一种用于检测β-地中海贫血基因突变的引物探针组合及其应用制造技术

本发明专利技术公开了一种用于检测β

【技术实现步骤摘要】
ID NO.3和SEQ ID NO.21；(4)SEQ ID NO.4和SEQ ID NO.22；(5)SEQ ID NO.5和SEQ ID NO.23；(6)SEQ ID NO.6和SEQ ID NO.24；(7)SEQ ID NO.7和SEQ ID NO.25；(8)SEQ ID NO.8和SEQ ID NO.26；(9)SEQ ID NO.9和SEQ ID NO.27；(10)SEQ ID NO.10和SEQ ID NO.28；(11)SEQ ID NO.11和SEQ ID NO.29；(12)SEQ ID NO.12和SEQ ID NO.30；(13)SEQ ID NO.13和SEQ ID NO.31；(14)SEQ ID NO.14和SEQ ID NO.32；(15)SEQ ID NO.15和SEQ ID NO.13；(16)SEQ ID NO.16和SEQ ID NO.34；(17)SEQ ID NO.17和SEQ ID NO.35；(18)SEQ ID NO.18和SEQ ID NO.36；
[0008]所述质量探针延伸引物的核酸序列包括SEQ ID NO.37～SEQ ID NO.59所示的序列。
[0009]本专利技术中，设计用于检测6个β
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地贫修饰基因(包括BCL11A、KLF1、HBS1L
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MYB intergenic polymorphism(HMIP)、HBG2、DNMT1、GATAD2A)的23个SNPs位点的引物组，包括18对扩增引物和23条质量探针延伸引物，可在一个反应管中完成6个β
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地贫修饰基因的23个SNPs位点检测，且具备高特异性和灵敏度。
[0010]第二方面，本专利技术提供第一方面所述的用于检测β
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地中海贫血修饰基因突变的引物组合在制备β
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地中海贫血修饰基因突变的检测产品中的应用。
[0011]第三方面，本专利技术提供一种检测β
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地中海贫血修饰基因突变的试剂盒，所述试剂盒包括第一方面所述的用于检测β
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地中海贫血修饰基因突变的引物组合。
[0012]优选地，所述试剂盒还包括PCR反应试剂、虾碱性磷酸酶(Shrimp Alkaline Phosphatase，SAP)反应试剂和质量探针延伸(Mass Primer Extension，MPE)反应试剂。
[0013]优选地，所述SAP反应试剂包括虾碱性磷酸酶。
[0014]优选地，所述MPE反应试剂包括单碱基延伸酶(Single Base Extension，SBE)。
[0015]第四方面，本专利技术提供第一方面所述的用于检测β
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地中海贫血修饰基因突变的引物组合或第三方面所述的检测β
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地中海贫血修饰基因突变的试剂盒在检测β
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地中海贫血修饰基因突变中的应用。
[0016]第五方面，本专利技术提供一种以非疾病诊断为目的的检测β
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地中海贫血修饰基因突变的方法，所述方法包括：
[0017]以待测样本中核酸为模板，利用第一方面所述的用于检测β
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地中海贫血修饰基因突变的引物组合依次进行PCR扩增、虾碱性磷酸酶反应(SAP反应)和质量探针延伸反应(MPE反应)，取MPE反应产物进行质谱检测，根据质谱检测结果判断基因分型。
[0018]本专利技术中，设计18对扩增引物和23条质量探针延伸引物，通过多重PCR技术、单碱基延申技术和MALDITOF技术的联用来检测检测β
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地贫修饰基因突变，可在一个反应管中完成6个β
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地贫修饰基因的23个SNPs位点检测，与传统Sanger测序技术相比，检测耗时短、通量高且花费成本更低。
[0019]优选地，所述PCR扩增的条件包括：
[0020]95℃预变性15min；
[0021]95℃变性15s，59℃退火30s，72℃延伸30s，进行30～40个循环；
[0022]60℃、10min；
[0023]4℃、维持。
[0024]优选地，所述SAP反应的条件包括：
[0025]37℃、40min；85℃、5min；4℃、维持。
[0026]优选地，所述MPE反应的条件包括：
[0027][0028]优选地，所述方法还包括对MPE反应产物进行除盐的步骤。
[0029]第六方面，本专利技术提供一种检测β
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地中海贫血修饰基因突变的装置，所述装置包括提取单元、反应单元和分析单元；
[0030]所述提取单元用于执行包括：
[0031]提取待测样本中核酸；
[0032]所述反应单元用于执行包括：
[0033]以待测样本中核酸为模板，利用第一方面所述的用于检测β
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地中海贫血修饰基因突变的引物组合依次进行PCR扩增、SAP反应和MPE反应；
[0034]所述分析单元用于执行包括：
[0035]取MPE反应产物进行质谱检测，根据质谱检测结果判断基因分型。
[0036]与现有技术相比，本专利技术具有以下有益效果：
[0037]本专利技术提供一种用于检测6个β
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地贫修饰基因(包括有BCL11A、KLF1、HBS1L
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MYB intergenic polymorphism(HMIP)、HBG2、DNMT1、GATAD2A)的23个SNPs位点的引物组合，包括18对扩增引物和23条质量探针延伸引物，在一个反应管中完成6个β
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地贫修饰基因的23个SNPs位点检测。对比Sanger测序技术检测耗时更短、通量更高且花费成本更低。
附图说明
[0038]图1A为SNPs位点(rs1160065459、rs10189857、rs372615040、rs7599488、rs137852688、rs483352840、rs6545816、rs9494142、rs483352838、rs7482144和rs4671393)的整体图谱；
[0039]图1B为SNPs位点(rs483352841、rs483352839、rs483352842、rs766432、rs1427407、rs6934903、rs387907598和rs375867652)的整体图谱；
[0040]图1C为SNPs位点(rs61749494、rs772591609、rs4895440和rs7776054)的整体图谱；
[0041]图2为rs7599488位点野生型结果(CC)质谱图；
[0042]图3为rs7599488位点突变杂合型结果(CT)质谱图；
[0043]图4为rs7599488位点突变纯合型结果(TT)质谱图；
[0044]图5为BCL11A基因rs1427407位点的核酸质谱结果：突变杂合GT；
[00本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种用于检测β
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地中海贫血修饰基因突变的引物组合，其特征在于，所引物组合包括18对扩增引物和23条质量探针延伸引物；所述扩增引物的核酸序列分别包括以下所示序列：(1)SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.19；(2)SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.20；(3)SEQ ID NO.3和SEQ ID NO.21；(4)SEQ ID NO.4和SEQ ID NO.22；(5)SEQ ID NO.5和SEQ ID NO.23；(6)SEQ ID NO.6和SEQ ID NO.24；(7)SEQ ID NO.7和SEQ ID NO.25；(8)SEQ ID NO.8和SEQ ID NO.26；(9)SEQ ID NO.9和SEQ ID NO.27；(10)SEQ ID NO.10和SEQ ID NO.28；(11)SEQ ID NO.11和SEQ ID NO.29；(12)SEQ ID NO.12和SEQ ID NO.30；(13)SEQ ID NO.13和SEQ ID NO.31；(14)SEQ ID NO.14和SEQ ID NO.32；(15)SEQ ID NO.15和SEQ ID NO.13；(16)SEQ ID NO.16和SEQ ID NO.34；(17)SEQ ID NO.17和SEQ ID NO.35；(18)SEQ ID NO.18和SEQ ID NO.36；所述质量探针延伸引物的河岸序列包括SEQ ID NO.37～SEQ ID NO.59所示的序列。2.根据权利要求1所述的用于检测β
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地中海贫血修饰基因突变的引物组合在制备β
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地中海贫血修饰基因突变的检测产品中的应用。3.一种检测β
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地中海贫血修饰基因突变的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括权利要求1所述的用于检测β
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地中海贫血修饰基因突变的引物组合。4.根据权利要求3所述的检测β
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地中海贫血修饰基因突变的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒还包括PCR反应试剂、虾碱性磷酸酶反应试剂和质量探针延伸反应试剂；优选...

【专利技术属性】
技术研发人员：曾利兰，徐湘民，黄利，马丹梓，叶宇华，华小云，
申请(专利权)人：南方医科大学，
类型：发明
国别省市：