【技术实现步骤摘要】
一种仿刺参性别特异性分子标记及其筛选方法、应用
[0001]本专利技术涉及
DNA
分子标记
，涉及水生生物性别特异性分子标记筛选及性别鉴定领域，具体涉及一种仿刺参性别特异性分子标记及其筛选方法
、
应用
。
技术介绍
[0002]仿刺参
(
学名：
Apostichopus japonicus)
属于棘皮动物门海参纲，具有极高的经济价值，被誉为“参中之冠”。
在海水养殖
、
良种繁育以及科学实验研究中均需要进行性别鉴定
。
仿刺参为雌雄异体，但通过表型观察无法对其性别进行准确的鉴定，并且仿刺参具有同形性染色体，在核型和基因序列等方面具有很高的相似性，很难简易地通过性染色体比较来区分性别
。DNA
分子标记是性别鉴定的重要工具，目前关于仿刺参性别特异性分子标记以及通过基因组结构变异
(SV)
联合基因组覆盖度
(Coverage)
筛选
DNA
...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
1.
一种仿刺参性别特异性分子标记，其特征在于，其核苷酸序列如
SEQ ID NO:1
所示
。2.
用于扩增权利要求1所述仿刺参性别特异性分子标记的引物，其特征在于，上游引物序列如
SEQ ID NO:2
所示，下游引物序列如
SEQ ID NO:3
所示
。3.
一种仿刺参性别特异性分子标记的筛选方法，其特征在于，包括以下步骤：
(1)
将雄性和雌性仿刺参样品进行基因组重测序，将获得的数据对比到参考基因组，去除重复，对基因组进行基因组结构变异及基因组覆盖度的预测；
(2)
对每个样本进行基因组结构变异的基因分型以及各位点覆盖深度的统计；
(3)
统计所有雄性和雌性仿刺参特异的基因组结构变异及雄性有且雌性没有的覆盖深度位点，分析确定仿刺参雄性特异的分子标记
。4.
根据权利要求3所述的仿刺参性别特异性分子标记的筛选方法，其特征在于，在步骤
(1)
中，将获得的数据用
BWA
软件对比到参考基因组，获得对比结果
。5.
根据权利要求3所述的仿刺参性别特异性分子标记的筛选方法，其特征在于，所述对基因组进行基因组结构变异的预测为：使用结构变异鉴定软件
Delly、Manta、Smoove
多款软件联合检测基因组结构变异，将每个样本预测的基因组结构变异文件进行合并；对基因组覆盖度的预测为：使用
BAMStats
检测基因组覆盖度
。6.
根据权利要求3所述的仿刺参性别特异性分子标记的筛选方法，其特征在于，所述对每个样本中基因组结构变异进行基因分型为：使用
Dell...
【专利技术属性】
技术研发人员：包立随，韩文韬，陈成琴，乔润雨，王师，
申请(专利权)人：中国海洋大学，
类型：发明
国别省市：
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