一种皮肤表皮细胞抗衰基因库及其构建方法和应用技术

本发明专利技术公开了一种皮肤表皮细胞抗衰基因库及其构建方法和应用

【技术实现步骤摘要】
一种皮肤表皮细胞抗衰基因库及其构建方法和应用


[0001]本专利技术属于生物
，涉及一种皮肤表皮细胞抗衰基因库及其构建方法和应用
。

技术介绍

[0002]皮肤的老化分为内源性老化和外源性老化，内源性老化指由基因程序性变化所引起的老化，外源性老化指由外界影响因素导致的老化，如紫外线照射
、
吸烟
、
环境污染等
。
人体皮肤长年累月不可避免的会受到太阳光照射，太阳光中的紫外线照射是直接引起皮肤老化的最主要因素，这种老化也称为光老化
。
光老化的皮肤由于反复暴露于紫外线而引起的结构和功能的特征性改变
。
临床上表现为皱纹
、
皮肤松弛
、
粗糙
、
萎缩
、
斑点状色素沉着
、
雀斑
、
毛细血管扩张
、
紫癜以及癌变等
。
由于皮肤的光老化临床表现直观，又是最重要的外源性皮肤老化，因此越来越受到人们的重视
。
[0003]皮肤光老化是一种多因素疾病
。
近些年来，随着医学基础理论的发展和实验技术的创新，对病因及发病机理已经有了比较深入的了解
。
但是，光老化的机制十分复杂，牵涉到许多酶
、
受体以及信号转导途径，其中部分机制尚未完全明了
。
对其具体的分子生物学过程，至今仍存在许多疑问
。
因此从基因水平上，对光老化机制进行更深入的探索将是我们未来研究的主要方向
。
对基因的研究，传统的方法有：蛋白质双向电泳法，缺点是很难得到足够量的蛋白质来分析和克隆差异表达的基因，因此，难以深入研究
。
基因芯片技术在研究基因差异性表达时具有高通量性的特点，即能在一次杂交实验中同时监测数以千计的基因表达，大大提高了效率，因此目前国内外利用基因芯片技术研究基因的差异性表达逐渐成为热点
。
必将成为光老化机制的研究的主要技术手段
。
数据库操作简单，数据全面，免费共享，并为后期数据挖掘和信息推广提供了良好的平台
。GEO
数据库在分子生物学领域中有着广泛的应用前景，为皮肤光老化相关基因的挖掘与筛选提供了最佳平台
。
但是现有皮肤衰老转录组研究的材料来源不同，实验方法不同，评估结果准确度低
。
[0004]因此，亟需提供一种广谱性强，准确度高的基因库，用于评估现有原料和新原料的抗衰效果
。

技术实现思路

[0005]针对现有技术的不足和实际需求，本专利技术提供一种皮肤表皮细胞抗衰基因库及其构建方法和应用，弥补了现有皮肤衰老转录组众多研究的材料来源不同，实验方法不同导致分析结果不同的缺陷，广谱性强，准确度高
。
[0006]为达到此专利技术目的，本专利技术采用以下技术方案：
[0007]第一方面，本专利技术提供了一种建立皮肤表皮细胞抗衰基因库的方法，所述方法包括：获取转录组分析公共数据库原始数据，筛选差异基因，得到初筛基因库，构建自然衰老模型，将得到的表达谱与初筛基因库进行对比补充，即得所述皮肤表皮细胞抗衰基因库
。
[0008]通过本专利技术的方法构建的皮肤表皮细胞抗衰基因库广谱性强，准确度高，弥补了
现有皮肤衰老转录组众多研究的材料来源不同，实验方法不同导致分析结果不同的缺陷
。
[0009]优选地，所述原始数据包括：从基因表达综合数据库下载的与皮肤
、
角化细胞
、
紫外线和衰老相关的转录组分析数据
。
[0010]优选地，所述原始数据还包括自然衰老基因和光老化基因的基因数据
。
[0011]优选地，所述自然衰老基因的来源包括人源自然衰老基因和鼠源自然衰老基因；所述光老化基因的来源包括人源光老化基因
。
[0012]优选地，所述人源自然衰老基因的数据来源包括
GSE130973、GSE46486、GSE155371、GSE212448
和
AgeAnno
单细胞测序数据
。
[0013]优选地，所述鼠源自然衰老基因的数据来源包括
GSE75192、GSE103065
和
GSE227782。
[0014]优选地，所述人源光老化基因的数据来源包括
GSE201850、GSE138800、GSE85443、GSE97577
和
GES198792。
[0015]优选地，所述筛选差异基因包括使用
Rstudio
的
DEseq2
包或
DEseq2
包进行筛选，筛选后得到自然衰老人源基因数据库
、
自然衰老鼠源基因数据库和光老化人源基因数据库的差异基因
。
[0016]优选地，所述得到转录组分析公共数据库的差异基因后进行再次筛选，再次筛选包括以下步骤：
[0017](1)
选出数据库中
p
值小于
0.05
且
log2foldchange
绝对值大于
0.25
的基因；
[0018](2)
在自然衰老人源基因数据库
、
自然衰老鼠源基因数据库和光老化人源基因数据库中表现出相同表达特征的基因的收入靶点库，否则进入待选库；
[0019](3)
将靶点库中的基因在自然衰老人源基因数据库
、
自然衰老鼠源基因数据库和光老化人源基因数据库存在相同表达特征的基因标记为重点基因；
[0020](4)
待选库中被广泛研究且有一致认同的表达特征的基因，收入靶点库中，否则舍弃
。
[0021]优选地，所述构建自然衰老模型包括：培养并持续继代
hacat
表皮细胞至
14
‑
18
代，使用
10
‑
30mJ UBV
照射年轻表皮细胞，得到自然衰老模型
。
[0022]上述
14
‑
18
代包括
14
代
、15
代
、16
代
、17
代
、18
代等
。
[0023]上述
10
‑
30mJ
包括
10mJ、12mJ、14mJ、16mJ、20mJ、22mJ、24mJ、26mJ、28mJ、30mJ
等
。
[0024]第二方面，本专利技术提供了一种皮肤表皮细胞抗衰基因库，所述基因库由第一方面所述的建立皮肤表皮细胞抗衰基因库的方法构建得到
。
[0025]第三方面，本本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.
一种建立皮肤表皮细胞抗衰基因库的方法，其特征在于，所述方法包括：获取转录组分析公共数据库原始数据，筛选差异基因，得到初筛基因库，构建自然衰老模型，将得到的表达谱与初筛基因库进行对比补充，即得所述皮肤表皮细胞抗衰基因库
。2.
根据权利要求1所述的建立皮肤表皮细胞抗衰基因库的方法，其特征在于，所述原始数据包括：从基因表达综合数据库下载的与皮肤
、
角化细胞
、
紫外线和衰老相关的转录组分析数据
。3.
根据权利要求1或2所述的建立皮肤表皮细胞抗衰基因库的方法，其特征在于，所述原始数据还包括自然衰老基因和光老化基因的基因数据
。4.
根据权利要求3所述的建立皮肤表皮细胞抗衰基因库的方法，其特征在于，所述自然衰老基因的来源包括人源自然衰老基因和鼠源自然衰老基因；所述光老化基因的来源包括人源光老化基因
。5.
根据权利要求3或4所述的建立皮肤表皮细胞抗衰基因库的方法，其特征在于，所述人源自然衰老基因的数据来源包括
GSE130973、GSE46486、GSE155371、GSE212448
和
AgeAnno
单细胞测序数据；优选地，所述鼠源自然衰老基因的数据来源包括
GSE75192、GSE103065
和
GSE227782
；优选地，所述人源光老化基因的数据来源包括
GSE201850、GSE138800、GSE85443、GSE97577
和
GES198792。6.
根据权利要求1‑5中任一项所述的建立皮肤表皮细胞抗衰基因库的方法，其特征在于，所述筛选差异基因包括使用
Rstudio
的
DEseq2
包或
D...

【专利技术属性】
技术研发人员：郭朝万，孙云起，马博闻，裴运林，聂艳峰，王宁，
申请(专利权)人：广东丸美生物技术股份有限公司，
类型：发明
国别省市：