一种基于制造技术

一种基于

【技术实现步骤摘要】
一种基于InDel标记预测黄河鲤后代体色的专用引物及方法


[0001]本专利技术属于水产分子育种
，涉及黄河鲤红色体色分子标记的开发及应用，具体是涉及一种基于
InDel
标记预测黄河鲤后代体色的专用引物及方法
。

技术介绍

[0002]鲤鱼
(Cyprinus carpio)
隶属于鲤形目
(Cypriniformes)
鲤科
(Cyprinidae)
鲤属，目前是国际上养殖最为广泛的重要经济鱼类，在全球
100
多个国家广泛养殖，
2018
年年产量
400
万吨，占据全球淡水鱼产量的
10
％，具有重要的产业价值
(FAO 2020)。
对于鲤的基因组
、
转录组研究
、
性状遗传解析
、
育种工作陆续展开
。
鲤鱼的体色丰富，既作为食用鱼类，也作为观赏鱼类养殖
。
除正常的棕褐色，还有多种体色变异，例如锦鲤
、
玻璃红鲤
、
兴国红鲤
、
荷包红鲤等品种的特殊体色
。
[0003]黄河鲤
(
品种登记号：
GS01
‑
001
‑
2004)
由河南省水产科学研究院，使用野生黄河鲤作亲本，经过近
20
年
、
连续8代选育而成，体形呈纺锤状，体色鲜艳
、
金鳞赤尾
。
该品种性状稳定，生长速度快，成活率高，易捕捞
。
全国各地均可养殖
。
在养殖过程中，黄河鲤存在体色突变的情况，黄河鲤的正常体色为棕褐色，突变体色则为红色
(
图
1)
，红色黄河鲤具有观赏价值，却不适合食用鱼市场
。
对于养殖鱼类而言，体色对其品质和价格的影响较大
。
作为食用鱼类，黄河鲤的体色异常带来负面效应
。
因此，针对不同的养殖目的，对鲤鱼体色选育是必要的
。
鲤鱼的红色体色突变为隐形性状，从前，基于传统选育进行的选择育种，虽可在一定程度减少后代中出现红色黄河鲤的概率，但现有的技术无法剔除携带红色等位基因的个体，避免在多代育种中的突变个体出现
。
鲤鱼性成熟需要至少两年时间，世代较长，繁殖季节短
。
因此，有必要开发针对体色性状的分子标记，实现对鲤鱼育种过程中体色性状的人工控制
。
[0004]体色属于质量性状，具有主效的性状决定位点，故具备使用分子标记对黄河鲤的基因型进行鉴别的可能性
。
全基因组重测序技术的发展使得对基因组的
InDel
挖掘成为可能，通过
PCR
扩增和普通琼脂糖凝胶电泳即可实现基因分型
。
相比于
RFLP、RAPD、
微卫星等传统的标记，
InDel
标记具有成本低
、
操作简便
、
高效
、
可重复性高的优点，在分子标记辅助育种中具有明显优势
。
利用本专利技术的标记可以快速鉴定并筛选携带红色体色基因的黄河鲤亲鱼，从而有助于解决传统育种中周期长
、
选择准确性低
、
成本高等问题，帮助黄河鲤的育种进程
。

技术实现思路

[0005]本专利技术的第一目的在于提供一种
InDel
分子标记
。
[0006]本专利技术的第二目的在于提供一种基于
InDel
标记预测黄河鲤后代体色的方法
。
[0007]本专利技术的第三目的在于提供一种基于
InDel
标记预测黄河鲤后代体色的两对引物
。
[0008]本专利技术的第四目的在于提供所述分子标记或两对引物在鉴定黄河鲤是否携带红
色体色等位基因中的应用，以解决黄河鲤在人工繁育过程中存在的体色异常问题
。
[0009]本专利技术提供一种
InDel
分子标记，所述
InDel
标记为两个分子标记，其核苷酸序列如
SEQ ID NO:1
和
SEQ ID NO:2
所示
。
[0010]本专利技术提供一种基于
InDel
标记预测黄河鲤后代体色的方法，鉴定黄河鲤是否携带红色体色等位基因的
InDel
分子标记，具有
SEQ ID NO:1
分子标记插入片段以及
SEQ ID NO:2
缺失片段的基因型为携带红色等位基因的个体
。
[0011]所述
InDel
分子标记的获得方法如下：基于现有的鲤鱼基因组序列，通过对红色体色和正常体色的鲤鱼进行重测序，全基因组关联分析鉴定与黄河鲤体色高度相关的基因组区域，分别位于鲤鱼的
A06
和
B06
号染色体上；选择该基因组区段上与体色紧密相关的
InDel
变异，使用
InDel
位点旁侧序列开发引物；通过扩增片段的差异鉴定黄河鲤是否携带红色体色等位基因
。
[0012]本专利技术提供用于检测所述
InDel
分子标记的两对
PCR
引物，一对引物为
A06
，另一对引物为
B06
，它们的正反向引物序列分别如
SEQ ID NO:3
‑6所示
。
根据两个多态性位点设计筛选两对
PCR
引物，通过
PCR
产物片段大小差异快速准确判断待鉴定的黄河鲤基因型
。
[0013]本专利技术提供所述分子标记或两对
PCR
引物在鉴定黄河鲤是否携带红色体色等位基因中的应用
。
包括以下步骤：
[0014](1)
对待鉴定的黄河鲤个体的个体标记
、
尾鳍采集和保存；
[0015](2)
待鉴定黄河鲤样品的基因组
DNA
提取；
[0016](3)
利用红色体色与正常体色黄河鲤基因组上的
InDel
差异，设计合成特异性引物；
[0017](4)
以待鉴定的黄河鲤基因组
DNA
为模版，利用特定的引物进行
PCR
扩增；
[0018](5)
使用琼脂糖凝胶电泳对
PCR
扩增产物进行分型，根据目的条带差异判断待鉴定的黄河鲤是否携带红色体色等位基因；
[0019](6)
根据鉴定后的黄本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.
一种
InDel
分子标记，其特征在于所述
InDel
标记为两个分子标记，其核苷酸序列如
SEQ ID NO:1
和
SEQ ID NO:2
所示
。2.
基于权利要求1所述
InDel
分子标记预测黄河鲤后代体色的方法，其特征在于鉴定黄河鲤是否携带红色体色等位基因的
InDel
分子标记，具有
SEQ ID NO:1
分子标记插入片段以及
SEQ ID NO:2
缺失片段的基因型为携带红色等位基因的个体
。3.
一种基于
InDel
标记预测黄河鲤后代体色的专用引物，其特征在于根据两个多态性位点设计筛选两对
PCR
引物，通过
PCR
产物片段大小差异快速准确判断待鉴定的黄河鲤基因型；所述两对
PCR
引物，一对引物为
A06
，另一对引物为
B06
，它们的正反向引物序列分别如
SEQ ID NO:3
‑6所示
。4.
如权利要求1所述
InDel
分子标记，或如权利要求3所述专用引物在鉴定黄河鲤是否携带红色体色等位基因中的应用
。5.
根据权利要求4所述应用，其特征在于所述应用包括以下步骤：
(1)
对待鉴定的黄河鲤个体的个体标记
、
尾鳍采集和保存；
(2)
待鉴定黄河鲤样品...

【专利技术属性】
技术研发人员：徐鹏，李碧君，王延晖，冯建新，陈琳，
申请(专利权)人：厦门大学，
类型：发明
国别省市：