组装到一起形成完整的crispr质粒，最后还需要经过菌落pcr和dna测序来确定crispr质粒以及编辑后的突变体菌株的正确性，整个流程较为复杂。另一方面，近年来，人们试图通过多本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种CRISPR质粒与引物设计的方法，其特征在于，所述方法包括：

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，用户根据需求设置Cas蛋白类型、PAM序列、gRNA序列的长度、设计gRNA的算法模型、gRNA的设计区域和设计gRNA的正负链进行gRNA序列的设计和筛选。

3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述引物包括扩增上下游同源臂的引物、扩增敲入片段的引物、扩增gRNA表达框的引物、扩增线性化载体骨架的引物；可选的，还包括鉴定引物；所述gRNA表达框包括gRNA_common_part和gRNA。

4.根据权利要求1或3所述的方法，其特征在于...

【技术特征摘要】

1.一种crispr质粒与引物设计的方法，其特征在于，所述方法包括：

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，用户根据需求设置cas蛋白类型、pam序列、grna序列的长度、设计grna的算法模型、grna的设计区域和设计grna的正负链进行grna序列的设计和筛选。

3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述引物包括扩增上下游同源臂的引物、扩增敲入片段的引物、扩增grna表达框的引物、扩增线性化载体骨架的引物；可选的，还包括鉴定引物；所述grna表达框包括grna_common_part和grna。

4.根据权利要求1或3所述的方法，其特征在于，所述引物的设计采用或不采用border_range引物设计策略，所述border_range引物设计策略：

5.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，采用border引物设计策略时，引物序列由“primer_border+efficient_primer”组成；当不采用border引物设计策略时，将efficient_primer的5’端固定在目标片段的末端处进行efficient_primer引物的设计；或，在外延区域进行efficient_primer引物的...

【专利技术属性】
技术研发人员：杨统见，谢尚波，凌路頔，肖贡，罗小舟，杰·基斯林，
申请(专利权)人：中国科学院深圳先进技术研究院，
类型：发明
国别省市：