检测SRE-PTPRZ1结构变异的试剂在制备鳞状细胞癌筛查试剂盒中的用途制造技术

本发明专利技术涉及体外诊断试剂领域，具体涉及检测SRE

【技术实现步骤摘要】
检测SRE
‑
PTPRZ1结构变异的试剂在制备鳞状细胞癌筛查试剂盒中的用途


[0001]本专利技术涉及体外诊断试剂领域，具体涉及检测SRE
‑
PTPRZ1结构变异的试剂在制备鳞状细胞癌筛查试剂盒中的用途。

技术介绍

[0002]鳞状细胞癌是是起源于表皮或者是皮肤附属器的一种恶性肿瘤，常见于皮肤、口腔或者黏膜，也可以起源于支气管、肾盂和膀胱。鳞状细胞癌发展较快，破坏也较大，严重威胁着人类健康和生命。
[0003]肺鳞癌是最常见的肺癌类型之一。目前，肺鳞癌患者可选择的治疗方案较少，针对该癌症类型的靶向治疗进展缓慢。因此，寻找驱动肺鳞癌演进的关键分子靶点对肺鳞癌的诊断和治疗都具有重要的意义。
[0004]基因突变是导致肺癌的重要因素。基因突变检测已经成为指导临床靶向治疗晚期肺癌患者的重要依据。基因突变主要包括单核苷酸变异(SNV)和长片段的插入/缺失、倒位、重复及异位等结构变异(SVs)。近年来，二代测序技术(NGS)已经已揭示部分基因突变(如EGFR、KRAS、TP53等)与肺癌之间的关联。NGS具有读长短、通量大的特点，可以发现基因组上一些SNV、小INDEL和小片段结构变异：如基因融合和染色体重排等。这些新靶点的发现已经让许多肺癌患者从中获益。然而对于肿瘤基因组中复杂的，大片段SVs鉴定一直面临挑战，其原因主要受限于NGS的读长短与GC偏好，特别是重复序列与插入事件。
[0005]寻找与肺癌等疾病具有关联的基因突变，有望为相关疾病的诊断和治疗提供分子靶点，具有重要的意义，因此，这仍然是本领域的研究者们非常关注的研究课题。

技术实现思路

[0006]本专利技术的目的在于提供新的鳞状细胞癌的治疗靶点和标志物。
[0007]本专利技术的技术方案包括：
[0008]检测SRE
‑
PTPRZ1结构变异或PTPRZ1基因的试剂在制备鳞状细胞癌筛查试剂盒中的用途。
[0009]优选的，所述试剂盒为用于筛查肺鳞癌的试剂盒。
[0010]优选的，所述检测SRE
‑
PTPRZ1结构变异或PTPRZ1基因的试剂为PCR检测试剂。
[0011]优选的，所述检测SRE
‑
PTPRZ1结构变异或PTPRZ1基因的试剂是检测肿瘤样本或血液样本中PTPRZ1基因表达量的试剂。
[0012]优选的，所述SRE
‑
PTPRZ1结构变异为插入位点位于GRCh38 chr7:121603263
‑
121603506的体细胞简单重复扩增(即串联复制)，插入区域与体细胞简单重复扩增序列的重复模式均为(CTTT)n，其中，10<＝n<500。
[0013]优选的，所述PTPRZ1基因的HGNC编号为9685。
[0014]本专利技术还提供一种鳞状细胞癌筛查试剂盒，它包括用于检测SRE
‑
PTPRZ1结构变异
或PTPRZ1基因的试剂。
[0015]优选的，所述试剂盒为用于筛查肺鳞癌的试剂盒。
[0016]优选的，所述检测SRE
‑
PTPRZ1结构变异或PTPRZ1基因的试剂为PCR检测试剂。
[0017]优选的，所述检测TD
‑
PTPRZ1结构变异或PTPRZ1基因的试剂是检测肿瘤样本或血液样本中PTPRZ1基因表达量的试剂。
[0018]优选的，所述TD
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PTPRZ1结构变异为插入位点位于GRCh38 chr7:121603263
‑
121603506的体细胞串联复制，插入区域与体细胞串联重复序列的重复模式均为(CTTT)n，其中，10<＝n<500。
[0019]优选的，所述PTPRZ1基因的HGNC编号为9685。
[0020]本专利技术通过对肺癌全基因组长测序数据进行体细胞SV鉴定，发现有一体细胞SV(SRE
‑
PTPRZ1)在肺鳞癌病人中高频出现(41％)。该突变表现为在人类参考基因组GRCh38 chr7:121603263
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121603506区域内插入，插入的核苷酸序列含有重复模式为(CTTT)n(10<＝n<500)的简单重复扩增序列。进一步的研究发现该体细胞简单重复扩增与PTPRZ1的高表达有关。PTPRZ1在现有技术中仅在胶质瘤中见报道，此外通常认为，PTPRZ1基因表达的主要部位在中枢神经系统组织。而PTPRZ1基因与肺鳞癌等鳞状细胞癌的关联目前尚未有任何报道。
[0021]本专利技术的关键在于，确定了鳞状细胞癌的患者体内SRE
‑
PTPRZ1的存在以及PTPRZ1基因的表达量与其他类型的癌症组织有显著的差异。
[0022]因此，以SRE
‑
PTPRZ1或PTPRZ1为靶点的药物(SRE
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PTPRZ1抑制剂、PTPRZ1抑制剂)均有望作为鳞状细胞癌的治疗药物。此外，可以通过检测肿瘤组织或血液中PTPRZ1的表达量来对鳞状细胞癌进行筛查。至于具体检测PTPRZ1基因表达量的手段，可以采用现有技术公开的各种手段，本专利技术实施例具体采用PCR的方法进行检测，但不仅仅限于该手段，任何能够检测PTPRZ1基因的表达量的方法均可用于鳞状细胞癌筛查。
[0023]本专利技术提供了一种新的鳞状细胞癌筛查标记物和一种新的鳞状细胞癌筛查试剂盒，能够实现鳞状细胞癌的有效筛查。本专利技术具备良好的应用前景。
[0024]显然，根据本专利技术的上述内容，按照本领域的普通技术知识和惯用手段，在不脱离本专利技术上述基本技术思想前提下，还可以做出其它多种形式的修改、替换或变更。
[0025]以下通过具体实施方式对本专利技术的上述内容再作进一步的详细说明。但不应将此理解为本专利技术上述主题的范围仅限于以下的实例。凡基于本专利技术上述内容所实现的技术均属于本专利技术的范围。
附图说明
[0026]图1：全基因组测序肺鳞癌与肺腺癌样本依据超过3个以上样本共有的体细胞串联复制层次聚类图。层次聚类依据值为样本间Jaccard距离。簇2(cluster_2)成员均为肺鳞癌样本。
[0027]图2：12个肺鳞癌样本共有体细胞简单重复扩增在人类参考基因组上的插入位置情况。图中标注从上至下为12个肺鳞癌样本该体细胞简单重复扩增插入位置，RepeatMasker注释，人类胚胎干细胞Hi
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C数据预测拓扑结构域(hESC TAD)，SK
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N
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MC细胞系ChIP
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Seq H3K27ac预测增强子，SK
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seq预测调控区域，A673细胞系ChIP
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Seq H3K27ac预测增强子，A673细胞系D本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.检测SRE
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PTPRZ1结构变异或PTPRZ1基因的试剂在制备鳞状细胞癌筛查试剂盒中的用途。2.如权利要求1所述的用途，其特征在于：所述试剂盒为用于筛查肺鳞癌的试剂盒。3.如权利要求1所述的用途，其特征在于：所述检测SRE
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PTPRZ1结构变异或PTPRZ1基因的试剂为PCR检测试剂。4.如权利要求1所述的用途，其特征在于：所述检测SRE
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PTPRZ1结构变异或PTPRZ1基因的试剂是检测肿瘤样本或血液样本中PTPRZ1基因表达量的试剂。5.如权利要求1所述的用途，其特征在于：所述SRE
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PTPRZ1结构变异为插入位点位于GRCh38 chr7:121603263
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121603506的体细胞简单重复扩增，插入区域与体细胞简单重复扩增序列的重复模式均为(CTTT)n，其中，10<＝n<500。6.如权利要求1所述的用途，其特征在于：所述PTPRZ1基因的HGNC编号为9685。7.一种鳞状细胞癌筛查...

【专利技术属性】
技术研发人员：李为民，谢丹，汪周峰，夏林，皮雪楠，王欢，曾天府，
申请(专利权)人：四川大学华西医院，
类型：发明
国别省市：