用于确定胰腺导管腺癌的亚型的方法及亚型确定试剂盒技术

本发明专利技术涉及一种通过PDAC的蛋白质基因组学分析来确定胰腺导管腺癌患者的亚型的方法。根据本发明专利技术的一个实施方案的确定胰腺癌的该亚型的方法包括以下步骤：(1)粉碎从胰腺导管腺癌患者分离的胰腺导管腺癌病变组织；(2)通过提取和消化该病变组织中的蛋白质来获得该患者的肽样品；(3)测量来自该患者的该肽样品的胰腺导管腺癌亚型1至6的代表性基因的表达水平，以及(4)通过比较胰腺导管腺癌亚型1至6的这些代表性基因的这些表达水平来确定该胰腺导管腺癌患者的该亚型。腺导管腺癌患者的该亚型。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于确定胰腺导管腺癌的亚型的方法及亚型确定试剂盒


[0001]本专利技术涉及一种用于确定胰腺导管腺癌的亚型的方法和试剂盒，并且更具体地涉及一种使用关于分层胰腺导管腺癌的亚型的信息，通过蛋白质基因组学分析通过基因组学数据、mRNA数据和蛋白质组学数据的整合来确定患者中胰腺导管腺癌的亚型的方法和试剂盒。

技术介绍

[0002]在韩国，胰腺癌的发病率在所有癌症中排在第9位，但是其死亡率排在第5位，因为大多数被诊断为患有胰腺癌的患者都会死亡。在美国，胰腺癌是目前癌症相关死亡的第四大致死原因，预计到2030年，它将成为美国癌症相关死亡的第二大致死原因。因为胰腺癌没有非常有效的全身治疗方法，因此只能通过手术治愈，但由于其解剖特性，它会侵袭主要血管或在全身转移，因此发现在80％的患者中处于不可能治愈的状态。即使在可能手术治疗的2期患者(所有患者的约20％)中积极进行手术和化疗，但在约70％的患者中也发生复发，并且5年存活率仅为约20％，这表明胰腺癌是最无法治愈的肿瘤。换句话说，所有胰腺癌患者中仅约5％至8％可以被治愈，而剩余超过90％的患者患有用目前两种治疗方法诸如手术和化疗难以治愈的肿瘤。因此，仍迫切需要努力通过关于胰腺癌机理的研究和使用这些研究的选择性治疗来战胜胰腺癌。
[0003]传统上，针对胰腺癌进行基于5
‑
氟尿嘧啶(5
‑
FU)或吉西他滨的化疗，但应答率低，并没有持续显示明显效果的抗癌药物。此外，临床诊断方法诸如成像和病理检查不能预测治疗应答性/抗性、早期复发的可能性和预后。因此，需要一种可以根据胰腺癌的生物学机制对其进行分类，并基于该分类预测适当的治疗和预后的新型方法。
[0004]根据最近关于各种癌症疾病的蛋白质基因组学研究的结果，整合的蛋白质基因组学数据提供了比基因组学数据更精确的关于癌症亚型的信息，并提供了关于每种亚型的癌症的发病机理的更完整的信息。因此，即使对于胰腺癌，也有可能基于蛋白质基因组学数据，基于每种亚型的发病机理，通过胰腺癌亚型确定技术来确定胰腺癌患者的亚型，从而开发精确的胰腺癌医疗技术，该技术可通过未来亚型特异性治疗剂的开发为每种亚型提供最佳治疗。例如，专利文献1公开了一种用于确定胰腺肿瘤的亚型的方法，其中使用TPI1、GAPDH、ENO1、LDHA和PGK1将胰腺癌的亚型分类为四种亚型。
[0005][现有技术文献][0006][专利文献][0007](专利文献0001)国际专利公开号WO2020
‑
205993(2020年10月8日)
[0008]公开内容技术问题
[0009]本专利技术旨在提供一种使用关于分层胰腺导管腺癌的亚型的信息来确定患者中胰腺导管腺癌的亚型的方法和试剂盒。[技术方案][0010]本专利技术的一个实施方案提供了一种用于确定胰腺导管腺癌的亚型的方法，该方法包括以下步骤(1)至(4)：
[0011](1)粉碎从胰腺导管腺癌患者分离的胰腺导管腺癌病变组织；
[0012](2)通过提取和消化病变组织中的蛋白质来获得患者的肽样品；
[0013](3)测量来自患者的肽样品的胰腺导管腺癌亚型1至6的代表性基因的表达水平，其中胰腺导管腺癌亚型1至6的代表性基因各自为选自以下基因中的至少一种：
[0014]亚型1(Sub1)的代表性基因：CLDN18、EPS8L3、CAPN5、GMDS、BCAS1、IDH1、DDAH1、SOD1、VIL1、GPX2、AOC1、LGALS4、MICU2、POF1B、MICU1、PLS1和BDH1；
[0015]亚型2(Sub2)的代表性基因：UNC5B、PPP1R3G、IGFBP3、EDIL3、CLSTN1、COL11A1、P4HA1、PDLIM4、ST5、FSTL1、PPP1R13L、PLTP、PDLIM7和CALU；
[0016]亚型3(Sub3)的代表性基因：MYH9、FLNA、P4HA2、LOXL2、FN1、CD55、FLT1、ECM1、CCDC80、TSKU、HTRA1、COL12A1、SPON2和ANGPTL2；
[0017]亚型4(Sub4)的代表性基因：PLEC、LPGAT1、NRDC、PRPF40A、CSDE1、IPO7、CDK1、HMGA1、DDX5、RASA1、ADSS、GMPS、CSE1L、PSME3、CAPRIN1和BZW1；
[0018]亚型5(Sub5)的代表性基因：HSPB6、HSPA12A、ANXA6、VIM、UCHL1、PRPH、MAP1B、CD81、ANK2、AKAP12、ITSN1、RTN1、COL28A1、KCTD12、SPON1、SYNPO2和EPB41L3；和
[0019]亚型6(Sub6)的代表性基因：CTNND2、DTNA、REG1A、PRSS2、CPA1、CPB1、ACAT1、CPA2、PNLIPRP1、PRDX4、SNTB1、PDCD4、CTRC、FKBP11和SEC11C；以及
[0020](4)通过比较胰腺导管腺癌亚型1至6的代表性基因的表达水平来确定胰腺导管腺癌患者的亚型。
[0021][0022]本专利技术的另一个实施方案提供了一种用于确定胰腺导管腺癌的亚型的试剂盒。用于确定胰腺导管腺癌的亚型的试剂盒可以包含用于测量胰腺导管腺癌亚型1至6的代表性基因的表达水平的药剂，其中胰腺导管腺癌亚型1至6的代表性基因可以各自为选自以下基因中的至少一种：
[0023]亚型1(Sub1)的代表性基因：CLDN18、EPS8L3、CAPN5、GMDS、BCAS1、IDH1、DDAH1、SOD1、VIL1、GPX2、AOC1、LGALS4、MICU2、POF1B、MICU1、PLS1和BDH1；
[0024]亚型2(Sub2)的代表性基因：UNC5B、PPP1R3G、IGFBP3、EDIL3、CLSTN1、COL11A1、P4HA1、PDLIM4、ST5、FSTL1、PPP1R13L、PLTP、PDLIM7和CALU；
[0025]亚型3(Sub3)的代表性基因：MYH9、FLNA、P4HA2、LOXL2、FN1、CD55、FLT1、ECM1、CCDC80、TSKU、HTRA1、COL12A1、SPON2和ANGPTL2；
[0026]亚型4(Sub4)的代表性基因：PLEC、LPGAT1、NRDC、PRPF40A、CSDE1、IPO7、CDK1、HMGA1、DDX5、RASA1、ADSS、GMPS、CSE1L、PSME3、CAPRIN1和BZW1；
[0027]亚型5(Sub5)的代表性基因：HSPB6、HSPA12A、ANXA6、VIM、UCHL1、PRPH、MAP1B、CD81、ANK2、AKAP12、ITSN1、RTN1、COL28A1、KCTD12、SPON1、SYNPO2和EPB41L3；和
[0028]亚型6(Sub6)的代表性基因：CTNND2、DTNA、REG1A、PRSS2、CPA1、CPB1、ACAT1、CPA2本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种用于确定胰腺导管腺癌的亚型的方法，所述方法包括以下步骤(1)至(4)：(1)粉碎从胰腺导管腺癌患者分离的胰腺导管腺癌病变组织；(2)通过提取和消化来自所述病变组织的蛋白质来获得所述患者的肽样品；(3)测量来自所述患者的所述肽样品的胰腺导管腺癌亚型1至6的代表性基因的表达水平，其中所述胰腺导管腺癌亚型1至6的代表性基因各自为选自以下基因中的至少一种：亚型1(Sub1)的代表性基因：CLDN18、EPS8L3、CAPN5、GMDS、BCAS1、IDH1、DDAH1、SOD1、VIL1、GPX2、AOC1、LGALS4、MICU2、POF1B、MICU1、PLS1和BDH1；亚型2(Sub2)的代表性基因：UNC5B、PPP1R3G、IGFBP3、EDIL3、CLSTN1、COL11A1、P4HA1、PDLIM4、ST5、FSTL1、PPP1R13L、PLTP、PDLIM7和CALU；亚型3(Sub3)的代表性基因：MYH9、FLNA、P4HA2、LOXL2、FN1、CD55、FLT1、ECM1、CCDC80、TSKU、HTRA1、COL12A1、SPON2和ANGPTL2；亚型4(Sub4)的代表性基因：PLEC、LPGAT1、NRDC、PRPF40A、CSDE1、IPO7、CDK1、HMGA1、DDX5、RASA1、ADSS、GMPS、CSE1L、PSME3、CAPRIN1和BZW1；亚型5(Sub5)的代表性基因：HSPB6、HSPA12A、ANXA6、VIM、UCHL1、PRPH、MAP1B、CD81、ANK2、AKAP12、ITSN1、RTN1、COL28A1、KCTD12、SPON1、SYNPO2和EPB41L3；和亚型6(Sub6)的代表性基因：CTNND2、DTNA、REG1A、PRSS2、CPA1、CPB1、ACAT1、CPA2、PNLIPRP1、PRDX4、SNTB1、PDCD4、CTRC、FKBP11和SEC11C；以及(4)通过比较所述胰腺导管腺癌亚型1至6的代表性基因的所述表达水平来确定所述胰腺导管腺癌患者的亚型。2.根据权利要求1所述的方法，其中所述比较所述胰腺导管腺癌亚型1至6的代表性基因的所述表达水平是通过将最有助于将胰腺导管腺癌的亚型1至6和以下所有亚型彼此区分的基因的表达水平组合并比较来进行的：胰腺导管腺癌的所有亚型(所有Sub)的代表性基因：KRT19、RAB27B、QSOX1、VILL、GNPAT、ABCC3、GP2、ETHE1、BPNT1、AGR2、PIGR、SRC、CTSE、JUP、RPL7、TSPAN8、SRM、VDAC1、SCP2、RPS3、AK4、RPL9、RDX、RPL3、RPL13A、RPL5、RPS9、HK2、RAB25、GNG2、RPL15、RPL37、RPS7、RPL8、RPL18A、RPL6、PABPC4、INF2、SLC25A24、MYH14、GALNT7、GOLM1、MCU、GSDMB、CYP2S1、HTATIP2、SDCBP2、SYTL2、PREB、MYO6、PKP3、SNTB2和S100A11。3.根据权利要求1所述的方法，其中步骤(1)中的所述粉碎所述胰腺导管腺癌病变组织是通过低温粉碎进行的。4.根据权利要求1所述的方法，其中步骤(2)中的所述提取所述蛋白质是通过压力循环技术进行的。5.根据权利要求1所述的方法，其中步骤(3)中的所述胰腺导管腺癌亚型1至6的代表性基因是通过对胰腺导管腺癌病变组织样品的mRNA数据与全局蛋白质组学数据和磷酸蛋白质组学数据的组合进行蛋白质基因组学分析而鉴定的那些基因。6.根据权利要求1或2所述的方法，其中所述测量和比较所述胰腺导管腺癌的所有亚型和亚型1至6的代表性基因的所述表达水平包括以下步骤：构建代表胰腺导管腺癌的所有亚型的所述代表性基因和亚型1至6中每一者的所述基因的稳定同位素标记的肽组；将所述患者的所述肽样品与所述稳定同位素标记的肽组混合；以及
通过定量质谱法分析所述混合物来确定所述胰腺导管腺癌患者的亚型。7.根据权利要求6所述的方法，其中所述定量质谱法通过比较所述患者来源的肽的信号强度与所述稳定同位素标记的肽的信号强度来进行。8.根据权利要求7所述的方法，其中将所述信号强度的比率表示为每种肽的信号强度等高线图，其中所述肽和所述肽洗脱时间作为两个轴。9.一种用于确定胰腺导管腺癌的亚型的试剂盒，所述试剂盒包含用于测量胰腺导管腺癌亚型1至6的代表性基因的表达水平的药剂，其中所述胰腺导管腺癌亚型1至6的代表性基因各自为选自以下基因中的至少一种：亚型1(Sub1)的代表性基因：CLDN18、EPS8L3、CAPN5、GMDS、BCAS1、IDH1、DDAH1、SOD1、VIL1、GPX2、AOC1、LGALS4、MICU2、POF1B、MICU1、PLS1和BDH1；亚型2(Sub2)的代表性基因：UNC5B、PPP1R3G、IGFBP3、EDIL3、CLSTN1、COL11A1、P4HA1、PDLIM4、ST5、FSTL1、PPP1R13L、PLTP、PDLIM7和CALU；亚型3(Sub3)的代表性基因：MYH9、FLNA、P4HA2、LOXL2、FN1、CD55、FLT1、ECM1、CCDC80、TSKU、HTRA1、COL12A1、SPON2和ANGPTL2；亚型4(Su...

【专利技术属性】
技术研发人员：李祥原，裴稹基，南到沄，黄大熙，张晋荣，李哲柱，申盛皓，金敏植，
申请(专利权)人：伯蒂斯有限公司，
类型：发明
国别省市：