一种检测奶牛LRP5基因SNP位点的试剂及其应用制造技术

本发明专利技术公开了一种检测奶牛LRP5基因SNP位点的试剂及其应用。所述SNP位点位于NC_037356.1:45856034，即ARS

【技术实现步骤摘要】
一种检测奶牛LRP5基因SNP位点的试剂及其应用


[0001]本专利技术涉及家畜分子育种
，具体地，涉及一种检测奶牛LRP5基因SNP位点的试剂及其应用。

技术介绍

[0002]荷斯坦牛(Holstein
‑
Friesian)，原于荷兰和德国，又称荷兰牛和黑白花牛。是世界公认产量最高、产奶经济性状最高的奶牛品种，后被多个国家引进选育。中国荷斯坦奶牛是经过杂交以及长时间的选育之后形成的一个品种，具备乳用型牛的外形特征，体格高大，结构匀称，乳房庞大，泌乳性能良好，毛色呈黑白斑块，是比较高产的奶牛品种。奶业是我国畜牧业的重要组成部分，而产奶量和乳品质是奶业发展的两项重要指标。目前我国规模化牧场对产奶量的提升较为迅速，但相对忽视乳品质量，随之产生了奶牛健康状况的恶化等问题，从而导致奶牛业经济效益的下降。乳品质主要包括乳蛋白率、乳脂率和体细胞评分等。
[0003]牛低密度脂蛋白受体相关蛋白(low density lipoprotein receptor
‑
related prot ein 5，LRP5)基因位于29号染色体上，全长124489bp，包括23个外显子和22个内含子，编码1629个氨基酸。LRP5是Wnt
‑
β
‑
catenin信号通路上的由多个氨基酸组成的跨膜受体，它被称为共受体，因为它与另一个受体蛋白Frizzled
‑
4(由FZ D4基因产生)一起工作，将化学信号从细胞外传到细胞核。Wnt通路的激活可以调节胚胎和成人的细胞增殖和各种生理活动。Wnt是一种分泌型糖蛋白，在脊椎动物和无脊椎动物中作为配体刺激受体介导的信号转导途径。Wnt/β
‑
catenin通路是最为人所知的Wnt信号通路，尽管该通路可能具有组织特异性或物种特异性修饰因子但是其核心成分在进化过程中是高度保守的，在没有Wnt信号的情况下，细胞质β
‑
catenin被磷酸化并被降解。而Wnt信号通过Frizzled serpentine受体和LRP5共肽的信号传导激活了细胞质磷酸蛋白，从而阻止了β
‑
catenin的降解。随着β
‑
catenin的量增加，它积聚在细胞核中，与特定转录因子相互作用，从而导致靶基因的调节。该通路已知可调节人类的骨代谢，并且Wnt信号传导对细胞增殖、细胞相互粘附、细胞迁移和许多其他细胞活动非常重要，因此LR P5蛋白可能对一些组织的发育和维持中发挥着重要作用。对于LRP5基因的研究还仅限于人类、小鼠和绵羊，且不同物种中基因的遗传效应可能因为各种不尽相同的遗传背景而发生变化，目前还不清楚奶牛中LRP5基因与哪些方面性状相关。

技术实现思路

[0004]本专利技术的目的是克服现有技术的上述不足，提供一种检测奶牛LRP5基因SNP位点的试剂及其应用。
[0005]本专利技术的第一个目的是提供检测奶牛基因组中SNP位点的试剂在鉴别奶牛乳品质相关的性状中的应用。
[0006]本专利技术的第二个目的是提供一种检测奶牛基因组中SNP位点的PCR试剂。
Marker；1～2泳道为LRP5基因PCR扩增产物。
[0031]图2为LRP5基因上3个SNP位点的基因型峰图。
[0032]图3为LRP5基因I4
‑
90 C>T位点三种基因型的测序图谱。其中Ⅰ～Ⅲ基因型分别为CC、TT和CT基因型的个体。
[0033]图4为LRP5基因I4
‑
229 C>A位点两种基因型的测序图谱。其中Ⅰ～II基因型分别为CC和CA基因型的个体。
[0034]图5为LRP5基因I4
‑
570 A>G位点三种基因型的测序图谱。其中Ⅰ～Ⅲ基因型分别为AA、GG、GA基因型的个体。
具体实施方式
[0035]下面结合说明书附图及具体实施例对本专利技术作出进一步地详细阐述，所述实施例只用于解释本专利技术，并非用于限定本专利技术的范围。下述实施例中所使用的试验方法如无特殊说明，均为常规方法；所使用的材料、试剂等，如无特殊说明，为可从商业途径得到的试剂和材料。
[0036]实施例1
[0037]一、实验方法
[0038]1、选用黑龙江省牛场不同批次的中国荷斯坦奶牛98只，这些奶牛具备连续3年完整的DHI跟踪数据。在每头牛颈静脉取血10mL，经过抗凝剂处理之后放进低温冰箱(
‑
80℃)保存。
[0039]2、采用血液DNA提取试剂盒提取奶牛血液DNA，浓度分析仪检测DNA浓度和纯度。所提取DNA于
‑
20℃保存备用。
[0040]3、引物的设计
[0041]通过查阅Ensembl数据库中公布的牛LRP5基因序列(ENSBTAT00000007756.5)，利用Primer Premier(5.0)软件设计引物。
[0042]上游引物序列(SEQ ID NO：1)为：5
’‑
CGGAGCGACAGCCTTATTG
‑3’
；
[0043]下游引物序列(SEQ ID NO：2)为：5
’‑
GAACTGACACTCCTGGCATCTC
‑3’
。
[0044]4、构建混池DNA
[0045]DNA混池(DNA pooling)是将全部样品的奶牛个体的DNA按照体积比1：1混合后再进行PCR扩增，DNA混池与测序技术相结合，不仅能够大大降低寻找突变位点的试验成本，同时还能满足准确率高、重复性好的要求。
[0046]5、PCR扩增及其检测
[0047]以中国荷斯坦奶牛个体DNA混池样品为待测DNA进行PCR扩增。
[0048]PCR扩增程序为：95℃预变性5min；95℃，30s；60℃，30s；72℃，1min，经过32个循环后；72℃延伸5min。
[0049]PCR扩增产物经1.5％琼脂糖凝胶电泳检测验证。
[0050]PCR扩增体系总体积为20μL，见表1。
[0051]表1PCR反应体系
[0052][0053][0054]二、实验结果
[0055]如图1所示，以1.5％的琼脂糖凝胶电泳检测LPR5基因的扩增产物，其核苷酸序列如SEQ ID NO：3所示，大小为707bp，结果显示PCR产物大小与预期片段大小一致。
[0056]实施例2基因分型和遗传特性分析
[0057]一、实验方法
[0058]将实施例1的PCR扩增产物测序，利用SeqMan软件进行序列对比，分别记录每一个中国荷斯坦奶牛个体的基因型，计算出该中国荷斯坦奶牛群体各等位基因的群体遗传特性。
[0059]二、实验结果
[0060]1、测序结果
[0061]中国荷斯坦奶牛LRP5基因第四内含子存在3个SNP位点，分别为I4
...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.检测奶牛基因组中SNP位点的试剂在鉴别奶牛乳品质相关的性状中的应用，其特征在于，所述SNP位点位于NC_037356.1:45856034，即ARS
‑
UCD1.2版牛基因组的第29染色体的第45856034位，所述奶牛为中国荷斯坦奶牛。2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述乳品质相关的性状为尿氮素含量。3.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述试剂为引物。4.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，所述引物的核苷酸序列如SEQ ID NO：1和2所示。5.一种检测奶牛基因组中SNP位点的PCR试剂，其特征在于，所述PCR试剂中包括核苷酸序列如SEQ ID NO：1和2所示的引物。6.权利要求5所述的PC...

【专利技术属性】
技术研发人员：姜平，赵志辉，于海滨，李嘉灵，王君瑜，
申请(专利权)人：广东海洋大学，
类型：发明
国别省市：