一种鲜食玉米基因型分型芯片及其应用制造技术

本发明专利技术提供了一种鲜食玉米基因型分型芯片及其应用，涉及分子育种的技术领域

【技术实现步骤摘要】
一种鲜食玉米基因型分型芯片及其应用


[0001]本专利技术属于分子育种的
，具体涉及一种鲜食玉米基因型分型芯片及其应用
。

技术介绍

[0002]鲜食玉米主要包括甜玉米和糯玉米，因其软糯香甜
、
富含多种可溶性糖
、
氨基酸
、
蛋白质
、
纤维素
、
矿物质等营养物质，广受人们喜欢，又因其种植周期短及较高经济价值被广泛的种植
。
甜玉米的产生是由于其
brittle1(bt1)、brittle2(bt2)、shrunken2(sh2)、sugary1(su1)
及
se1
基因中的一个或多个突变导致淀粉合成受阻，使得糖分得以在胚乳中大量积累而形成
。
糯玉米的产生是由于
waxy1(wx1)
突变导致直连淀粉合成受阻，支链淀粉累计形成
。
鲜食玉米育种研究相对于粮食玉米滞后，现代育种技术能促进鲜食玉米育种研究
。
而分子标记是现代育种技术的基础
。
[0003]分子标记技术已经在玉米的遗传改良中发挥了重要的作用
。
从最初的同工酶标记到后来的基于
DNA
的分子标记，随着分子标记技术的发展，其在通量和效率等方面得到了提高，成本得到大幅降低
。
第一代分子标记主要包括限制性片段长度多态性
(Restriction fragment lengthpolymorphisms
，
RFLP)
标记
、
随机扩增多态性
DNA(Random Amplified Polymorphic DNA
，
RAPD)
标记和扩增片段长度多态性
(Amplified fragment lengthpolymorphism
，
AFLP)
标记；第二代分子标记主要指简单序列重复
(Simple sequence repeats
，
SSR)
标记；第三分子标记为单核苷酸多态性
(Single nucleotide polymorphism
，
SNP)
标记和小片段插入缺失长度多态性
(small insert and delete
，
InDel)。
目前，
SNP
标记因其遗传稳定
、
数量多
、
分布均匀和易于自动化等特性被广泛的应用到作物的分子标记辅助育种
、
种质指纹图谱和品种保护等领域
。
对于
SNP
标记检测平台，随着发展，依次出现的是基于凝胶电泳
、
基于荧光电泳
、
基于固相芯片
、
基于液相芯片及基于测序
。
在中密度标记检测中，液相芯片因其成本低
、
效率高
、
应用灵活和适应性广等优点被广泛应用
。
[0004]鲜食玉米由于其种质资源狭窄，使得基于粮食玉米开发的
SNP
标记在鲜食玉米种质中的多样性低于预期
。
设计一款玉米全基因组选择育种
SNP
芯片对于高效
、
准确和低成本的对鲜食玉米种质进行基因型分型具有重要意义
。

技术实现思路

[0005]本专利技术的目的在于提供用于用于鲜食玉米全基因组分型的
SNP
分子标记组合，本专利技术中的
SNP
标记均匀的覆盖整个玉米参考基因组，可以为鲜食玉米农艺性状控制基因的图位克隆提供高质量的分子标记
。
[0006]本专利技术的目的还在于提供一种鲜食玉米基因型分型芯片，所述芯片能对粮食玉米进行基因型分型，弥补已有的基于粮食玉米多样性开发的芯片在鲜食玉米基因型分型中多样性低的缺点
。
[0007]为了实现上述专利技术目的，本专利技术提供以下技术方案：
[0008]本专利技术提供了一种用于鲜食玉米全基因组分型的
SNP
分子标记组合，所述
SNP
分子标记组合包括定位于玉米
B73V4
参考基因组版本为
Zm
‑
B73
‑
REFERENCE
‑
GRAMENE
‑
4.0
上
5759
个
SNP
位点，所述
SNP
位点的位置信息如下表所示：
[0009][0010][0011][0012][0013][0014][0015][0016][0017][0018][0019][0020][0021][0022][0023][0024][0025][0026][0027][0028][0029][0030][0031][0032][0033][0034][0035][0036][0037][0038][0039][0040][0041][0042][0043][0044][0045][0046][0047][0048][0049][0050][0051][0052][0053][0054][0055][0056][0057][0058][0059][0060][0061][0062][0063][0064][0065][0066][0067][0068][0069][0070][0071][0072][0073][0074][0075][0076][0077][0078][0079][0080][0081][0082][0083]优选地，所述分子标记组合包括所述
SNP
位点前后各
200bp
以内的基因序列
。
[0084]本专利技术还提供了一种鲜食玉米基因型分型芯片，包括所述
SNP
分子标记组合，所述
SNP
分子标记组合包括定位于玉米
B73V4
参考基因组版本为
Zm
‑
B73
‑
REFERENCE
‑
GRAMENE
‑
4.0
上
5759
个
SNP
位点
。
[0085]本专利技术还提供了一种所述
SNP
分子标记组合或所述芯片在检测玉米基因分型中的应用
。
[0086]本专利技术还提供了一种所述
SNP
分子标记组合或所述芯片在玉米全基因组关联分析中的应用
。
[0087]本专利技术还提供了一种所述
SNP
分子标记组合或所述芯片在玉米种质资源和亲缘关系鉴定中的应用
。
[0088]本专利技术还提供了本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.
一种用于鲜食玉米全基因组分型的
SNP
分子标记组合，其特征在于，所述
SNP
分子标记组合包括定位于玉米
B73V4
参考基因组版本为
Zm
‑
B73
‑
REFERENCE
‑
GRAMENE
‑
4.0
上
5759
个
SNP
位点，所述
SNP
位点的位置信息如下表所示：
2.
根据权利要求1所述的分子标记组合，其特征在于，所述分子标记组合包括所述
SNP
位点前后各
200bp
以内的基因序列
。3.
一种鲜食玉米基因型分型芯片，其特征在于，包括权利要求1或2所述
SNP
分子标记组合，所述
SNP
分子标记组合包括定位于玉米
B73V4
参考基因组版本为
Zm
‑
B73
‑
REFERENCE
‑
GRAMENE

【专利技术属性】
技术研发人员：瞿静涛，关媛，郑洪建，于典司，顾炜，王慧，孙萍东，胡颖雄，卫季辉，卢媛，施标，
申请(专利权)人：上海市农业科学院，
类型：发明
国别省市：