一种乙型肝炎病毒用药指导系统及其应用技术方案

本发明专利技术提供一种乙型肝炎病毒用药指导系统及其应用，并提供了一种引物组，含有核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示的正向引物和核苷酸序列如SEQ ID NO：2所示的反向引物。并基于上述引物组提供了一种乙型肝炎病毒用药指导，所述乙型肝炎病毒用药指导系统以利用引物组扩增待测样品并结合Sanger测序得到的ab1文件作为输入数据，即可实现氨基酸层面的突变分析，不仅能够基于氨基酸位点的突变分析指导乙肝病毒感染者的核苷酸药物用药，而且还能够发现新的氨基酸突变位点；同时该乙型肝炎病毒耐药突变位点检测模型能够准确高效地对大批量数据进行处理，相较于传统借助比对软件逐一判读，不仅显著提高了判读准确性，还大大缩短了时间。间。间。

【技术实现步骤摘要】
一种乙型肝炎病毒用药指导系统及其应用


[0001]本专利技术涉及生物技术检测领域，具体地，涉及一种乙型肝炎病毒用药指导系统及其应用。

技术介绍

[0002]乙型病毒性肝炎是由乙型肝炎病毒（HBV）所引起的，在全球广泛传播的传染病。HBV属于双链环状DNA病毒，基因组长约3.2 KB，包括正链和负链；正链没有开放阅读框，负链存在4个开放阅读框（分为S区、C区、P区和X区），其中P区最长，约占乙型肝炎病毒基因组全长的75%以上，编码病毒体DNA多聚酶。
[0003]近几十年来，针对HBV感染的治疗药物主要依赖于干扰素以及核苷类药物。核苷类药物主要包括拉米夫定（LAM）、阿德福韦酯（ADV）、恩替卡韦（ETV）、替比夫定（LDT）、替诺福韦酯（TDF）和恩曲他滨（FTC）等，这些核苷类药物的作用靶点均位于HBV
‑
DNA的P区编码聚合酶/逆转录酶的RT基因区域上。因此乙型肝炎病毒RT基因区域上的突变常常会导致其产生耐药性，当前已知替诺福韦酯（TDF）耐药相关突变为RT基因区域的181、194和236位点；替比夫定（LDT）耐药相关突变为RT基因区域的204位点；拉米夫定（LAM）耐药相关突变为RT基因区域的173、180、204、207和213位点；恩曲他滨（FTC）耐药相关突变为RT基因区域的173、180和204位点；阿德福韦酯（ADV）耐药相关突变为RT基因区域的181、214、215、236、237和238位点；恩替卡韦（ETV）耐药相关突变为RT基因区域的169、173、180、184、202、204和250位点。
[0004]目前，针对这些突变位点开发的检测HBV耐药的技术主要包括实时荧光PCR技术（qPCR）、PCR
‑
限制性酶切片段多态性片段分析技术（PCR
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RFLP）、基因芯片技术、线性探针杂交技术、Sanger测序技术等。其中Sanger测序技术因其具有结果直观可靠、能够分析未知DNA序列和突变位点、单向反应的读序能力较长且准确度高等特点，已经成为HBV耐药基因突变位点检测的金标准。
[0005]利用Sanger测序进行检测得到的结果中包含一个储存序列信息的seq文件和一个储存测序峰图的ab1文件，这两个文件需要利用特定的生物软件如BioEdit、MEGA、DNAMAN进行处理，对突变位点进行逐一判读；而HBV耐药位点较为分散，且密码子本身具备简并性，这也导致一个碱基的突变可能不会改变翻译后的氨基酸序列，在判读过程中需要将DNA序列翻译成氨基酸序列或者将DNA序列对照密码子表进行判读，同时同一位点在测序的过程中会测到不同的碱基，导致形成重叠峰，进一步使判读过程更加费时费力，容易出现错误，且由于需要人工判读，因此难以处理大批量样本。
[0006]基于上述问题，目前急需一种既能够实现精准检测HBV耐药突变位点，又能同时处理大批量样本，同时还具备优异精确度的检测技术。

技术实现思路

[0007]本专利技术的目的是为了克服现有技术的上述不足，提供一种乙型肝炎病毒用药指导系统及其应用。
[0008]本专利技术的第一目的是提供一种引物组。
[0009]本专利技术的第二目的是提供上述引物组在制备用于指导乙型肝炎病毒感染者用药的产品中的应用。
[0010]本专利技术的第三目的是提供一种乙型肝炎病毒用药指导系统。
[0011]本专利技术的第四目的是提供上述乙型肝炎病毒用药指导系统在制备用于指导乙型肝炎病毒感染者用药的产品中的应用。
[0012]本专利技术的第五目的是提供上述乙型肝炎病毒用药指导系统在制备筛选乙型肝炎病毒耐药突变位点的产品中的应用。
[0013]为了实现上述目的，本专利技术是通过以下方案予以实现的：一种引物组，所述引物组含有核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示的正向引物和核苷酸序列如SEQ ID NO：2所示的反向引物。
[0014]正向引物（SEQ ID NO：1）：5
’‑
AAACTGCACCTGTATTCCCA
‑3’
；反向引物（SEQ ID NO：2）：5
’‑
GAGGAGACACAAAGGTTCCA
‑3’
。
[0015]本专利技术还请求保护上述引物组在制备用于指导乙型肝炎病毒感染者用药的产品中的应用。
[0016]优选地，所述指导乙型肝炎病毒感染者用药为指导乙型肝炎病毒感染者用拉米夫定、阿德福韦酯、恩替卡韦、替比夫定、替诺福韦酯和/或恩曲他滨。
[0017]一种乙型肝炎病毒用药指导系统，包括引物模块、测序模块和分析模块；引物模块包含上述引物组；测序模块利用引物模块中的引物组对待测样品扩增得到扩增引物，并利用核苷酸序列如SEQ ID NO：2所示反向引物作为测序引物并进行Sanger测序，得到ab1文件；分析模块包括数据输入组件、数据预处理组件和突变位点识别组件；其中，数据输入组件将测序模块得到的ab1文件作为输入数据输入分析模块；数据预处理组件用于提取数据输入组件输入的ab1文件中的DNA序列并进行反向互补得到互补DNA序列，以互补DNA序列5
’
端第一个“ATC”为翻译起始位点翻译氨基酸序列，取1～102位氨基酸序列作为突变分析氨基酸序列；突变位点识别组件用于将数据预处理组件得到的突变分析氨基酸序列的102个氨基酸位点依次与标准氨基酸序列进行比对得到比对结果BXO，并基于比对结果BXO得到位点突变结果；标准氨基酸序列为登录号QIN91274.1的氨基酸序列的52～153位氨基酸序列；所述比对结果BXO中X取自1～102中的任一整数，B代表标准氨基酸序列的第X个氨基酸，O代表突变分析氨基酸序列的第X个氨基酸；B与O相同时，突变分析氨基酸序列上的位点未发生氨基酸突变，位点突变结果为“位点未突变”，如“B未突变”；B与O不同时，突变分析氨基酸序列上的位点发生氨基酸突变，位点突变结果为“位点
→
突变位点+突变”，如“B
→
O突变”。
[0018]优选地，测序模块中所述待测样品为乙型肝炎病毒感染者的血液样品。
[0019]优选地，还包括判断模块；所述判断模块对上述乙型肝炎病毒用药指导系统中的突变位点识别组件得到的比对结果BXO进行筛选，保留X=1、8、12、19、20、23、33、41、43、46、52、53、54、75、76、77或89的
结果，并筛选得到指导用药突变结果BUO，其中U=X+161。
[0020]更优选地，还包括指导用药模块；所述指导用药模块根据判断模块得到的指导用药突变结果BUO，得到耐药信息；具体为：指导用药突变结果BUO为V173L、L180M、M204V、M204I、M204S、V207I、V207IL、V207IG或S213T中的一个或几个，拉米夫定耐药；指导用药突变结果BUO为A181T、A181V、V214A、Q215S、N236T、P237H、N238T、N238D、H238T或H238D中的一个或本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种乙型肝炎病毒用药指导系统，其特征在于，包括引物模块、测序模块和分析模块；引物模块包含引物组，所述引物组含有核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示的正向引物和核苷酸序列如SEQ ID NO：2所示的反向引物；测序模块利用引物模块中的引物组对待测样品扩增得到扩增产物，并利用核苷酸序列如SEQ ID NO：2所示反向引物作为测序引物进行Sanger测序，得到ab1文件；分析模块包括数据输入组件、数据预处理组件和突变位点识别组件；其中，数据输入组件将测序模块得到的ab1文件作为输入数据输入分析模块；数据预处理组件用于提取数据输入组件输入的ab1文件中的DNA序列并进行反向互补得到互补DNA序列，以互补DNA序列5
’
端第一个“ATC”为翻译起始位点翻译氨基酸序列，取1～102位氨基酸序列作为突变分析氨基酸序列；突变位点识别组件用于将数据预处理组件得到的突变分析氨基酸序列的102个氨基酸位点依次与标准氨基酸序列进行比对得到比对结果BXO，并基于比对结果BXO得到位点突变结果；标准氨基酸序列为登录号QIN91274.1的氨基酸序列的52～153位氨基酸序列；所述比对结果BXO中X取自1～102中的任一整数，B代表标准氨基酸序列的第X个氨基酸，O代表突变分析氨基酸序列的第X个氨基酸；B与O相同时，突变分析氨基酸序列上的位点未发生氨基酸突变，位点突变结果为“位点未突变”，如“B未突变”；B与O不同时，突变分析氨基酸序列上的位点发生氨基酸突变，位点突变结果为“位点
→
突变位点+突变”，如“B
→
O突变”。2.根据权利要求1所述的乙型肝炎病毒用药指导系统，其特征在于，测序模块中所述待测样品为乙型肝炎病毒感染者的血液样品。3.根据权利要求1所述的乙型肝炎病毒用药指导系统，其特征在于，还包括判断模块；所述判断模块对权利要求1所述乙型肝炎病毒用药指导系统中的突变位点识别组件得到的比对结果BXO进行筛选，保留X=1、8、12、19、20...

【专利技术属性】
技术研发人员：徐锋，方少彬，李健新，殷乐，翁丹容，
申请(专利权)人：广州凯普医学检验所有限公司沈阳凯普医学检验所有限公司，
类型：发明
国别省市：