一种侧柏DNA条形码及其在亲缘关系鉴定中的方法与应用技术

本发明专利技术涉及一种侧柏DNA条形码及其在亲缘关系鉴定中的方法与应用，涉及生物技术领域。所述DNA条形码为核苷酸序列SEQ ID NO.1所示的侧柏trnS

【技术实现步骤摘要】
一种侧柏DNA条形码及其在亲缘关系鉴定中的方法与应用


[0001]本专利技术属于分子生物
，具体涉及一种侧柏DNA条形码的引物组合及其检测方法与应用。

技术介绍

[0002]侧柏(Platycladusorientalis(L.)Franco)是柏科侧柏属常绿针叶乔木，分布于我国东北、华北、西北、华中、东南、西南等20余个省(区、市)，种质资源丰富。侧柏抗旱耐瘠薄、适应性强，是重要的生态抗逆树种。侧柏材质细密，可制作器具、家具等，侧柏种子和鳞叶可入药，侧柏挥发性次生代谢物是重要的香料成分，具有重要的经济和社会价值。
[0003]遗传多样性是指种群内个体之间及种群间遗传变异的总和。遗传多样性分析有助于有效评价、保护侧柏种质资源并建立合理的评价体系，进而为侧柏种质资源创新利用提供科学依据。随着科技进步与发展，植物遗传多样性的检测手段得到了提高和改进，继形态标记、细胞学标记、生化标记后，DNA分子标记能够反映植物基因组DNA序列的变异，可以直接检验DNA水平上的差异，已经广泛用于植物遗传多样性研究。DNA条形码技术是用生物体DNA中的一段保守片段对物种进行快速定位、准确鉴定的技术，具有操作简便、准确性高等特点，在遗传多样性分析、系统发育、种质鉴定等方面应用广泛。
[0004]现有技术中目前在侧柏方面的分子标记开发还较少，并未记载有针对侧柏的DNA条形码及叶绿体DNA引物用于鉴定侧柏种质资源，无法满足当前侧柏遗传学研究和遗传改良研究中的科研需求。

技术实现思路

[0005]本专利技术所要解决的技术问题是提供一种用于侧柏属植物遗传多样性分析、亲缘关系鉴定等遗传分析的DNA条形码、叶绿体DNA引物及其应用。所要解决的技术问题不限于所描述的技术主题，本领域技术人员通过以下描述可以清楚地理解本文未提及的其它技术主题。
[0006]为解决上述技术问题，本专利技术提供了以下技术方案：
[0007]本专利技术提供了一种用于侧柏遗传多样性分析、亲缘关系鉴定等遗传分析的引物对组合物，由引物对甲、引物对乙和引物对丙组成；
[0008]引物对甲为特异结合侧柏的叶绿体基因组trnS
‑
trnGspacer+intron的一对引物，所述trnS
‑
trnGspacer+intron是一条链的核苷酸序列是SEQ ID NO.1的双链DNA片段；
[0009]引物对乙为特异结合侧柏的叶绿体基因组trnT
‑5′
trnL的一对引物，所述trnT
‑5′
trnL是一条链的核苷酸序列是SEQ ID NO.2的双链DNA片段；
[0010]引物对丙为特异结合侧柏的叶绿体基因组RbcL的一对引物，所述RbcL是一条链的核苷酸序列是SEQ ID NO.3的双链DNA片段。
[0011]具体而言，所述引物对甲是由SEQ ID No.4和SEQ ID No.5所示的两条单链DNA组成的引物对；所述引物对乙是由SEQ ID No.7和SEQ ID No.8所示的两条单链DNA组成的引
物对；所述引物对丙是由SEQ ID No.9和SEQ ID No.10所示的两条单链DNA组成的引物对。
[0012]使用前述引物对组合物进行PCR扩增时，所述PCR扩增程序为：95℃预变性5min，1个循环；95℃变性60s，60
‑
50℃降落退火60s，72℃延伸90s，10个循环；95℃变性60s，60
‑
50℃降落退火60s，72℃延伸90s，25个循环；最终72℃延伸10min。
[0013]所述PCR扩增反应体系为50μL，包括10
×
Buffer5μL，2.5mMdNTP4μL，正向引物0.75μL(20μM)，反向引物0.75μL(20μM)，模板DNA2.5μL，ExTaq酶0.5Μl，ddH2O36.5μL。
[0014]其中，扩增trnS
‑
trnGspacer+intron序列的正反引物如SEQ ID NO.4和SEQ ID NO.5所示，测序时还需要如SEQ ID NO.6所示的加测引物。扩增trnT
‑5′
trnL序列的正反引物如SEQ ID NO.7和SEQ ID NO.8所示，测序时无需加测引物。扩增RbcL序列的正反引物如SEQ ID NO.9和SEQ ID NO.10所示，特别的，测序时还需要如SEQ ID NO.11所示的加测引物。
[0015]本专利技术还提供了一种用于鉴别侧柏的产品，其包括前述引物对组合物。
[0016]上述产品可为试剂或试剂盒，还可为由试剂或试剂盒与仪器组成的系统，如由上述用于鉴定侧柏多样性或亲缘关系的引物对组合物和下述至少一种试剂和/或仪器组成的系统：进行PCR扩增所需的其它试剂、进行凝胶电泳所需的试剂、PCR仪、电泳仪、凝胶成像系统和照相机。
[0017]上述试剂盒的制备方法也属于本专利技术的保护范围。所述试剂盒的制备方法包括将前述引物分别单独包装的步骤。
[0018]当进行PCR时，SEQ ID No.4所示单链DNA和SEQ ID No.5所示单链DNA的摩尔比、SEQ ID No.7所示单链DNA和SEQ ID No.8所示单链DNA的摩尔比、SEQ IDNo.9所示单链DNA和SEQ ID No.10所示单链DNA的摩尔比均为1:1。
[0019]本专利技术还提供了前述的引物组对合物或产品的如下任一种应用：
[0020]m1)侧柏属植物亲缘关系鉴定和/或分类；
[0021]m2)侧柏属植物遗传多样性分析和/或遗传结构分析；
[0022]m3)侧柏属植物分子标记辅助育种；
[0023]m4)侧柏属植物种质资源保护与利用；
[0024]m5)制备侧柏属植物亲缘关系鉴定和/或分类的产品；
[0025]m6)制备侧柏属植物遗传多样性分析和/或遗传结构分析的产品；
[0026]m7)制备侧柏属植物分子标记辅助育种的产品；
[0027]m8)制备侧柏属植物种质资源保护与利用的产品。
[0028]本专利技术还提供了一种鉴别或辅助鉴别侧柏品种资源的方法，包括如下步骤：以前述引物对扩增检测待测侧柏样品，拼接后得到待测样品的叶绿体基因间区序列，根据遗传距离对待检测样品的叶绿体基因间区序列进行聚类分析，若任意两个待测样品的叶绿体基因间区序列遗传距离为0，则两个待测样品为同一品种或种质或候选为同一品种或种质，若任意两个待测侧柏样品的叶绿体基因间区序列遗传距离不为0，该两个待测侧柏样品不为同一品种或种质或候选为非同一品种或种质。
[0029]具体而言，所述引物对扩增检测待测侧柏样品，拼接后得到待测侧柏样品的叶绿体基因间区序列具体包括如下步骤：
[0030]1)用前述SEQ ID No.4和SEQ ID No.5组成的引物对、SEQ ID No.7和SEQ ID No.8
组成的引物对、SEQ ID N本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
DnaSPver6软件分析遗传多样性参数，完成侧柏遗传多样性分析。8.一种侧柏居群间遗传关系分析的方法，包括如下步骤：1)采用权利要求1所述的引物对组合物对各待测侧柏的基因组DNA进行PCR扩增并测序，获得叶绿体DNA间区的完整序列；2)将各待测侧柏的上述叶绿体DNA...

【专利技术属性】
技术研发人员：刘国彬，时朝，滕慧颖，廖婷，郭丽琴，王烨，曹均，
申请(专利权)人：北京市农林科学院，
类型：发明
国别省市：