一种制造技术

本发明专利技术属于分子标记及种质资源鉴别技术领域，具体涉及一种

【技术实现步骤摘要】
一种InDel分子标记及其在水稻种质鉴别和/或筛选中的应用


[0001]本专利技术属于分子标记及种质资源鉴别
，具体涉及一种
InDel
分子标记及其在水稻种质鉴别和
/
或筛选中的应用
。

技术介绍

[0002]种质资源收集
、
鉴定
、
繁种
、
编目和保存等基础性工作是使种质资源更好地服务于育种和种业的重要前提和保证，在种质资源基础性工作中准确鉴别种质资源类型，将对开展种质资源演化
、
种质创新
、
发掘新基因等研究尤为重要
。
目前国家作物种质库保存水稻地方品种5万余份，水稻选育品种1万余份，这些所保存的种质资源类型是根据种质来源
、
表型性状调查记录进行鉴别
。
但在近
20
年种质资源收集与鉴定过程中，发现不少地方品种与选育品种的形态特征较为类似，仅靠形态特征和农艺性状很难鉴别其种质类型
。
利用分子标记对水稻种质类型进行鉴定是一种有效的方法之一，但关于水稻地方品种与选育品种间的鉴别技术方法至今未见报道
。
[0003]Indel
分子标记的开发是基于已知的基因序列，通过比对明确不同品种个体之间序列的差异，筛选出存在插入
/
缺失的序列位点，再根据这些位点两端的序列设计引物来扩增这些发生插入
/
缺失序列区间
。
水稻株型基因/>OsSPY
为已克隆基因，其对水稻株高
、
分蘖数和穗部形态等均有影响，是水稻重要农艺性状的集合，但现有技术中并未有应用
OsSPY
基因及其分子标记进行水稻种质鉴别的相关报道
。

技术实现思路

[0004]本专利技术的目的在于提供一种
InDel
分子标记及其在水稻种质鉴别和
/
或筛选中的应用，所述
InDel
分子标记可以用于水稻种质的鉴别，有效区分水稻地方品种和选育品种
。
[0005]本专利技术提供了一种
InDel
分子标记，所述
InDel
分子标记的核苷酸序列如
SEQ ID NO.1
所示
。
[0006]本专利技术还提供了含有上述技术方案所述
InDel
分子标记的基因在水稻种质鉴别中的应用
。
[0007]优选的，所述基因包括
OsSPY
基因
。
[0008]优选的，所述水稻种质鉴别包括区分水稻的地方品种和选育品种
。
[0009]本专利技术还提供了一种扩增上述技术方案所述
InDel
分子标记的引物，所述引物包括
SPY1、SPY2
或
SPY3
；
[0010]所述
SPY1
的正向引物和反向引物分别如
SEQ ID NO.2
和
SEQ ID NO.3
所示；
[0011]所述
SPY2
的正向引物和反向引物分别如
SEQ ID NO.4
和
SEQ ID NO.5
所示；
[0012]所述
SPY3
的正向引物和反向引物分别如
SEQ ID NO.6
和
SEQ ID NO.7
所示
。
[0013]本专利技术还提供了一种鉴别水稻种质的试剂盒，所述试剂盒包括上述技术方案所述的引物和
PCR
扩增试剂
。
[0014]优选的，所述
PCR
扩增试剂包括缓冲试剂
、dNTP
和
DNA
聚合酶
。
[0015]本专利技术还提供了上述技术方案所述的引物或上述技术方案所述的试剂盒在水稻种质鉴别和
/
或筛选中的应用
。
[0016]本专利技术还提供了一种鉴别水稻种质的方法，包括如下步骤：
[0017]以上述技术方案所述的引物对待测水稻种质的基因组
DNA
进行
PCR
扩增，得到
PCR
扩增产物；
[0018]将所述
PCR
扩增产物进行电泳检测，得到
PCR
扩增产物的电泳条带；
[0019]将所述
PCR
扩增产物进行测序，得到
PCR
扩增产物的序列；
[0020]根据所述
PCR
扩增产物的电泳条带和
PCR
扩增产物的序列进行结果判定；
[0021]当所述
PCR
扩增产物的电泳条带为
164bp
且所述
PCR
扩增产物的序列中缺失所述
InDel
分子标记，则所述待测水稻种质为选育品种；
[0022]当所述
PCR
扩增产物的电泳条带为
182bp
且所述
PCR
扩增产物的序列中含有所述
InDel
分子标记，则所述待测水稻种质为地方品种
。
[0023]优选的，所述电泳检测包括聚丙烯酰胺变性凝胶电泳检测
。
[0024]有益效果：
[0025]本专利技术提供了一种
InDel
分子标记及含有所述
InDel
分子标记的基因在水稻种质鉴别和
/
或筛选中的应用
。
基于水稻选育品种中含有所述
InDel
分子标记，而地方品种缺失所述
InDel
分子标记的原理，本专利技术所述
InDel
分子标记可以用于有效区分水稻地方品种和选育品种，辅助水稻种质资源的筛选与鉴别，在水稻种质资源的收集和保存的相关工作中具有重要的利用价值
。
附图说明
[0026]为了更清楚地说明本专利技术实施例或现有技术中的技术方案，下面将对实施例中所需要使用的附图作简单地介绍
。
[0027]图1为实施例1中部分水稻地方品种测序序列的比对结果；
[0028]图2为实施例1中部分水稻选育品种测序序列的比对结果；
[0029]图3为实施例2中
PCR
扩增产物的聚丙烯酰胺凝胶电泳检测结果；
[0030]图4为实施例2中水稻选育品种荧光标记
STR
结果图像；
[0031]图5为实施例2中水稻地方品种荧光标记
STR
结果图像；
[0032]图6为实施例3～4中
PCR
扩增产物的聚丙烯酰胺凝胶电泳检测结果；
[0033]图7为对比例1中本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.
一种
InDel
分子标记，其特征在于，所述
InDel
分子标记的核苷酸序列如
SEQ ID NO.1
所示
。2.
含有权利要求1所述
InDel
分子标记的基因在水稻种质鉴别和
/
或筛选中的应用
。3.
根据权利要求2所述的应用，其特征在于，所述基因包括
OsSPY
基因
。4.
根据权利要求2或3所述的应用，其特征在于，所述水稻种质鉴别包括区分水稻的地方品种和选育品种
。5.
一种扩增权利要求1所述
InDel
分子标记的引物，其特征在于，所述引物包括
SPY1、SPY2
或
SPY3
；所述
SPY1
的正向引物和反向引物分别如
SEQ ID NO.2
和
SEQ ID NO.3
所示；所述
SPY2
的正向引物和反向引物分别如
SEQ ID NO.4
和
SEQ ID NO.5
所示；所述
SPY3
的正向引物和反向引物分别如
SEQ ID NO.6
和
SEQ ID NO.7
所示
。6.
一种鉴别水稻种质的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括权利要求5所述的引物和
PCR
扩增试剂
。7.
根据权利...

【专利技术属性】
技术研发人员：韩冰，韩龙植，马小定，崔迪，
申请(专利权)人：中国农业科学院作物科学研究所，
类型：发明
国别省市：