甲基化标志物组合及甲状腺结节的良恶性预测系统技术方案

本申请提供一种甲基化标志物组合及甲状腺结节的良恶性预测系统；所述甲状腺结节的良恶性预测系统包括：CpG位点检测模块，用于采用简化基因组甲基化测序技术检测样本的甲基化标志物组合中，每一甲基化标志物的CpG位点；DNA甲基化水平计算模块，用于根据CpG位点计算甲基化标志物的平均甲基化比例；平均甲基化比例作为甲基化标志物的DNA甲基化水平；模型构建模块，用于基于甲基化标志物组合构建数学模型；概率计算模块，用于根据数学模型和DNA甲基化水平计算样本恶性预测概率；良恶性预测模块，用于根据恶性预测概率预测甲状腺结节良恶性；本申请基于甲基化标志物的DNA甲基化水平，利用数学模型分辨甲状腺结节良恶性，实现了甲状腺结节精准诊断的目的。状腺结节精准诊断的目的。状腺结节精准诊断的目的。

【技术实现步骤摘要】
甲基化标志物组合及甲状腺结节的良恶性预测系统


[0001]本申请属于生物医药
，涉及甲状腺结节，特别是涉及一种甲基化标志物组合及甲状腺结节的良恶性预测系统。

技术介绍

[0002]甲状腺癌发病率近年来呈快速上升趋势，目前占女性恶性肿瘤第四位，中国每年新发甲状腺癌超过190000例；其中，以病理类型乳头状癌的分化型甲状腺癌占比超过90％。甲状腺乳头状癌(英文全称：Papillary Thyroid Cancer，简称PTC)预后良好，早期患者10年生存率可达90％，但是仍有约10％的中晚期患者在治疗过程中复发甚至死亡。因此，早期发现甲状腺癌可以大大提高患者生存率。
[0003]目前，甲状腺结节的良恶性鉴别仍是目前临床诊断的难点之一。甲状腺结节诊断主要依靠超声以及超声引导下的细针穿刺活检(英文全称：Fine Needle Aspiration Biopsy，简称：FNAB)，在FNAB筛查中，70％为良性结节，5％可确认为恶性结节，但剩余的15
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30％仍为不确定或可疑恶性。因此，甲状腺结节的良恶性鉴别对于增加PTC的早期确诊率非常关键。放射性碘131扫描是分化型甲状腺癌包括PTC癌灶残留、复发诊断、远端转移的一种常用标志物，总体灵敏度和特异性分别约76.6％，100％。虽特异性较高，但灵敏度尚不足以满足临床需求，并且放射性碘131扫描对患者身体也会造成一定的伤害。因此，寻找新的复发标志物也是PTC治疗的临床需求之一。
[0004]甲状腺腺瘤是由单一前体细胞发生基因突变或异常引起局部甲状腺增生、增殖的结果，是最常见的甲状腺良性肿瘤。甲状腺腺瘤可以发生在各个年龄阶段，以15～40岁中青年妇女多见，呈散发性，在发生群体和形态上较容易与甲状腺乳头状癌发生混淆。目前的分子诊断方法已广泛应用于临床诊断及预后，但这些方法适用范围相当有限并且敏感性仍有待提高。因此，我们亟需其他辅助手段来提高恶性肿瘤的检出率。
[0005]目前，分子诊断方法已广泛应用于临床。Gene Expression Classifier应用较为普遍，但其阳性预测值(Positive Predictive Value，PPV)只有47％，而且只能对新鲜的穿刺组织进行检测，限制了一些样本的应用；ThyroSeqv2检测良性结节经常携带的H/K/NRAS基因突变和RET/PTC基因重排，其PPV只有42％
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77％；此外，Diagnostic DNA Methylation Signature approach(DDMS)是一种基于DNA甲基化特征的诊断方法，用于甲状腺癌良恶性组织的鉴别，尽管该方法准确性很高，但文章中提到有部分样本由于技术原因无法用该方法检测。

技术实现思路

[0006]本申请的目的在于提供一种甲基化标志物组合及甲状腺结节的良恶性预测系统，用于解决上述
技术介绍
中指出的问题。
[0007]第一方面，本申请提供一种甲基化标志物组合，用于甲状腺结节的良恶性预测，所述甲基化标志物组合至少包括人类参考基因组HG19中的任意一个基因。
[0008]本申请中，提供一种甲基化标志物组合，用于基于该甲基化标志物组合实现甲状腺结节的良恶性预测，进而实现了甲状腺结节精准诊断的目的。
[0009]于第一方面的一实现方式中，所述甲基化标志物组合至少包括以下任意一种甲基化标志物或者任意两种以上的组合：chr10:127755315:127755329，chr10:131540647:131540665，chr10:7583263:7583585，chr1:1009436:1009446，chr11:132223348:132223362，chr1:12655938:12655986，chr1:12656049:12656087，chr1:12656114:12656212，chr1:150131152:150131195，chr11:57194421:57194572，chr11:61467427:61467677，chr1:16469961:16470254，chr11:66485659:66485748，chr11:68776334:68776454，chr1:206728940:206729178，chr12:113709826:113709917，chr12:130921495:130921516，chr12:132658230:132658253，chr12:52473498:52473570，chr12:53617281:53617288，chr13:110434440:110434531，chr13:20993965:20994635，chr1:3225535:3225554，chr1:3458732:3458796，chr14:105339256:105339324，chr1:44024150:44024343，chr1:53742533:53742563，chr16:1040885:1041345，chr16:2221016:2221027，chr16:29196138:29196163，chr1:64135451:64135481，chr16:49544665:49544684，chr1:68219906:68219961，chr16:83987072:83987089，chr17:17615143:17615260，chr17:3822436:3822454，chr17:40822524:40822748，chr17:48764006:48764335，chr17:70335343:70335440，chr17:70419210:70419362，chr17:75303167:75303253，chr17:79005616:79005733，chr18:55888640:55889088，chr19:10405083:10405335，chr19:15292472:15292542，chr19:18266683:18266849，chr19:1860594:1860609，chr19:2045657:2045679，chr19:3617663:3617702，chr19:3821072:3821102，chr19:41224085:41224106，chr19:448011:448049，chr19:7915447:7915463，chr20:24745681:24745742，chr20:25990346:25990604，chr20:2732865:2732896，chr20:2732998:2733010，chr20:31097645:31097727，chr20:61049497:61049538，chr2:10546789:10546852，chr2:128158772:128159132，chr21:45323571:45323636，chr21:45559747:45560004，chr21:46036642:46036672，chr2:1480873:1480884，本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种甲基化标志物组合，用于甲状腺结节的良恶性预测，其特征在于，所述甲基化标志物组合至少包括人类参考基因组HG19中的任何一个基因。2.根据权利要求1所述的甲基化标志物组合，其特征在于，所述甲基化标志物组合至少包括以下任意一种甲基化标志物或者任意两种以上的组合：chr10:127755315:127755329，chr10:131540647:131540665，chr10:7583263:7583585，chr1:1009436:1009446，chr11:132223348:132223362，chr1:12655938:12655986，chr1:12656049:12656087，chr1:12656114:12656212，chr1:150131152:150131195，chr11:57194421:57194572，chr11:61467427:61467677，chr1:16469961:16470254，chr11:66485659:66485748，chr11:68776334:68776454，chr1:206728940:206729178，chr12:113709826:113709917，chr12:130921495:130921516，chr12:132658230:132658253，chr12:52473498:52473570，chr12:53617281:53617288，chr13:110434440:110434531，chr13:20993965:20994635，chr1:3225535:3225554，chr1:3458732:3458796，chr14:105339256:105339324，chr1:44024150:44024343，chr1:53742533:53742563，chr16:1040885:1041345，chr16:2221016:2221027，chr16:29196138:29196163，chr1:64135451:64135481，chr16:49544665:49544684，chr1:68219906:68219961，chr16:83987072:83987089，chr17:17615143:17615260，chr17:3822436:3822454，chr17:40822524:40822748，chr17:48764006:48764335，chr17:70335343:70335440，chr17:70419210:70419362，chr17:75303167:75303253，chr17:79005616:79005733，chr18:55888640:55889088，chr19:10405083:10405335，chr19:15292472:15292542，chr19:18266683:18266849，chr19:1860594:1860609，chr19:2045657:2045679，chr19:3617663:3617702，chr19:3821072:3821102，chr19:41224085:41224106，chr19:448011:448049，chr19:7915447:7915463，chr20:24745681:24745742，chr20:25990346:25990604，chr20:2732865:2732896，chr20:2732998:2733010，chr20:31097645:31097727，chr20:61049497:61049538，chr2:10546789:10546852，chr2:128158772:128159132，chr21:45323571:45323636，chr21:45559747:45560004，chr21:46036642:46036672，chr2:1480873:1480884，chr2:1481089:1481102，chr22:20779825:20779953，chr22:23605452:23605541，chr22:37419994:37420244，chr22:37942889:37943008，chr22...

【专利技术属性】
技术研发人员：沈宇玲，来益，徐栋，周佳青，宋琳，
申请(专利权)人：上海交通大学医学院附属仁济医院，
类型：发明
国别省市：