一种肿瘤标志物的筛选系统和方法技术方案

本发明专利技术公开了一种基于cfDNA和ATAC

【技术实现步骤摘要】
一种肿瘤标志物的筛选系统和方法


[0001]本专利技术涉及生物医学
，具体涉及一种肿瘤标志物的筛选系统和方法。

技术介绍

[0002]在精准医学的时代背景下，液体活检技术应运而生，液体活检可以反映出肿瘤的基因组全貌，在减小肿瘤异质性对诊断造成偏差的同时，也能及时地反应肿瘤发展的动态变化。细胞游离DNA(cell free DNA，cfDNA)是最常用的液体活检分析物。cfDNA是来源于细胞凋亡和坏死，游离于细胞外的DNA片段。其中有来自正常细胞的DNA，也有来自肿瘤细胞的DNA(ctDNA)。目前常用的技术手段是通过检测cfDNA中的特定基因突变或者甲基化特征来表征ctDNA丰度，监测肿瘤的信号，该类型检测依赖于深度靶向测序，克隆造血引起的高频率改变可能会混淆这些结果，导致假阳性出现。
[0003]cfDNA可用于更好地鉴定肿瘤信号，研究者通过全基因组测序技术，发现肿瘤患者的片段大小分布与健康人有着明显的差异，凋亡细胞中不被核小体结合的DNA片段
‑
染色质开放区间，释放到血液中后，由于缺少核小体保护，更容易被核酸本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种基于cfDNA和ATAC
‑
seq的肿瘤标志物的筛选系统，其特征在于，所述的筛选系统包括肿瘤组织处理模块、染色质开放区间捕获模块、靶点筛选模块、靶点确认和验证模块，所述的靶点筛选模块包括：S1、使用软件将序列片段比对到参考基因组上；S2、将S1对比得到的结果使用samtools进行过滤和排序；S3、找出ATAC数据的峰值分布；S4、将筛选得到的特异性峰值与健康人群体中特异性的峰值，进行差异峰值分析，筛选得到肿瘤特异性染色质开放区间；S5、分析得到在群体中共有的峰值，作为靶点。2.根据权利要求1所述的筛选系统，其特征在于，所述的肿瘤组织处理模块包括单细胞悬液的制备和不同群体的细胞分选；所述的上皮细胞分选选用可特异性识别CD326抗体；免疫细胞分选选用特异性识别CD45抗体；成纤维细胞选用可特异性识别PDPN抗体或者PDGFRA抗体；内皮细胞分选选用特异性识别CD31抗体。3.根据权利要求1所述的筛选系统，其特征在于，所述的染色质开放区间捕获模块包括使用ATAC
‑
seq建库技术对染色质开放区间进行捕获，所述的ATAC
‑
seq建库技术包括：(1)将权利要求2中所述的分选后的细胞离心，弃上清；(2)进行Tn5打断；(3)片段化产物纯化；(4)PCR扩增，纯化，测序；步骤(2)中所述的Tn5打断体系包括Tn5酶、牛血清白蛋白、毛地黄皂苷、吐温、乙基苯基聚乙二醇、二甲基甲酰胺和细胞。4.根据权利要求3所述的筛选系统，其特征在于，所述的Tn5打断体系中细胞的浓度为60
‑
1000个/μL。5.根据权利要求3所述的筛选系统，其特征在于，所述的Tn5打断体系中Tn5酶的体积比为0.05
‑
2。6.根据权利要求3所述的筛选系统，其特征在于，所述的Tn5打断体系中毛地黄皂苷的终浓度为0.005

【专利技术属性】
技术研发人员：蓝勋，王莉惠，
申请(专利权)人：人科北京生物技术有限公司，
类型：发明
国别省市：