一种检测中国荷斯坦奶牛乳品质相关的性状的SNP位点基因型的试剂及其应用制造技术

本发明专利技术公开了一种检测中国荷斯坦奶牛乳品质相关的性状的SNP位点基因型的试剂及其应用。本发明专利技术公开了中国荷斯坦奶牛的PPP1R15A基因外显子3的第250个碱基处的SNP位点，所述位点的TT基因型的样本的乳脂和干物质含量，显著高于AT基因型的样本。所述位点在群体中遗传多态性丰富，分布均匀，遗传稳定，所表达的性状能稳定保留。本发明专利技术构建核苷酸序列如SEQ ID NO：1和2所示的引物，检测所述SNP位点，制备试剂盒，用于评价中国荷斯坦奶牛乳品质中乳脂和干物质性状，为中国荷斯坦奶牛育种挑选出优良乳品质的奶牛品种。品质的奶牛品种。品质的奶牛品种。

【技术实现步骤摘要】
一种检测中国荷斯坦奶牛乳品质相关的性状的SNP位点基因型的试剂及其应用


[0001]本专利技术涉及奶牛性状分析
，具体地，涉及一种检测中国荷斯坦奶牛乳品质相关的性状的SNP位点基因型的试剂及其应用。

技术介绍

[0002]中国荷斯坦奶牛是由中国的黄牛与荷斯坦奶牛杂交并经过长期选育而成的品种，泌乳系统发育良好，可肉乳兼用，也是目前我国养殖最多的奶牛品种。
[0003]牛奶中与乳品质相关的性状有乳脂、乳蛋白质、乳糖、体细胞数和尿素氮等，乳品质相关的性状有不同的调控方法，其中通过研究基因对调控奶牛乳脂的合成具有重大影响。
[0004]磷酸酶(phosphatase)对许多生物学功能至关重要，因为磷酸化(通过蛋白激酶)和去磷酸化(通过磷酸酶)在细胞调节和信号传导中起着至关重要作用，与肥胖、糖尿病、癌症、神经退行性等疾病有着千丝万缕的联系。PPP1R15A是一种蛋白质编码基因，也叫GADD34，是PTP家族的一员，而PPP1R15A的过量表达可能导致蛋白质的错误折叠，针对错误折叠蛋白质的异常积累，细胞会启动保护机制，使真核翻译启动因子2(Eukaryotic translation initiator 2,eIF2)暂时性磷酸化，减少蛋白质错误折叠。磷酸化的eIF2减少蛋白合成，阻止错误折叠蛋白质在内质网中的积累。因此，抑制PPP1R15A可以延长eIF2的磷酸化，有利于治疗与蛋白质错误折叠相关的疾病。有一种叫guanabenz的抗高血压药物可以延长eIF2的磷酸化时间，并抑制PPP1R15A的信号传导。研究人员将该药物作为先导化合物研究，但是长时间追踪发现，guanabenz会导致小鼠神经系统紊乱，不良反应较大，于是被放弃了。之后Das等人合成guanabenz的衍生物Sep hin 1，发现它能够抑制PPP1R15A的信号转导，纠正这种蛋白质错误折叠。该药有良好的药物动力学参数，并且靶向中枢神经与外周神经系统。Sephin1是内质网应激诱导的PPP1R15A的选择性抑制剂，靶向治疗与错误折叠蛋白的积累相关的疾病。目前国内外对PPP1R115A基因多集中在肿瘤、癌症相关的研究。

技术实现思路

[0005]本专利技术的目的是克服现有技术的上述不足，提供一种检测中国荷斯坦奶牛乳品质相关的性状的SNP位点基因型的试剂盒。
[0006]本专利技术的第一个目的是提供一种检测中国荷斯坦奶牛乳品质相关的性状的SNP位点的基因型的试剂。
[0007]本专利技术的第二个目的是提供一种检测所述SNP位点的基因型的引物。
[0008]本专利技术的第三个目的是提供所述的试剂，或所述的引物中的任意一种或几种在评价中国荷斯坦奶牛乳品质相关的性状中的应用。
[0009]本专利技术的第四个目的是提供所述的试剂，或所述的引物中的任意一种或几种在中国荷斯坦奶牛育种中的应用。
[0010]本专利技术的第五个目的是提供所述的试剂，或所述的引物中的任意一种或几种在制备评价中国荷斯坦奶牛乳品质相关的性状的试剂盒中的应用。
[0011]本专利技术的第六个目的是提供一种评价中国荷斯坦奶牛乳品质相关的性状的方法。
[0012]本专利技术的第七个目的是提供一种评价中国荷斯坦奶牛乳品质相关的性状的试剂盒。
[0013]为了实现上述目的，本专利技术是通过以下方案予以实现的：
[0014]一种检测中国荷斯坦奶牛乳品质相关的性状的SNP位点的基因型的试剂，所述SNP位点位于PPP1R15A基因外显子3的第250个碱基处，所述PPP1R15A基因在Ensemble中的编号为ENSBTAT00000001702.6。
[0015]进一步地，所述试剂为引物。
[0016]进一步地，所述引物的核苷酸序列如SEQ ID NO：1和2所示。
[0017]一种检测所述SNP位点的基因型的引物，所述引物的核苷酸序列如SEQ ID NO：1和2所示。
[0018]所述的试剂，或所述的引物中的任意一种或几种在评价中国荷斯坦奶牛乳品质相关的性状中的应用。
[0019]进一步地，所述乳品质相关的性状为乳脂和干物质含量。
[0020]所述的试剂，或所述的引物中的任意一种或几种在中国荷斯坦奶牛育种中的应用。
[0021]所述的试剂，或所述的引物中的任意一种或几种在制备评价中国荷斯坦奶牛乳品质相关的性状的试剂盒中的应用。
[0022]进一步地，所述乳品质相关的性状为乳脂和干物质含量。
[0023]一种评价中国荷斯坦奶牛乳品质相关的性状的方法，检测位于PPP1R15A基因外显子3的第250个碱基的SNP位点的基因型，
[0024]SNP位点的基因型为TT的样本的乳脂和干物质含量，显著高于基因型为AT的样本；
[0025]所述PPP1R15A基因在Ensemble中的编号为ENSBTAT00000001702.6。
[0026]一种评价中国荷斯坦奶牛乳品质相关的性状的试剂盒，所述试剂盒含有所述的引物。
[0027]进一步地，所述试剂盒还含有PCR试剂。
[0028]进一步地，所述PCR试剂为Taq PCR Master Mix(2
×
red dye)和ddH2O。
[0029]其使用方法为：
[0030]以中国荷斯坦奶牛血液基因组DNA混池为DNA模板，进行PCR扩增，
[0031]其中总体积为20μL的PCR扩增体系由DNA模板1.0μL、上下游引物(核苷酸序列如SEQ ID NO：1～2所示的引物)各0.5μL、Taq PCR Master Mix(2
×
red dye)10μL和ddH2O 8μL；
[0032]PCR扩增程序为：94℃预变性4min；95℃变性30s，63℃退火30s，72℃延伸1min，35个循环；72℃延伸5min；
[0033]PCR产物经1.5％琼脂糖凝胶电泳检测确认目的片段正确后，进行测序，扩增产物的核苷酸序列如SEQ ID NO：3所示，SNP位点位于所述扩增产物第386个碱基处，为A单峰，样本基因型为AA，为T单峰，样本基因型为TT，为A/T重叠峰，样本基因型为AT；
[0034]SNP位点的基因型为TT的样本，其中国荷斯坦奶牛个体的乳脂和干物质含量，显著高于基因型为AT的中国荷斯坦奶牛个体。
[0035]与现有技术相比，本专利技术具有以下有益效果：
[0036]本专利技术公开了中国荷斯坦奶牛的磷酸酶1调节亚基15A(protein phosphatase1,regulatory subunit 15A，PPP1R15A)基因的外显子3的第250个碱基的SNP位点E3
‑
250 T>A。所述SNP位点存在三个基因型，分别为AA、AT和TT；所述SNP位点的TT基因型的样本的乳脂和干物质含量，显著高于AT基因型的样本。
[0037]所述SNP位点的基因杂合度(H)和多态信息含量(PIC)均处在0.25～0本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种检测中国荷斯坦奶牛乳品质相关的性状的SNP位点的基因型的试剂，其特征在于，所述SNP位点位于PPP1R15A基因外显子3的第250个碱基处，所述PPP1R15A基因在Ensemble中的编号为ENSBTAT00000001702.6。2.根据权利要求1所述的试剂，其特征在于，所述试剂为引物。3.一种检测权利要求1中所述SNP位点的基因型的引物，其特征在于，所述引物的核苷酸序列如SEQ ID NO：1和2所示。4.权利要求1或2所述的试剂，或权利要求3所述的引物中的任意一种或几种在评价中国荷斯坦奶牛乳品质相关的性状中的应用。5.根据权利要求4所述的应用，其特征在于，所述乳品质相关的性状为乳脂和干物质含量。6.权利要求1或2所述的试剂，或权利要求3所述的引物中的任...

【专利技术属性】
技术研发人员：姜平，赵志辉，于海滨，李嘉灵，黄依珊，
申请(专利权)人：广东海洋大学，
类型：发明
国别省市：