一种与玉米开花期相关基因的分子标记及应用制造技术

本发明专利技术涉及一种与玉米开花期相关基因的分子标记及应用

【技术实现步骤摘要】
locus(QTL)analysis[J].Journal of Natural Resources and Life Sciences Education 34:121
‑
125.)。

技术实现思路

[0004]本专利技术的目的之一是提供一种与玉米开花期相关基因的分子标记
。
[0005]本专利技术的另一个目的是提供与玉米开花期相关基因的分子标记的应用
。
[0006]扩增与玉米开花期相关基因的分子标记
ME1
的引物对，其中
ME1
正向引物序列为
SEQ ID NO.1
，反向引物序列为
SEQ ID NO.2。
[0007]与玉米开花期相关基因的分子标记，其特征在于：所述相关基因位于玉米第1号染色体上，与所述基因连锁的分子标记为
ME1
，所述分子标记由上述引物对扩增得到，扩增片段长度
901bp。
[0008]一种与玉米开花期相关基因的分子标记，所述的分子标记是使用引物对，以玉米基因组为模板通过
PCR
扩增后得到的
SNP
位点，共有三个
SNP
位点，其中第一位和第三位
SNP
经由氨基酸分析为同义突变，故着重分析第二位
SNP
位点，在扩增产物的第
645
位，开花期晚材料基因型为
T
，开花期早材料基因型为
G。
所述的引物对序列如下：
[0009]SEQ ID NO.1
：5’
CCAGCCCTCATTCCTTGCA
‑3’
，
[0010]SEQ ID NO.2
：5’
GGCAGGCTGAAGTCCAGATT
‑3’
。
[0011]获得所述的与玉米开花期相关的分子标记的引物对也在本专利技术的保护范围之内，所述的引物对序列如下所示：
[0012]SEQ ID NO.1
：5’
CCAGCCCTCATTCCTTGCA
‑3’
，
[0013]SEQ ID NO.2
：5’
GGCAGGCTGAAGTCCAGATT
‑3’
。
[0014]本专利技术通过在关联分析和连锁分析相结合的方法挖掘到与开花期显著相关的
SNP
位点，进而开发出了分子标记
。
该标记能够显著影响玉米开花期
。
因此，本专利技术的提出为筛选优质高产早熟玉米材料提供了新的技术手段
。
附图说明
[0015]图1为全基因组关联分析定位到显著位点
1:53369716,
[0016]其中
A
为散粉期表型分析，
B
散粉期表型全基因组关联分析
,
[0017]图2为
ZmEIL3
多态性位点的单倍型分析，
[0018]图3为
ZmEIL3
对开花期及穗重表型的作用分析
。
[0019]图4为
ZmEIL3
对开花期的作用分析
。
[0020]其中
Hap 1、2
是2种单倍型，
a
，
b
，
c
代表差异性，利用最小显著差法进行多重比较，如果在
p<0.05
水平两组之间具有显著差异，则用不同的小写字母标注
。
如果有相同的字母标注，则说明两组之间无显著差异
。
具体实施方式
[0021]下面结合具体实施例来进一步描述本专利技术，本专利技术的优点和特点将会随具体实施方式的描述而更为清楚
。
但实施例仅是范例性的，并不对本专利技术的范围构成任何限制
。
本领域技术人员应该理解的是，在不偏离本专利技术的精神和范围下可以对本专利技术技术方案的细节
和形式进行修改或替换，但这些修改和替换均落入本专利技术的保护范围内
。
[0022]一种与玉米开花期相关基因的分子标记，所述相关基因位于玉米第1号染色体上，对
369
份玉米自交系材料在甘肃对开花期性状进行了三年的调查
。
本专利技术通过整合关联分析和连锁分析的优点，利用多环境下连锁分析确定可靠
QTL
置信区间，利用广泛变异种质资源通过关联分析确定候选基因及功能位点，进而开发出了分子标记
。
[0023]与所述基因连锁的分子标记为
ME1
，扩增与玉米开花期相关基因的分子标记的引物对，其中
ME1
正向引物序列为
SEQ ID NO.1
，反向引物序列为
SEQ ID NO.2。
在开花期晚花材料中分子标记扩增产物为
T
，表明该材料具有晚花等位基因的存在，表现出晚花表型；在开花期早材料中扩增产物为
G
，表明该材料具有早花等位基因，表现出开花提前表型
。
[0024]具体的，本专利技术提供的分子标记是通过以下方法获得：
[0025]全基因组关联分析：来自国内外，热带
/
亚热带和温带的
369
份玉米自交系，均为常规材料，不含转基因成分
。
利用二代测序技术，对喇叭口期叶片组织进行全基因组测序，共产生了
6034.2Gb
的原始数据
。
通过测序深度
>2
，最小等位基因频率
>0.05
，缺失率
<0.25
过滤后，此外，用于全基因组关联分析
(Genome
‑
wide association study,GWAS)
的
SNP
标记的进一步过滤标准如下：
1、
删除拼接阶段产生的重叠群组装成的长序列片段
(Scaffolds)
；
2、
去除缺失率
(missing rate)
大于
20
％的
SNP
位点；
3、
保留最小等位基因频率
(minor allele frequency,MAF)
小于5％的
SNP
位点
。
结果在
369
份不同的玉米种质资源中共鉴定出
3997283
个高质量的
SNP
位点
。
同时考虑群体结构和亲缘关系的混合线性模型
(MLM)
进行关联分析发现，共关联到
17
个显著位点，其中
3:53900672、6:83651448、7:117480970...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.
扩增与玉米开花期相关基因的分子标记
ME1
的引物对，其中
ME1
正向引物序列为
SEQ ID NO.1
：5’
CCAGCCCTCATTCCTTGCA
‑3’
，反向引物序列为
SEQ ID NO.2
：5’
GGCAGGCTGAAGTCCAGATT
‑3’
。2.
与玉米开花期相关基因的分子标记
ME1
，其特征在于：所述相关基因位于玉米第1号染色体上，与所述基因连锁的分子标记为
ME1
，所述分子标记
ME1
由下述引物对扩增得到，扩增产物为
901bp
；其中
ME1
正向引物序列为
SEQ ID NO.1
：5’
CCAGCCCTCATTCCTTGCA
‑3’
，反向引物序列为
SEQ ID NO.2
：5’
GGCAGGCTGAAGTCCA...

【专利技术属性】
技术研发人员：景海春，郝怀庆，于倩，田壮壮，吴小园，尚丽，
申请(专利权)人：中国科学院植物研究所，
类型：发明
国别省市：