菌落识别与特征提取方法技术

本发明专利技术涉及微生物培养处理技术领域，技术领域，公开了一种菌落识别与特征提取方法，包括如下步骤：确定相机参数；相机对培养菌进行拍照获得菌落图像；处理菌落图像，得到菌落标签信息矩阵；根据菌落标签信息矩阵提取菌落特征；将菌落质心位置的坐标参数转化成像素坐标系；估算出菌落点的深度；将菌落特征参数输出。本发明专利技术通过相机直接对培养皿进行拍照识别并提取特征，计算出菌落的大小位置等参数，供后续挑菌自动化设备进行挑菌操作。续挑菌自动化设备进行挑菌操作。续挑菌自动化设备进行挑菌操作。

【技术实现步骤摘要】
菌落识别与特征提取方法


[0001]本专利技术涉及微生物培养处理
，尤其涉及一种菌落识别与特征提取方法。

技术介绍

[0002]在生物实验中，对菌类微生物培养后，要对培养皿中的菌株进行读取，现有的方式是工作人员通过显微镜对培养皿进行读取，读取过程中，通过显微镜上的标尺读取菌落的尺寸位置，并通过经验，识别出杂菌并剔除，再借助于挑菌工具，将菌种挑至孔板中进行后续实验操作。
[0003]随着计算机图像技术的发展，现有技术中出现了通过高精度相机对培养皿菌种进行拍照后，进行计算测量的菌种识别方法。
[0004]但是，人工识别挑菌，对操作人员的技术熟练程度要求高，工作强度大。而计算机拍照测量后，使挑菌过程与识别过程的无法接续。

技术实现思路

[0005]本专利技术的目的是为了解决上述问题，提供一种菌落识别与特征提取方法，通过相机直接对培养皿进行拍照识别并提取特征，计算出菌落的大小位置等参数，供后续挑菌自动化设备进行挑菌操作。
[0006]本专利技术采取的技术方案是：
[0007]一种菌落识别与特征提取方本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种菌落识别与特征提取方法，其特征在于：包括如下步骤：(1)通过张正友棋盘格标定法确定相机内参矩阵、畸变参数矩阵，相机内参矩阵K的公式如下：畸变参数矩阵D的公式如下：D＝[k1 k2 k3 p1 p2]
T
其中：fx，fy表示相机在x，y方向上的焦距，单位为像素；Cx，Cy表示相机光心的像素坐标；k1，k2，k3表示3阶径向畸变系数；p1，p2表示切向畸变系数；确定相机外参，相机外参包括相机的旋转矩阵R与平移向量t，旋转矩阵R是相机坐标系相对于世界坐标系旋转的度量；平移向量t为相机坐标系原点相对于世界坐标系原点的平移量；(2)相机对培养菌进行拍照获得菌落图像；(3)通过基于Unet的深度学习算法对菌落识别区域进行预测，通过Cellpose细胞分割算法处理菌落图像，得到菌落标签信息矩阵；(4)根据菌落标签信息矩阵提取菌落特征，菌落特征包括：菌落质心位置、菌落直径、菌落面积、菌落邻近度、菌落圆度、菌落颜色中的一个或多...

【专利技术属性】
技术研发人员：刘家朋，
申请(专利权)人：上海汇像信息技术有限公司，
类型：发明
国别省市：