一种基于病理图像分析热激通路方法技术

本发明专利技术公开一种基于病理图像分析热激通路方法，本发明专利技术属于医学图像处理和计算机视觉技术领域，具体为一种基于影像组学分析的病理图像预测热激通路方法

【技术实现步骤摘要】
一种基于病理图像分析热激通路方法


[0001]本专利技术属于图像处理
，尤其涉及一种基于病理图像分析热激通路方法
。

技术介绍

[0002]基于病理图像分析热激通路对及疾病研究和医疗诊断有重要意义
。
目前研究表明
54℃
热刺激会激活促癌通路，从而促进食管鳞癌的发生和转移
。
然而，这些研究热激通路的发现是基因转录组数据的分析，具有相当的局限性
。

技术实现思路

[0003]本专利技术提供一种基于病理图像分析热激通路方法，能够基于病理图像数据，提取影像组学特征，分析热激通路，以将病理组学特征分类，挖掘病理组学表型表达的潜在生物学意义
。
[0004]本专利技术是这样实现的，一种基于病理图像分析热激通路方法，其特征在于，包括以下步骤：
[0005]步骤
S1
：获取组织病理图像数据和转录组测序数据，并划分训练集和测试集；
[0006]步骤
S2
：对组织病理图像数据进行预处理，得到预处理后的组织病本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.
一种基于病理图像分析热激通路方法，其特征在于，包括以下步骤：步骤
S1
：获取组织病理图像数据和转录组测序数据，并划分训练集和测试集；步骤
S2
：对组织病理图像数据进行预处理，得到预处理后的组织病理图像数据；步骤
S3
：对预处理后的组织病理图像数据进行感兴趣区域
ROI
分割，提取并筛选病理组学特征，得到预后病理组学特征；构建病理组学标签，并评估病理组学标签的预测性能；步骤
S4
：基于转录组测序数据，构建训练集和测试集的基因共表达模块，评估基因共表达模块在组间的保守性，保留高保守性的模块；步骤
S5
：对每个保留下来的模块做基于训练集样本的基因集变异分析，以计算患者特定的
GSVA
评分；步骤
S6
：进行
Pearson
相关性分析，分析各个保留模块的
GSVA
评分与病理组学标签之间的相关性，并筛选出与病理组学标签显著相关的模块；步骤
S7
：对筛选出的模块中基因做通路富集分析，计算通路的
GSVA
评分，挖掘预后病理组学特征中与每一个特征显著相关的通路，选择相关性最高的通路，将特征进行分类，得到与热激通路相关的病理组学特征
。2.
根据权利要求1所述的一种基于病理图像分析热激通路方法，其特征在于，在步骤
S3
中，对预处理后的组织病理图像数据进行感兴趣区域
ROI
分割，具体包括：利用
Qupath
软件在组织病理图像上手动分割感兴趣区域，随后，间隔两个月随机选取病人再次对其组织病理图像的
ROI
进行分割
。3.
根据权利要求2所述的一种基于病理图像分析热激通路方法，其特征在于，在步骤
S3
中，提取并筛选病理组学特征，具体包括：通过
python
从组织病理图像分割的
ROI
中提取病理组学特征；计算组内相关系数
ICC
，来评估观察者内部之间特征提取的再现性，选取
ICC
大于等于
0.85
的特征；计算每个所选特征的一致性指数
C
‑
index
，来评估与患者总生存期的单变量相关性，选择
C
‑
index≥0.55
特征，用

【专利技术属性】
技术研发人员：阎婷，许淞瑞，刘丽丽，闫振鹏，陈国慧，周琦超，
申请(专利权)人：山西医科大学，
类型：发明
国别省市：