分子标记组合在检测西瓜品种制造技术

本发明专利技术公开了分子标记组合在检测西瓜品种

【技术实现步骤摘要】
分子标记组合在检测西瓜品种
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苏蜜518
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种子纯度中的应用


[0001]本专利技术涉及KASP分子标记的应用，特别涉及一种分子标记组合在检测西瓜品种
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种子纯度中的应用。

技术介绍

[0002]西瓜是种植效益较高的园艺作物。西瓜品种
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是由江苏省农业科学院蔬菜研究所自主选育的早熟高品质西瓜杂交种，2020年通过国家非主要农作物品种登记(GPD西瓜(2020)320450)。果实圆形，果皮底色浅绿色，覆深绿色条带，果皮厚约1.0cm，瓤红色，中心可溶性固形物含量12.0％～13.2％，质地细嫩，风味浓，品质佳。耐低温弱光，适宜长江中下游地区春季大棚种植。获评2021年浙江瓜菜博览会“推介品种”，入选江苏省蔬菜主推品种。
[0003]高质量种子是实现优良品种增产增效潜力的基础条件。种子纯度是判定种子质量的关键指标之一。西瓜在杂交制种过程中常常会混入母本自交种子或机械混杂其它种子。传统的种子纯度田间鉴定法存在耗时长、工作量大、成本高昂且易受天气影响等缺点。SNP标记具有共显性、二等位基因变异、易实现高通量检测等特征，被认为是最适宜用于种子纯度检测的标记之一。
[0004]KASP(kompetitive allele
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specific PCR)是指竞争性等位基因特异性PCR，是一种基于荧光检测的基因分型技术，能够在复杂的基因组DNA样品中对特定位点上的SNPs和插入缺失(insertion
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deletions，InDels)序列进行精准的双等位基因检测，在农作物的种质资源鉴定、分子标记辅助育种、基因定位和种子纯度鉴定等遗传育种中有广泛的应用。

技术实现思路

[0005]本专利技术所要解决的一个技术问题是如何检测
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西瓜种子纯度。
[0006]为了解决上述技术问题，本专利技术提供了检测西瓜基因组中SNP51801的多态性或基因型(即等位基因)的组合物1和检测西瓜基因组中SNP51802的多态性或基因型(即等位基因)的组合物2在检测西瓜品种
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种子纯度中的应用；
[0007]所述SNP51801是西瓜基因组中的一个SNP位点，其核苷酸种类为G或A，为SEQ ID No.1第299位核苷酸；所述组合物1包含扩增包括所述SNP51801位点在内的西瓜基因组DNA片段的PCR引物1；
[0008]所述SNP51802是西瓜基因组中的一个SNP位点，其核苷酸种类为T或C，为SEQ ID No.2第180位核苷酸；所述组合物2包含扩增包括所述SNP51802位点在内的西瓜基因组DNA片段的PCR引物2。
[0009]上述应用中，所述PCR引物1为P1或P2：
[0010]P1、所述PCR引物1为由核苷酸序列是SEQ ID No.3的第22
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49位单链DNA、核苷酸序列是SEQ ID No.4的第22
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49位的单链DNA和核苷酸序列是SEQ ID No.5的的单链DNA组成的引物组；
[0011]P2、所述PCR引物1为由核苷酸序列是SEQ ID No.3的单链DNA、核苷酸序列是SEQ ID No.4的单链DNA和核苷酸序列是SEQ ID No.5的单链DNA组成的引物组。
[0012]上述应用中，所述PCR引物2为Q1或Q2：
[0013]Q1、所述PCR引物2为由核苷酸序列是SEQ ID No.6的第22
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46位单链DNA、核苷酸序列是SEQ ID No.7的第22
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46位的单链DNA和核苷酸序列是SEQ ID No.8的的单链DNA组成的引物组；
[0014]Q2、所述PCR引物2为由核苷酸序列是SEQ ID No.6的单链DNA、核苷酸序列是SEQ ID No.7的单链DNA和核苷酸序列是SEQ ID No.8的单链DNA组成的引物组。
[0015]上述应用中，所述组合物1可为通过下述至少一种方法确定SNP51801的多态性或基因型所需的试剂和/或仪器：DNA测序、限制性酶切片段长度多态性、单链构象多态性、变性高效液相色谱和SNP芯片。其中，SNP芯片包括基于核酸杂交反应的芯片、基于单碱基延伸反应的芯片、基于等位基因特异性引物延伸反应的芯片、基于“一步法”反应的芯片、基于引物连接反应的芯片、基于限制性内切酶反应的芯片、基于蛋白DNA结合反应的芯片，及基于荧光分子DNA结合反应的芯片。
[0016]上述应用中，所述组合物1为如下D1)、D2)或D3)：
[0017]D1)含有扩增包括所述SNP51801位点在内的西瓜基因组DNA片段的PCR引物1；
[0018]D2)含有D1)所述PCR引物1的PCR试剂；
[0019]D3)含有D1)所述PCR引物1或D2)所述PCR试剂的试剂盒。
[0020]上述应用中，所述组合物2可为通过下述至少一种方法确定SNP51802的多态性或基因型所需的试剂和/或仪器：DNA测序、限制性酶切片段长度多态性、单链构象多态性、变性高效液相色谱和SNP芯片。其中，SNP芯片包括基于核酸杂交反应的芯片、基于单碱基延伸反应的芯片、基于等位基因特异性引物延伸反应的芯片、基于“一步法”反应的芯片、基于引物连接反应的芯片、基于限制性内切酶反应的芯片、基于蛋白DNA结合反应的芯片，及基于荧光分子DNA结合反应的芯片。
[0021]上述应用中，所述组合物2为如下E1)、E2)或E3)：
[0022]E1)含有扩增包括所述SNP51802位点在内的西瓜基因组DNA片段的PCR引物2；
[0023]E2)含有E1)所述PCR引物2的PCR试剂；
[0024]E3)含有E1)所述PCR引物2或E2)所述PCR试剂的试剂盒。
[0025]上述应用中，所述PCR引物1或所述PCR引物2可被标记物标记。所述标记物指可用于提供可检测的效果且可以连接至核酸的任何原子或分子。标记物包括但不限于染料；放射性标记，诸如
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P；结合部分，诸如生物素(biotin)；半抗原，诸如地高辛(DIG)；发光、发磷光或发荧光部分；和单独的荧光染料或与可以通过荧光共振能量转移(FRET)抑制或移动发射光谱的部分组合的荧光染料。标记可以提供可通过荧光、放射性、比色、重量测定、X射线衍射或吸收、磁性、酶活性等检测的信号。标记可以是带电荷的部分(正电荷或负电荷)或可选地，可以是电荷中性的。标记可以包括核酸或蛋白序列或由其组合，只要包含标记的序列是可检测的。在一些实施方案中，核酸在没有标记的情况下直接检测(例如，直接读取序列)。如所述PCR引物1可为由核苷酸序列是SEQ ID No.3的单链DNA、核苷酸序列是SEQ ID No.4的单链DNA和本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.检测西瓜基因组中SNP51801的多态性或基因型的组合物1和检测西瓜基因组中SNP51802的多态性或基因型的组合物2在检测西瓜品种
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种子纯度中的应用；所述SNP51801是西瓜基因组中的一个SNP位点，其核苷酸种类为G或A，为SEQ ID No.1第299位核苷酸；所述组合物1包含扩增包括所述SNP51801位点在内的西瓜基因组DNA片段的PCR引物1；所述SNP51802是西瓜基因组中的一个SNP位点，其核苷酸种类为T或C，为SEQ ID No.2第180位核苷酸；所述组合物2包含扩增包括所述SNP51802位点在内的西瓜基因组DNA片段的PCR引物2。2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于：所述PCR引物1为P1或P2：P1、所述PCR引物1为由核苷酸序列是SEQ ID No.3的第22
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49位单链DNA、核苷酸序列是SEQ ID No.4的第22
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49位的单链DNA和核苷酸序列是SEQ ID No.5的的单链DNA组成的引物组；P2、所述PCR引物1为由核苷酸序列是SEQ ID No.3的单链DNA、核苷酸序列是SEQ ID No.4的单链DNA和核苷酸序列是SEQ ID No.5的单链DNA组成的引物组。3.根据权利要求1所述的应用，其特...

【专利技术属性】
技术研发人员：徐锦华，刘广，张曼，羊杏平，姚协丰，徐建，侯茜，朱凌丽，娄丽娜，刘金秋，
申请(专利权)人：江苏省农业科学院，
类型：发明
国别省市：