与猪生长性状关联的逆转录病毒转座子插入多态分子标记、检测方法及应用技术

本发明专利技术公开了与猪生长性状关联的逆转录病毒转座子插入多态分子标记、检测方法及应用，属于动物遗传育种领域，AEMK02000197.1:13336

【技术实现步骤摘要】
与猪生长性状关联的逆转录病毒转座子插入多态分子标记、检测方法及应用


[0001]本专利技术属于动物遗传育种领域，同时涉及生物信息学及分子生物学领域，具体涉及一种与猪生长性状关联的逆转录病毒转座子插入多态分子标记、检测方法及应用。

技术介绍

[0002]在猪基因组中，反转录转座子是基因组的主要组成成分，占猪基因组中的37.10％，占重复序列的91.49％。由于转座子在基因组中的高覆盖率以及它们具有移动的能力，从而认为转座子是基因组结构变异的重要贡献者，并可能在多个水平上影响宿主基因的活性。已有超过100种反转录转座子介导的插入导致了人类遗传疾病的报道(Hancks and Kazazian，Roles for Retrotransposon Insertions in Human Disease.2016)。在动物身上已经观察到许多由转座子插入引起的表型变化，例如SINE插入引起的体型变化和狗的毛色变化(Gray et al.The IGF1 Small Dog Haplotype Is Derived from Middle Eastern Grey Wolves.2010；Clark et al.Retrotransposon Insertion in SILV Is Responsible for Merle Patterning of the Domestic Dog.2006；Murphy et al.2018)，以及逆转录病毒插入引起鸡的蛋壳颜色变化(Wang et al.An EAV
‑
HP Insertion in 5
′
Flanking Region of SLCO1B3 Causes Blue Eggshell in the Chicken.2013)。在猪中也观察到两例因L1插入引起的性状变化(Giuffra et al.A Large Duplication Associated with Dominant White Color in Pigs Originated by Homologous Recombination between LINE Elements Flanking KIT.2002；Sironen et al.L1 Insertion within SPEF2 Gene Is Associated with Increased Litter Size in the Finnish Yorkshire Population 2012)。
[0003]转座子插入多态(Transposon insertion polymorphism，TIP)揭示的是一个位点上的不同等位状态(即转座子的插入和缺失)，产生共显性标记。这种标记可以对特定位点有无转座子的插入进行检测，只需基因组为模板，不需要酶切、加接头等处理，利于自动化操作，特别适合大量样品的分析。
[0004]生长性状是家猪重要的经济性状，生长性状加快将能有效实现猪只育种的经济价值，该性状已成为家猪育种的重要选择性状。猪基因组中99％以上的逆转录病毒均以小片段的形式存在，目前对全猪基因组中全长逆转录病毒中是否存在的转座子插入多态的研究以及对猪百公斤日龄的影响未见报道。

技术实现思路

[0005]本专利技术的目的在于提供与猪生长性状关联的AEMK02000197.1:13336
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22596和chr9:138895584
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138904839两个逆转录病毒转座子插入多态分子标记检测方法及应用，通过寻找与猪生长性能相关的转座子插入多态位点作为分子标记，并将其应用于猪的生长性能的选育中，加快育种进程。
[0006]为了实现上述专利技术目的，本专利技术的技术方案如下：
[0007]第一方面，提供用于与猪生长性状关联的逆转录病毒转座子插入多态分子标记在筛选猪的生长性状中的应用。
[0008]第二方面，提供与猪生长性状关联的AEMK02000197.1:13336
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22596和chr9:138895584
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138904839两个逆转录病毒转座子插入多态分子标记，AEMK02000197.1:13336
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22596的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示，该核苷酸序列的第500到9261位点存在一个全长逆转录病毒转座子的插入多态性位点(即插入多态性位点为SEQ ID NO:1第500到9261位点的序列)，该位点为存在全长逆转录病毒序列的插入和缺失的不同状态；该位点呈现出纯合无插入基因型逆转录病毒
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、纯合插入基因型逆转录病毒+/+、杂合插入基因型逆转录病毒+/
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三种基因型；纯合插入基因型逆转录病毒+/+的个体达到30kg的日龄和100kg的日龄显著小于杂合插入基因型逆转录病毒+/
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个体和纯合无插入基因型逆转录病毒
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/
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个体。
[0009]chr9:138895584
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138904839的核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示，该核苷酸序列的第500到9256位点存在一个全长逆转录病毒转座子的插入多态性位点(即插入多态性位点为SEQ ID NO:2第500到9256位点的序列)，该位点为存在逆转录病毒序列的插入和缺失的不同状态；该位点呈现出纯合无插入基因型逆转录病毒
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/
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、纯合插入基因型逆转录病毒+/+、杂合插入基因型逆转录病毒+/
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三种基因型；纯合插入基因型逆转录病毒+/+的个体达到100kg的日龄显著大于杂合插入基因型逆转录病毒+/
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和纯合无插入基因型逆转录病毒
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/
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个体。
[0010]所述的全长逆转录病毒转座子多态分子标记AEMK02000197.1:13336
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22596来自猪参考基因组susScr11.0的AEMK02000197.1:13336
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22596；
[0011]chr9:138895584
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138904839来自猪参考基因组chr9:138895584
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138904839。
[0012]进一步地，所述应用的方法如下：
[0013]步骤(1)：根据序列SEQ ID NO:1中全长逆转录病毒转座子插入多态性位点两侧的序列设计PCR扩增引物，以及逆转录病毒转座子内部LTR序列的反向PCR扩增引物；
[0014]步骤(2)：以待检测猪个体的基因组DNA为模板，用步骤(1)PCR扩增引物和反向PCR扩增引物进行PCR扩增，获得PCR扩增产物；
[0015]步骤(3)：将PCR扩增产物进行琼脂糖凝胶电泳，并根据电泳结果判定基因型；
[0016]步骤(4)：将不同基因型与生长形状进行关联分析，如果存在纯本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.用于与猪生长性状关联的逆转录病毒转座子插入多态分子标记在筛选猪的生长性状中的应用。2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述分子标记为AEMK02000197.1:13336
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22596，其核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示；该序列的第500到第9261位点存在一个全长逆转录病毒转座子的插入多态性位点；该位点呈现出纯合无插入基因型逆转录病毒
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、纯合插入基因型逆转录病毒
+/+
、杂合插入基因型逆转录病毒
+/
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三种基因型；纯合插入基因型逆转录病毒
+/+
的个体达到30kg的日龄和100kg的日龄显著小于杂合插入基因型逆转录病毒
+/
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个体和纯合无插入基因型逆转录病毒
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个体。3.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述分子标记为chr9:138895584
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138904839，其核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示；该序列的第500到第9256之间存在一个全长逆转录病毒转座子的插入多态性位点；该位点呈现出纯合无插入基因型逆转录病毒
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、纯合插入基因型逆转录病毒
+/+
、杂合插入基因型逆转录病毒
+/
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三种基因型；纯合插入基因型逆转录病毒
+/+
的个体达到100kg的日龄显著大于杂合插入基因型逆转录病毒
+/
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和纯合无插入基因型逆转录病毒
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/
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个体。4.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，所述应用的方法如下：步骤(1)：根据序列SEQ ID NO:1中全长逆转录病毒转座子插入多态性位点两侧的序列设计PCR扩增引物，以及逆转录病毒转座子内部LTR序列的反向PCR扩增引物；步骤(2)：以待检测猪个体的基因组DNA为模板，用步骤(1)PCR扩增引物和反向PCR扩增引物进行PCR扩增，获得PCR扩增产物；步骤(3)：将PCR扩增产物进行琼脂糖凝胶电泳，并根据电泳结果判定基因型；步骤(4)：将不同基因型与生长形状进行关联分析，如果存在纯合插入基因型逆转录病毒
+/+
，则表明个体达到30kg的日龄和100kg的日龄短，如果存在杂合插入基因型逆转录病毒
+/
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个体和纯合无插入基因型逆转录病毒
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，则...

【专利技术属性】
技术研发人员：宋成义，杜站宇，陈才，王宵燕，高波，郑尧，
申请(专利权)人：扬州大学，
类型：发明
国别省市：