一种与奶绵羊抗病力性状相关的SNP位点组合、探针、芯片及其应用制造技术

本发明专利技术涉及一种与奶绵羊抗病力性状相关的SNP位点组合、探针、芯片及其应用，所述SNP位点组合包括822个SNP位点；所述822个SNP位点的物理位置是基于Oar_rambouillet_v1.0参考基因组比对确定的；所述SNP位点的位置及变异信息采用染色体_物理位置：参考基因型/变异等位基因型的形式进行表示；所述822个SNP位点的位置及变异信息见表1；本发明专利技术通过对与抗病力性状紧密相关的822个SNP位点进行基因分型，从而实现对奶绵羊的先天抗病力性状的评估。实现对奶绵羊的先天抗病力性状的评估。

【技术实现步骤摘要】
一种与奶绵羊抗病力性状相关的SNP位点组合、探针、芯片及其应用


[0001]本专利技术属于分子育种
，具体涉及一种与奶绵羊抗病力性状相关的SNP位点组合、探针、芯片及其应用。

技术介绍

[0002]由于绵羊奶蛋白质含量高，组成最接近母乳，而随着人们生活水平的提高，对绵羊奶和奶绵羊的需求也在迅速增加，从而导致对奶绵羊的需求；而我国的奶绵羊产业刚刚起步，尚未形成产业集群，引进的高产奶绵羊个体及后代中，一部分会出现抗逆性较差的情况，比如容易患有乳房炎、呼吸道疾病、消化道疾病等疾病；而反复的生产实践证明，在不同品种或品系、甚至不同个体之间，对于同一病原经常表现出不同的敏感性或抵抗力，多数疾病的发生受遗传因素的控制，因此，从遗传因素方面入手，可以通过鉴定与抗病力性状紧密相关的单核苷酸多态性标记(Single nucleotide polymorphism，SNP)，将分子育种和表型选育有效结合，筛选先天性抗病力强的奶绵羊个体，对于提高抗逆个体选留的育种进程具有重要意义。

技术实现思路

[0003]本专利技术的目的在于克服现有技术中的缺陷，提供了一种与奶绵羊抗病力性状相关的SNP位点组合、探针、芯片及其应用。
[0004]为实现上述目的，本专利技术所采取的技术方案如下：
[0005]一种与奶绵羊抗病力性状相关的SNP位点组合，所述SNP位点组合包括822个SNP位点；所述822个SNP位点的物理位置是基于Oar_rambouillet_v1.0参考基因组比对确定的，Oar_rambouillet_v1.0参考基因组的获取网址为：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/genome/GCF_002742125.1/；所述SNP位点的位置及变异信息采用染色体_物理位置：参考基因型/变异等位基因型的形式进行表示；所述822个SNP位点的位置及位置及变异信息见表1；
[0006]表1
[0007][0008][0009][0010][0011][0012][0013][0014][0015]作为进一步的技术方案，抗病力包括抗乳房炎、抗呼吸道疾病、抗消化道疾病、抗口腔疾病中的一种或多种。
[0016]一套检测所述的与奶绵羊抗病力性状相关的SNP位点组合探针。
[0017]一种检测所述的与奶绵羊抗病力性状相关的SNP位点组合液相芯片。
[0018]一种所述的与奶绵羊抗病力性状相关的SNP位点组合在基因组选择育种、种质资源鉴定、亲缘关系鉴定和系谱纠偏、分子辅助育种、抗病力性状评估任一项中的应用。
[0019]一套所述的探针在基因组选择育种、种质资源鉴定、亲缘关系鉴定和系谱纠偏、分子辅助育种、抗病力性状评估任一项中的应用。
[0020]一种所述的液相芯片在基因组选择育种、种质资源鉴定、亲缘关系鉴定和系谱纠偏、分子辅助育种、抗病力性状评估任一项中的应用。
[0021]在本专利技术中，抗病力或先天抗病力指的是奶绵羊患病后的恢复能力，以奶绵羊患病后达到治愈所进行给药次数进行评估，给药次数越多，说明其抗病力或先天抗病力越弱，给药次数越少，说明其抗病力或先天抗病力越强。
[0022]与现有技术相比，本专利技术的有益效果在于：
[0023]1、本专利技术通过对与抗病力性状紧密相关的822个SNP位点的基因分型，可以对奶绵羊的先天抗病力进行评估，从而可应用于奶绵羊的基因组选择育种、分子辅助育种、种质资源鉴定、亲缘关系鉴定和系谱纠偏评估中，其分型检测准确性高、检测周期短、检测成本低，可进行大规模的位点检测，便于高效的开展抗病力分子标记和基因组选育工作；
[0024]2、本专利技术采用液相芯片及GBTS靶向测序基因型检测技术进行基因分型，其芯片具有可增删、高精准度、高灵敏度的特点。
附图说明
[0025]图1为各染色体上SNP位点数目分布情况图；
具体实施方式
[0026]下面将结合具体实施例对本专利技术的技术方案进行清楚、完整地描述，显然，所描述的实施例是本专利技术一部分实施例，而不是全部的实施例。基于本专利技术中的实施例，本领域普通技术人员在没有做出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施例，都属于本专利技术保护的范围。
[0027]实施例1：奶绵羊SNP芯片位点、探针及液相芯片产品的设计与开发
[0028]SNP位点开发时，对299只东佛里生羊和湖羊的级进杂交二代奶绵羊进行10x全基因组重测序，然后对测序数据利用BWA软件将数据比对到Oar_rambouillet_v1.0参考基因组，得到BAM文件，利用slct构建每个样本的GVCF文件，最后利用slmgvcf_gpu合并GVCF文件，得到657个样本的vcf文件；继续使用PLINK 1.9软件进行过滤(参数：
‑‑
mind 0.1
‑‑
maf0.01
‑‑
geno 0.1)，使用BCFtools 1.13软件(参数：
‑
m2
‑
M2
‑
vsnps)保留二等位基因，得到质控后的SNPs数据集；然后基于质控后的SNPs数据集，使用PLINK 1.9软件转换GWAS分析所需的bed、bim和fam文件并进行PCA主成分分析(参数：
‑‑
pca)以加入协变量校正群体分层差异，使用GEMMA 0.98.3软件(参数：
‑
gk 2计算k矩阵，
‑
k
‑
lmm 1使用wald检验计算显著性)进行GWAS，计算模型为:y＝Wα+xβ+u+ε，其中，y指所有个体表型值，W指协变量矩阵，包括PCA分析的前三个主成分，α是系数向量，x指标记基因型，β为标记位点的效应，u指个体随机效应，ε指随机误差；通过上述方法鉴定到与乳房炎相关SNP位点188个、呼吸道疾病相关位点322个、消化道疾病相关位点216个和口腔疾病相关SNP位点96个，共计822个与抗病力性状相关的SNP位点；822个SNP位点的位置及变异信息见表1，822个SNP位点在染色体上的数量分布情况见图1。
[0029]根据获得的822个SNP位点的上下游序列设计探针，探针长度100
‑
120nt，GC含量30
‑
80％之间，探针序列在染色体上同源数量小于5个，设计好的探针经合成后，制备成检测所述822个SNP位点的液相芯片。
[0030]实施例2：奶绵羊样本中822个SNP位点的基因分型检测
[0031]奶绵羊样本中822个SNP位点的基因分型检测方法，包括如下步骤：
[0032]步骤1、提取奶绵羊样本的基因组DNA，并构建样品文库；
[0033]步骤1.1、样品DNA提取：采用CTAB法对样品DNA进行提取。
[0034]步骤1.2、样品DNA质检：将测试样品DNA，用Qubit Fluorometric Quantitation(Thermo Fisher)对DNA浓度进行测本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种与奶绵羊抗病力性状相关的SNP位点组合，其特征在于，所述SNP位点组合包括822个SNP位点；所述822个SNP位点的物理位置是基于Oar_ramboui l let_v1.0参考基因组比对确定的；所述SNP位点的位置及变异信息采用染色体_物理位置：参考基因型/变异等位基因型的形式进行表示；所述822个SNP位点的位置及变异信息见表1；表1
2.根据权利要求1所述的一种与奶绵羊抗病力性状相关的SNP位点组合，其特征在于，所述抗病力包括抗乳房炎、抗呼吸道疾病、抗消化道疾病、抗口腔疾病中的一种或多种。3.一套检测如权利...

【专利技术属性】
技术研发人员：宋宇轩，张磊，李丹妮，安小鹏，赵雪洋，
申请(专利权)人：西北农林科技大学，
类型：发明
国别省市：