用于桂花品种鉴定的MNP标记位点、引物组合物和试剂盒及其应用制造技术

本发明专利技术提供了一种用于桂花品种鉴定的MNP标记位点，所述MNP标记位点为在桂花基因组中筛选的在桂花种群内具有多个核苷酸多态性的基因组区域，所述MNP标记位点包括MNP

【技术实现步骤摘要】
用于桂花品种鉴定的MNP标记位点、引物组合物和试剂盒及其应用


[0001]本专利技术涉及分子鉴定
，具体涉及一种用于桂花品种鉴定的MNP标记位点、引物组合物和试剂盒及其应用。

技术介绍

[0002]桂花(Osmanthus fragrans Lour.)是传统十大名花之一，在我国有着悠久的栽培历史。桂花资源丰富，有四季桂、银桂、丹桂和金桂等主要四个类群，包含150多个品种。我国咸宁作为中国桂花之乡，百年以上的古桂花树有2000余株，而该独特的地方优质自然资源却未得到充分的开发利用，其中重要原因在于无法实现古桂树与所产桂花间的精准鉴定。如果能实现古桂树和所产桂花的精准对应，对古桂花资源的保护与开发利用，具有重要意义。
[0003]目前桂花的品种鉴定主要以形态鉴定、DNA条形码和SSR标记技术为主。形态鉴定受环境影响，且依赖于鉴定者的经验，因此鉴定准确性和稳定性较差，不适用于产品的鉴定；DNA条形码主要用于物种鉴定，不能鉴定种下的分类单元，比如品种间的鉴定；SSR标记以其多态性高和操作简便已在品种鉴定种广泛应用，但是SSR标记法一次PCR扩增不超过5个位点，通量较低，且DNA聚合酶扩增时容易产生滑脱基因型，难以区分滑脱基因型与样本的主基因型，因此SSR标记不适用于具有多个基因型的多倍体植物和混杂样品。目前桂花品种鉴定的研究中，主要基于少量桂花SSR标记开展工作，如李军等于2018年发表的论文“桂花EST
‑
SSR引物开发及在品种鉴定中的应用”中仅研究了19个EST
‑
SSR位点，虽然能达到品种区分的效果，但鉴定结果为图形，难以实现数据的数字化管理。因此，开发用于桂花品种鉴定的高多态性的新型分子标记及其检测技术，成为亟待解决的技术问题。
[0004]MNP标记是指在基因组上一段区域内由多个核苷酸变异产生的多态性标记。MNP标记等位基因丰富，多态性高，理论上单个MNP位点上有2
n
种等位基因型(n为MNP标记中SNP的数目)，MNP标记品种区分能力强，由于MNP标记等位基因型丰富，仅利用少数标记位点就可以实现大量样本的区分。MNP标记鉴定流程效率高，单个PCR反应中可同事扩增成百上千个标记位点，例如国标GB/T 38551中可同时扩增317
‑
1042个MNP标记。MNP标记鉴定准确度高，通过二代高通量测序对每条MNP标记的PCR产物测序数百次，极大降低实验误差导致的基因型分型错误。基于以上优点，MNP标记技术已经广泛应用于水稻、玉米、番茄、猕猴桃等作物中，目前在桂花品种鉴定中尚未有关于MNP标记的研究报道，也缺乏相应的技术。

技术实现思路

[0005]为解决
技术介绍
中存在的问题，本专利技术提供了一种用于桂花品种鉴定的MNP标记位点、引物组合物和试剂盒，不仅可以对桂花品种进行品种鉴定、也可以对古桂花树产品进行溯源，具有区分力强、鉴定通量高、结果准确的特点。
[0006]本专利技术解决上述技术问题的技术方案如下：
[0007]一方面，本专利技术提供了一种用于桂花品种鉴定的MNP标记位点，所述MNP标记位点为在桂花基因组中筛选的在桂花种群内具有多个核苷酸多态性的基因组区域，所述MNP标记位点包括MNP
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1～MNP
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50，MNP
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1～MNP
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50在桂花基因组GCA_019395295上的位置如下表所示：
[0008][0009][0010][0011]MNP
‑
1～MNP
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50在桂花的其它基因组中的位置通过序列比对直接获得。
[0012]第二方面，本专利技术提供了检测上述MNP标记位点的多重PCR引物组合物，包括50组引物对，50组引物对的序列如SEQ ID NO:1～SEQ ID NO:100所示。
[0013]第三方面，本专利技术提供了一种用于检测上述MNP标记位点的试剂盒，包含上述的多重PCR引物组合物。
[0014]第四方面，本专利技术提供了上述MNP标记位点或多重PCR引物组合物或试剂盒在桂花品种鉴定中的应用。
[0015]第五方面，本专利技术提供了上述MNP标记位点或多重PCR引物组合物或试剂盒在古桂花树产品溯源中的应用。
[0016]第六方面，本专利技术提供了上述MNP标记位点或多重PCR引物组合物或试剂盒在构建桂花品种DNA指纹数据库中的应用。
[0017]第七方面，本专利技术提供了用于检测上述MNP标记位点的产品在桂花品种鉴定种的应用。
[0018]第八方面，本专利技术提供了用于检测上述MNP标记位点的产品在古桂花树产品溯源中的应用。
[0019]第九方面，本专利技术提供了一种鉴定桂花品种的方法，以上述MNP标记位点作为标记，鉴定待测桂花样本的品种。
[0020]进一步，基于所述MNP标记位点，判断待测样本与对照品种的遗传相似系数，当遗
传相似系数大于或等于99％时，判定待测样品与对照品种为极近似品种或相同品种，遗传相似度的计算公式为：
[0021][0022]其中，GS为待测样品与对照品种的遗传相似系数，n
ij
为待测样品与对照品种中均检出的但基因型无差异的标记位点的数目，N
ij
为待测样品与对照品种中均检出的标记位点的数目。
[0023]本专利技术的有益效果是：通过本专利技术提供的MNP位点以及引物组和试剂盒。通过多重扩增和高通量测序获得待测样本的DNA指纹数据，进而通过数据分析获得品种鉴定结论。其中DNA指纹数据是测序后获得的碱基序列，分辨率达到单碱基水平，数据准确性和数字化程度高，可以通过序列分析软件一次性比对成百上千个样品，快速得到品种鉴定结论。同时，基于多个标记检测的策略，具有靶标多、通量高、准确性高的特点，可以大大提高桂花衍生产品鉴定的准确性和效率，为古桂花树产品溯源提供技术手段。该专利用于桂花品种鉴定的MNP标记位点、引物组合物和试剂盒，在桂花产品鉴定、DNA指纹数据库构建、古桂花树产品溯源等应用场景中具有较好的应用价值，为我国桂花品种的分子育种和知识产权保护提供技术支撑，促进产业的健康发展。
附图说明
[0024]图1为本专利技术实施例2中桂花MNP标记位点检出位点数分布图；
[0025]图2为本专利技术实施例2中桂花样品间MNP标记差异比例分布图。
具体实施方式
[0026]以下结合附图及具体实施例对本专利技术的原理和特征进行描述，所举实例只用于解释本专利技术，并非用于限定本专利技术的范围。
[0027]在整个说明书中，除非另有特别说明，本文使用的术语应理解为如本领域中通常所使用的含义。因此，除非另有定义，本文使用的所有技术和科学术语具有与本专利技术实施例所属领域技术人员的一般理解相同的含义。若存在矛盾，本说明书优先。除非另有特别说明，本专利技术实施例中用到的各种原材料、试剂、仪器和设备等，均可通过市场购买得到或者可通过现有方法制备得到。
[0028]MNP标记技术已经广泛应本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种用于桂花品种鉴定的MNP标记位点，其特征在于，所述MNP标记位点为在桂花基因组中筛选的在桂花种群内具有多个核苷酸多态性的基因组区域，所述MNP标记位点包括MNP
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1～MNP
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50，MNP
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1～MNP
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50在桂花基因组GCA_019395295上的位置如下表所示：
MNP
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1～MNP
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50在桂花的其它基因组中的位置通过序列比对直接获得。2.一种用于检测权利要求1所述MNP标记位点的多重PCR引物组合物，其特征在于，包括
50组引物对，所述50组引物对的核苷酸序列如SEQ ID NO:1～SEQ ID NO:100所示。3.一种用于检测权利要求1所述的MNP标记位点的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括权利要求2所述的多重PCR引物组合物。4.权利要求1所述的MNP标记位点或权利要求2所述的多重PCR引物组合物或权利要求3所述的试剂盒在桂花品种鉴定中的应用。5.权...

【专利技术属性】
技术研发人员：张英，李甜甜，彭海，李伟，方治伟，李兰青，周俊飞，潘中锋，
申请(专利权)人：江汉大学，
类型：发明
国别省市：