区分肿瘤细胞和非肿瘤细胞的基因集、方法、介质及设备技术

本发明专利技术公开了一种区分肿瘤细胞和非肿瘤细胞的基因集、方法、介质及设备，涉及生物信息技术领域。根据基因在肿瘤细胞和非肿瘤细胞中的基因表达量的差异，将肿瘤细胞中显著表达的基因进行筛选过滤，得到目标基因集，可以用于区分肿瘤细胞和非肿瘤细胞；利用目标基因集对待测细胞进行鉴定，得到鉴定分数，群体细胞为与待测细胞属于同一组织的多个细胞，依据群体细胞的鉴定分数获得分界值，若鉴定分数大于分界值则为肿瘤细胞，若鉴定分数不大于分界值则为非肿瘤细胞，可以有效区分肿瘤细胞和非肿瘤细胞。细胞。细胞。

【技术实现步骤摘要】
区分肿瘤细胞和非肿瘤细胞的基因集、方法、介质及设备


[0001]本专利技术涉及生物信息
，尤其涉及一种区分肿瘤细胞和非肿瘤细胞的基因集、方法、介质及设备。

技术介绍

[0002]单细胞转录组研究是近年来迅速发展的领域，它在理解细胞多样性、发育过程、疾病机制等方面具有重要意义。而且随着测序技术的改进和成本的降低，现在可以对数千甚至数万个单个细胞的转录组进行测序，从而获取更准确和全面的单细胞表达信息。
[0003]由于肿瘤细胞具有高度的异质性，常规转录组无法获得异质性信息。单细胞转录组可以帮助揭示肿瘤细胞的异质性和潜在的亚群，且通过对单个肿瘤细胞进行转录组测序，可以识别和定义不同亚群的肿瘤细胞，通过研究它们可以了解肿瘤发生发展的进程以及治疗抵抗中的作用等。此外，单细胞转录组还可以帮助研究肿瘤细胞与其周围细胞（如免疫细胞、血管内皮细胞等）之间的相互作用。
[0004]然而，很多肿瘤细胞是由一些特定组织的某一类细胞癌变而来（比如肺癌细胞起源于肺组织中的上皮细胞，肝癌起源于肝组织中的肝细胞），在细胞鉴定时，通过常规的特征基因表达方式本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种用于区分肿瘤细胞和非肿瘤细胞的目标基因集的获取方法，其特征在于，包括：获取人类基因在肿瘤细胞和非肿瘤细胞中的基因表达量；对肿瘤细胞和非肿瘤细胞中的基因表达量进行差异统计分析，并对分析结果进行Bonferroni校正，得到差异倍数和校正P值，其中，所述差异倍数是同一基因在肿瘤细胞与非肿瘤细胞中的基因表达量的比值；将满足所述差异倍数大于第一预设阈值，且所述校正P值小于第二预设阈值的基因筛选出来，作为候选目标基因集，其中，所述第一预设阈值大于等于2，第二预设阈值小于等于0.05；对所述候选目标基因集进行进一步过滤，去除在所有细胞中表达占比小于等于第三预设阈值的基因，得到目标基因集，其中，所述第三预设阈值小于等于10%。2.根据权利要求1所述的用于区分肿瘤细胞和非肿瘤细胞的目标基因集的获取方法，其特征在于，筛选基因得到候选目标基因集的条件还包括：在不同的所述肿瘤细胞中的基因表达量的平均值大于等于第四预设阈值，其中，所述第四预设阈值大于等于10。3.根据权利要求1或2所述的用于区分肿瘤细胞和非肿瘤细胞的目标基因集的获取方法，其特征在于，得到目标基因集的过滤条件还包括：去除在所有细胞中表达占比大于等于第五预设阈值的基因，其中，所述第五预设阈值大于等于50%。4.一种利用权利要求1所述的用于区分肿瘤细胞和非肿瘤细胞的目标基因集的获取方法获得的目标基因集。5.一种用于区分肿瘤细胞和非肿瘤细胞的目标基因集，其特征在于，包含25个基因，分别为GEPIA2、KRT6A、KRT5、KRT17、KRT16、S100A2、KRT6B、CALML3、SPRR1B、GPX2、TP63、MIR205HG、TMPRSS4、KRT14、TRIM29、KRT15、PKP1、SLC2A1、SPP1、UBE2C、DSP、KRT13、CLDN1、AKR1C2、PERP。6.一种利用权利要求4或5所述的目标基因集区分肿...

【专利技术属性】
技术研发人员：葛长利，陈哲名，韩斐然，
申请(专利权)人：杭州联川生物技术股份有限公司，
类型：发明
国别省市：