TCR/IG基因重排微小残留病监测数据管理与解读系统技术方案

本发明专利技术涉及一种TCR/IG基因重排微小残留病监测数据管理与解读系统，属于MRD监测领域，包括：患者样本信息边界管理模块：对患者样本信息数据进行结构化管理；初筛数据管理模块：对患者MRD重排初筛结果vidjil类型文件的自动化读取，获取初筛检测结果信息，进行结构化存储，基于预设条件对阳性结果数据进行标注，图形化呈现数据；TCR/IG重排数据管理模块：管理重排引物数据；TCR/IP重排MRD监测模块：对患者初筛结果的自动化引物设计与分析，获取微小残留物的浓度，并生成历史监测趋势图方便研究人员直观获取监测结果；报告生成模块：根据历史监测数据汇总结果，一键生成数据报告。一键生成数据报告。一键生成数据报告。

【技术实现步骤摘要】
TCR/IG基因重排微小残留病监测数据管理与解读系统


[0001]本专利技术属于MRD监测领域，涉及一种TCR/IG基因重排微小残留病监测数据管理与解读系统。

技术介绍

[0002]TCR/IG基因重排是一种用于检测人体组织中的微小残留物技术。TCR代表T细胞受体，IG代表免疫球蛋白。这些残留物通常是由癌细胞或其他异常细胞类型产生的，可以在血液、骨髓、淋巴组织、脑脊液和其他生物体液中检测到。TCR/IG基因重排微小残留(MRD)监测系统可以应用于包括癌症的检验数据的监测处理。它可以帮助医生确定患者是否已经治愈或是否存在复发风险，并指导治疗方案。此外，该技术还可以用于监测干细胞移植后的恢复过程，以及其他病理学应用程序。该技术通常通过PCR(聚合酶链反应)或NGS(下一代测序)来进行。PCR是一种广泛使用的技术，可以检测非常低浓度的DNA并扩增它，以便进行分析。NGS则是一种更高通量的方法，可以同时分析大量DNA样本，以便更准确地检测微小残留物，可以生成持续监测数据，帮助医生更好地了解患者的状况。
[0003]原始的TCR/IG重排微小残留(MRD)检测与监控，需要研究人员根据患者检测样本信息，查找大量的数据库和专业文献找到合适的扩增序列，然后通过NGS扩增技术检测样本信息中的残留物，根据患者样本中检测到的残留物信息，提取出关键的数据，并翻阅大量的文献内容以及对患者的历史检测数据进行比对，从而给出有效的监测数据及趋势图。在这些过程中，面临数据量大、操作繁琐、查询困难等问题。

技术实现思路

[0004]有鉴于此，本专利技术的目的在于提供一种TCR/IG基因重排微小残留病监测数据管理与解读系统。
[0005]为达到上述目的，本专利技术提供如下技术方案：
[0006]一种TCR/IG基因重排微小残留病监测数据管理与解读系统，包括：
[0007]患者样本信息边界管理模块：用于对患者样本信息数据进行结构化管理，实现患者历史检测数据的管理与整合；
[0008]初筛数据管理模块：用于对患者MRD重排初筛结果vidjil类型文件的自动化读取，获取初筛检测结果信息，并将其进行结构化存储，基于预设条件对阳性结果数据进行标注，并将检测结果以图形化数据呈现；
[0009]TCR/IG重排数据管理模块：用于对重排引物数据进行管理，实现多个患者样本同时上机分析需求；
[0010]TCR/IP重排MRD监测模块：用于对患者初筛结果的自动化引物设计与分析，获取微小残留物的浓度，并生成历史监测趋势图方便研究人员直观获取监测结果；
[0011]报告生成模块：用于根据历史监测数据汇总结果，一键生成数据报告。
[0012]进一步，所述重排引物数据包括重排引物barcode、引物内参、以及重排引物；
[0013]所述重排barcode是固定的多个不同碱基组成的碱基序列；重排引物内参是一组无序的碱基序列，根据阳性点碱基序列和选用barcode生成的一组碱基序列；
[0014]重排引物：根据阳性克隆重排序列，匹配重排引物池数据，获取前后引物序列，若引物池中没有匹配引物数据，则根据阳性克隆碱基序列以及cloneId，根据预设参数，设计生成前后引物。
[0015]进一步，本系统的具体工作流程如下：
[0016]S1：患者样本信息管理；
[0017]S2：若样本检测项目为初筛，继续进行S3，否则进行S6；
[0018]S3：导入患者MRD初筛检测vidjil文件；
[0019]S4：对初筛数据进行结构化处理；
[0020]S5：根据预设条件筛选标注阳性检测结果，继续进行S12；
[0021]S6：获取患者阳性位点信息；
[0022]S7：根据阳性位点信息设计引物；
[0023]S8：进行重排引物、重排引物内参、重排引物barcode管理；
[0024]S9：根据引物实验获取检测数据；
[0025]S10：上传检测数据获取历史监测数据；
[0026]S11：根据历史监测数据生成监测历史趋势图；
[0027]S12：根据送检单位获取报告模板；
[0028]S13：生成报告并导出。
[0029]进一步，所述进行重排引物、重排引物内参、重排引物barcode管理，具体包括：
[0030]S81：选择阳性克隆点；
[0031]S82：获取阳性克隆碱基序列和cloneld；
[0032]S83：判断引物库中是否有相匹配的引物，若不匹配，继续进行步骤S84，否则进行步骤S87；
[0033]S84：获取临床试验人员预设参数；
[0034]S85：根据克隆碱基序列以及相关参数设计引物；
[0035]S86：根据设计出来的前后引物以及对应的碱基序列选择合适的前后引物；
[0036]S87：选择合适的前后引物序列；
[0037]S88：判断重排引物内参库中是否存在合成的重排引物，弱不存在，继续进行步骤S89，否则进行步骤S812；
[0038]S89：获取临床试验人员预设参数；
[0039]S810：根据克隆碱基序列、cloneld以及相关参数设计内参序列；
[0040]S811：根据克隆碱基序列、cloneld以及相关参数设计重排引物序列；
[0041]S812：获取对应的重排引物序列；
[0042]S813：获取重排引物barcode，与重排引物barcode库进行匹配，判断是否存在已合成的barcode，若不存在，则进行步骤S814，否则进行步骤S815；
[0043]S814：从barcode库中匹配合适的barcode；
[0044]S815：判断barcode是否存在已使用的情况，若存在，返回步骤S814，否则选择内参拷贝数、投入DNA量；
[0045]S816：进行线下实验，获取实验数据；
[0046]S817：将实验结果导入系统；
[0047]S818：根据实验结果解析实验结果数据。
[0048]本专利技术的有益效果在于：重排引物数据的管理涉及barcode管理、重排引物管理、重排引物设计、重排引物内参管理等，同时为满足多个样本同时上机实验的需求，对barcode的管理选用较为复杂，本专利技术通过对整体流程的管理，极大地简化研究人员的工作，改进了工作方式，提高生产效率。
[0049]本专利技术的其他优点、目标和特征在某种程度上将在随后的说明书中进行阐述，并且在某种程度上，基于对下文的考察研究对本领域技术人员而言将是显而易见的，或者可以从本专利技术的实践中得到教导。本专利技术的目标和其他优点可以通过下面的说明书来实现和获得。
附图说明
[0050]为了使本专利技术的目的、技术方案和优点更加清楚，下面将结合附图对本专利技术作优选的详细描述，其中：
[0051]图1为TCR/IG基因重排微小残留病监测数据管理与解读系统工作流程图；
[0052]本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种TCR/IG基因重排微小残留病监测数据管理与解读系统，其特征在于：包括：患者样本信息边界管理模块：用于对患者样本信息数据进行结构化管理，实现患者历史检测数据的管理与整合；初筛数据管理模块：用于对患者MRD重排初筛结果vidjil类型文件的自动化读取，获取初筛检测结果信息，并将其进行结构化存储，基于预设条件对阳性结果数据进行标注，并将检测结果以图形化数据呈现；TCR/IG重排数据管理模块：用于对重排引物数据进行管理，实现多个患者样本同时上机分析需求；TCR/IP重排MRD监测模块：用于对患者初筛结果的自动化引物设计与分析，获取微小残留物的浓度，并生成历史监测趋势图方便研究人员直观获取监测结果；报告生成模块：用于根据历史监测数据汇总结果，一键生成数据报告。2.根据权利要求1所述的TCR/IG基因重排微小残留病监测数据管理与解读系统，其特征在于：所述重排引物数据包括重排引物barcode、引物内参、以及重排引物；所述重排barcode是固定的多个不同碱基组成的碱基序列；重排引物内参是一组无序的碱基序列，根据阳性点碱基序列和选用barcode生成的一组碱基序列；重排引物：根据阳性克隆重排序列，匹配重排引物池数据，获取前后引物序列，若引物池中没有匹配引物数据，则根据阳性克隆碱基序列以及cloneId，根据预设参数，设计生成前后引物。3.根据权利要求1所述的TCR/IG基因重排微小残留病监测数据管理与解读系统，其特征在于：本系统的具体工作流程如下：S1：患者样本信息管理；S2：若样本检测项目为初筛，继续进行S3，否则进行S6；S3：导入患者MRD初筛检测vidjil文件；S4：对初筛数据进行结构化处理；S5：根据预设条件筛选标注阳性检测结果，继续进行S12；S6：获取患者阳性位点信息；S7：根据阳性位点...

【专利技术属性】
技术研发人员：王奇隆，付海阔，舒金才，陈金雄，尚华，
申请(专利权)人：北京高灵智腾信息科技有限公司，
类型：发明
国别省市：