IFITM1基因与猪间性病相关的SNP分子标记、引物及应用制造技术

本发明专利技术涉及猪选择育种技术领域，尤其涉及一种IFITM1基因与猪间性病相关的SNP分子标记、引物及应用。该分子标记的核苷酸序列为SEQ ID NO:1，所述SNP分子标记的核苷酸序列中第32个碱基Y处为多态位点；在该多态位点处，基因型为TT和TC的个体表现为间性病特征，基因型为CC的个体无间性病特征；所述SNP分子标记位于猪2号染色体的IFITM1基因中第2个外显子。该SNP分子标记与猪间性病性状密切相关，通过本发明专利技术公开的引物检测SNP位点，能对携带致病基因的个体进行筛选，用于种猪育种选择，预防猪间性病的传播。的传播。的传播。

【技术实现步骤摘要】
5group A member 1，NR5A1；又称类固醇合成因子1，steroidogenic factor
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1，SF1)基因c.274C>T(p.Arg92Trp)的杂合突变导致SF1抑制雌性分化过程中关键分子的功能，如β
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catenin和核受体亚家族0组B成员1基因(Nuclear receptor subfamily 0group B member 1，NR0B1)由于错义突变引起人类46,XX
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OT/T
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DSD。在46,XX
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T
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DSD(SRY
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)患者中，发现了腺肌肉瘤相关基因1(Wilms tumor associated gene 1，WT1)的一个杂合移码突变位点，通过建立晶体学模型进行分析，发现该突变为有害突变，导致WT1蛋白第四锌指区(The fourth zinc finger，ZF4)失活。随后，Eozenou等进一步在WT1基因发现了5个杂合突变，它们分别是p.Ser478Thrfs*17、p.Pro481Leufs*15、p.Lys491Glu、p.Arg495Gln和p.Arg495Gly。这些突变能使睾丸支持细胞相关的转录因子在人类卵巢细胞中上调表达，而且WT1Arg495Gly/Arg495Gly的雌性小鼠启动XX个体睾丸形成，是导致46,XX
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OT/T
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DSD的原因。在研究猪XX
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OT/T
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DSD(SRY
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)方面，Rousseau等发现在XX
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DSD猪中，包含9个SNP的单倍型频率升高，与XX
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DSD猪相关最显著的是位于SOX9下游约148kb的SNP rs81341093(M1GA0024789)。但在随后在的研究中，却发现这个位点与猪XX
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OT/T
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DSD并没有关联性。因此，与猪XX
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OT/T
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DSD紧密相关的SNP标记有待进一步挖掘。
[0005]前人研究表明，干扰素诱导跨膜蛋白家族(Interferon
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inducibletransmem braneprotein families，IFITMs)在抑制细胞增殖、促进同型细胞粘附和介导生殖细胞发育等方面发挥着重要作用。性腺由生殖细胞和体细胞共同形成，外胚层的原始生殖细胞通过主动迁移至由中胚层分化的性腺中，共同组成生殖嵴。原始生殖细胞属于生殖细胞谱系，其迁移对自身生存和分化起到重要的作用，原始生殖细胞迁移的缺陷可能导致不育。其中，扰素诱导的跨膜蛋白1基因(Interferon
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inducible transmembrane protein
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1，IFITM1)具有抗增殖与促进同类型细胞粘附的作用，在胚胎发育时期能够表达能够促进器官的发育。在斑马鱼和大鼠中，IFITM最初在原肠发育和早期器官发生过程中表现出动态的时空表达模式。IFITM1在近端上胚层的表达，表达于外胚层、中胚层和原始生殖细胞，随后IFITM1只在中胚层旁表达，而不在原始生殖细胞中表达，说明小鼠IFITM1是原始生殖细胞从中胚层向内胚层迁移所必要的，在器官发生过程中起着重要作用。此外，IFITM1基因作为WNT/β
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catenin信号通路的下游靶点，IFITM1干扰能造成胚胎畸形。但目前尚未有IFITM1基因与猪间性病相关研究的报道。有鉴于此，本专利技术对IFITM1基因展开研究，提供一种IFITM1基因的与猪间性病相关的分子标记及其引物。

技术实现思路

[0006]本专利技术的目的在于提供一种IFITM1基因与猪间性病相关的SNP分子标记、引物及应用，该SNP分子标记与猪间性病性状密切相关，通过本专利技术公开的引物检测SNP位点，能对携带致病基因的个体进行筛选，用于种猪育种选择，预防猪间性病的传播。
[0007]为达此目的，本专利技术采用以下技术方案：
[0008]一种IFITM1基因与猪间性病相关的SNP分子标记，该分子标记的核苷酸序列为SEQ ID NO:1，所述SNP分子标记的核苷酸序列中第32个碱基Y处为多态位点；在该多态位点处，基因型为TT和TC的个体表现为间性病特征，基因型为CC的个体无间性病特征；所述SNP分子标记位于猪2号染色体的IFITM1基因中第2个外显子。
[0009]具体的，IFITM1基因与猪间性病相关的SNP分子标记的核苷酸序列SEQ ID NO:1
为：GCGAGGGACCGGAAGATGGTGGGAGACATCAY(T/C)TGGGGCCCAGAGCTATGCCTCCACCGCCAAGTGCCTGAACATCTGGGCTCTGATCCTGGGCCTCATTCTGACCATCGGAGCCACTGTTCTTCTGGTGTTTGTATACATAACAGCCTACCATATGTTAGAGCGCGCAAAGAGTAACAGAGGCTACTAG。
[0010]根据本专利技术的是实施例，在SNP分子标记的多态位点处，基因型TT和TC的个体表现为间性病特征；在SNP分子标记的多态位点处的基因型为CC的个体性别发育正常，因此，该SNP分子标记与38,XX
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DSD猪的发生密切关联。具体的，该SNP分子标记的多态位点，突变导致碱基C突变为碱基T，即极性氨基酸苏氨酸(Thr)变成非极性氨基酸异亮氨酸(IIe)，则错义突变导致猪群发生异常。在种猪选育工作中，剔除该SNP分子标记基因型为TT和TC的个体，预防种猪群中间性病的发生。因此，IFITM1基因与猪间性病相关的SNP分子标记用于种猪选育，具有早期筛选、节省时间、成本低廉、准确性高的优点。
[0011]本专利技术还提供一种IFITM1基因与猪间性病相关的SNP分子标记的引物，该引物用于扩增上述的IFITM1基因与猪间性病相关的SNP分子标记，该引物包括上游引物和下游引物：
[0012]上游引物F1：5
’‑
TCACCCTTGGGACTCAGACC
‑3’
，
[0013]下游引物R1：5
’‑
AGTGTGGATGGTGGGGGAC
‑3’
。
[0014]根据本专利技术的实施例，利用上述引物对待测种猪的DNA进行PCR扩增，扩增出目的SNP分子标记片段，通过凝胶电泳检验是否成功扩增。若成功则送去进行Sanger测序，根据测序结果判断突变位点的基因型，有效确定该种猪是否携带致病基因。由此，用于检测上述SNP分子标记的引物对，能够有效用于种猪早期筛选即种猪选育，进而能够辅助早期实现短时间、低成本、高准确性地筛选种猪优良品种。
[0015]本专利技术提供的技术方案可以包括以下有益效果：
[0016]本专利技术利用高通量10
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Genomics(60
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【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种IFITM1基因与猪间性病相关的SNP分子标记，其特征在于，该分子标记的核苷酸序列为SEQ ID NO:1，所述SNP分子标记的核苷酸序列中第32个碱基Y处为多态位点；在该多态位点处，基因型为TT和TC的个体表现为间性病特征，基因型为CC的个体无间性病特征；所述SNP分子标记位于猪2号染色体的IFITM1基因中第2个外显子。2.权利要求1所述的IFITM1基因与猪间性病相关的SNP分子标记用于种猪选育。3.一种IFITM1基因与猪间性病相关的SNP分子标记的...

【专利技术属性】
技术研发人员：李华，于聪颖，吴金华，钟秉洲，赵海全，于海一，裴杨莉，
申请(专利权)人：佛山科学技术学院，
类型：发明
国别省市：