与花鲈生长性状相关的SNP标记引物对及其应用制造技术

本发明专利技术公开了一种与花鲈生长性状相关的SNP标记引物对及其应用。所述SNP标记引物对至少包括用于扩增以下S1至S4位点任一个的引物对：S1位于igf3基因上第2990位，S2位于igf3基因上第3037位，S3位于igf3基因上第3303位，S4位于igf3基因上第3602位。其中，扩增所述S1和S2位点的引物对为：F：AACAGGTGGTCATAAGTGG；R：GGTCTGGTTACGGTGC。扩增所述S3和S4位点的引物对为：F：CATGTCTGTACCCAAAACAC；R：AATGCATCTCATGGTTACTCC。本发明专利技术大大降低花鲈亲本筛选的盲目性，可以快速获得生长速度快的花鲈个体，同时淘汰掉生长速度慢的花鲈个体。同时淘汰掉生长速度慢的花鲈个体。同时淘汰掉生长速度慢的花鲈个体。

【技术实现步骤摘要】
与花鲈生长性状相关的SNP标记引物对及其应用


[0001]本专利技术涉及花鲈SNP标记及其应用，具体涉及与花鲈生长性状相关的SNP标记引物对及其应用。

技术介绍

[0002]花鲈(Lateolabrax maculatus)隶属于鲈形目(Perciformes)鮨科(Serranidae)花鲈属(Lateolabrax)，是我国产量位居前列的海水养殖经济鱼类。我国花鲈人工养殖过程中，由于长期近亲繁殖，导致群体遗传多样性显著降低，种质退化严重，对我国花鲈主养区养殖产业形成严峻挑战。
[0003]由于花鲈从幼鱼到性成熟需要3
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4年，采用传统选择育种技术需要10年以上才能取得显著遗传进展，而结合现代基因组学信息、分子标记辅助选育、多性状复合选育等技术，可提高育种进程和育种效率。
[0004]单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，SNP)主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性，其具有覆盖率高，易于基因分型等优点，目前已被广泛应用。将遗传标记与生长性状相关联，从而实现在DNA水平上进行育种，可实现在早期鉴定出具有优良性状的个体，筛选出优良的后备亲本，缩短育种周期，加快育种进程。
[0005]胰岛素样生长因子3(insulin
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like growth factor 3,igf3)是一种新型生长因子，胰岛素样生长因子(insulin
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like growth factor,IGFs)家族是一类具有促进生长作用的多肽物质，已被证明在生物体各种生理过程中具有重要的作用，且参与调控细胞的存活、分化、迁移以及细胞增殖的过程。IGFs家族通过内分泌、旁分泌或自分泌机制介导垂体生长激素(GH)的生长促进作用。igf3基因为硬骨鱼类所特有。在整个胚胎发育过程中都可以检测到igf3基因的表达，igf3基因在鱼类胚胎体轴发育过程中发挥重要作用。研究显示，igf3同其同源基因igf1和igf2一样，均由igf1受体(igf
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1R)识别，进而调控下游通路基因，调控生物体生长发育过程。

技术实现思路

[0006]本专利技术的目的在于提供一种与花鲈生长性状相关的SNP标记及其应用，该分子标记可作为花鲈生长性状的可靠标记，便于进行早期选择，从而缩短世代间隔，提高选择强度，提高选育效率和准确性。
[0007]本专利技术提供了一种与花鲈生长性状相关的SNP标记引物对。
[0008]具体地，与花鲈生长性状相关的SNP标记引物对，至少包括用于扩增以下S1至S4位点任一个的引物对：
[0009]S1位于igf3基因上第2990位，碱基为C或T；
[0010]S2位于igf3基因上第3037位，碱基为A或G；
[0011]S3位于igf3基因上第3303位，碱基为C或G；
[0012]S4位于igf3基因上第3602位，碱基为G或A。
[0013]各所述SNP位点引物组对应的核苷酸序列为：
[0014]S1和S2位点的引物对：
[0015]F：AACAGGTGGTCATAAGTGG；
[0016]R：GGTCTGGTTACGGTGC。
[0017]S3和S4位点的引物对：
[0018]F：CATGTCTGTACCCAAAACAC；
[0019]R：AATGCATCTCATGGTTACTCC。
[0020]本专利技术的目的之二在于提供包含上述SNP引物对的试剂盒。
[0021]本专利技术的目的之三涉及SNP引物对或试剂盒在判断花鲈生长性状中的应用。
[0022]本专利技术的目的之四提供判断花鲈生长性状的方法。
[0023]专利技术人发现，S1、S2、S3和S4位点在所测群体中存在3种双倍型：CCGGGGCC，CCGAGGCC和CTGGCGCC基因型，分别命名为D1，D2，D3。专利技术人研究发现双倍型D2基因型，即CCGAGGCC基因型个体在体重、体宽、体高、头长四个指标均显著大于其他基因型花鲈个体。进而可以利用本专利技术SNP位点，筛选CCGAGGC基因型的个体，便可快速获得生长速度快的花鲈品种。
[0024]具体地，判断花鲈生长性状的方法，包括以下步骤：
[0025](1)提取花鲈的基因组DNA，
[0026](2)以花鲈的基因组DNA为模板，进行PCR扩增，检测第2990位S1位点、第3037位S2位点、第3303位S3位点和第3602位S4位点的基因型是否为CCGAGGCC；
[0027]PCR扩增使用的引物对如下：
[0028]S1和S2的引物对：
[0029]F：AACAGGTGGTCATAAGTGG；
[0030]R：GGTCTGGTTACGGTGC；
[0031]S3和S4的引物组：
[0032]F：CATGTCTGTACCCAAAACAC；
[0033]R：AATGCATCTCATGGTTACTCC。
[0034]有益效果
[0035](1)本专利技术大大降低花鲈亲本筛选的盲目性，可以快速获得生长速度快的花鲈个体，同时淘汰掉生长速度慢的花鲈个体。
[0036](2)本专利技术筛选快速生长花鲈亲本的方法既保证了检测结果的可靠性，又无需繁琐操作进行测序分析，提高了处理效率和精确性，建立了有效地鉴定具有优良生长性状的亲本。该方法与传统的方法相比，具有目的性强，作用效果直接的优点，且操作简单、检测快速、检测成本低，便于广泛推广使用。
附图说明
[0037]图1为igf3基因结构及SNP位点所在位置。
[0038]图2为体质量的正态分布图。
[0039]图3为花鲈双倍型不同基因型对应生长性状分布图。
具体实施方式
[0040]一、花鲈igf3基因与花鲈生长性状有关联性
[0041]1.材料与方法
[0042]1.1实验材料
[0043]花鲈同批次繁殖群体来自中国水产科学研究院南海水产研究所珠海试验基地。从养殖群体中随机挑选200尾用于生长性状关联分析，分别记录每尾鱼的体重、全长、体长、头高、体高及体宽等生长参数，同时取少量鳍条冻存于
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80℃冰箱中备用。
[0044]1.2总RNA及DNA的提取
[0045]使用Trizol试剂盒提取花鲈肌肉总RNA，使用DNA提取试剂盒(天根公司，北京)提取花鲈鳍条DNA。RNA和DNA的浓度及质量使用酶标仪及1.2％琼脂糖凝胶电泳检测，分别放置于
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80℃/
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20℃保存。花鲈肌肉总RNA的反转录反应参照RNA PCR Kit(AMV)Ver.3.0试剂盒(TaKaRa公司，大连)说明书进行，以反转录产物为模板进行PCR扩增。
[0046]PCR扩增程序：预变性94℃3min；变性94℃30s，退火54℃30s，延伸72℃60s，循环数3本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种与花鲈生长性状相关的SNP标记引物对，其特征是，至少包括用于扩增以下S1至S4位点任一个的引物对：S1位于igf3基因上第2990位，碱基为C或T；S2位于igf3基因上第3037位，碱基为A或G；S3位于igf3基因上第3303位，碱基为C或G；S4位于igf3基因上第3602位，碱基为G或A。2.根据权利要求1所述的与花鲈生长性状相关的SNP标记引物对，其特征是，扩增所述S1和S2位点的引物对为：F：AACAGGTGGTCATAAGTGG；R：GGTCTGGTTACGGTGC；扩增所述S3和S4位点的引物对为：F：CATGTCTGTACCCAAA...

【专利技术属性】
技术研发人员：邱丽华，张博，陶欣，闫路路，王鹏飞，赵超，张博，
申请(专利权)人：中国水产科学研究院南海水产研究所，
类型：发明
国别省市：