鉴定鸭血糯的特异INDEL分子标记组合、其开发方法、相关试剂盒和应用技术

本发明专利技术提供了一种鉴定鸭血糯的特异INDEL分子标记组合，包括24对引物对，24对引物对的核苷酸序列分别如SEQ ID NO:1～SEQ ID NO:48所示。还提供了鉴定鸭血糯的特异INDEL分子标记组合的开发方法、鸭血糯鉴定试剂盒、采用上述的鉴定鸭血糯的特异INDEL分子标记组合鉴定鸭血糯的检测方法和上述的鉴定鸭血糯的特异INDEL分子标记组合的应用。本发明专利技术的鉴定鸭血糯的特异INDEL分子标记组合可用于精准鉴定鸭血糯，检测快速高效，特异性好，对于鸭血糯的的保护和开发利用具有重要意义，适于大规模推广应用。应用。

【技术实现步骤摘要】
鉴定鸭血糯的特异INDEL分子标记组合、其开发方法、相关试剂盒和应用


[0001]本专利技术涉及植物品种鉴定
，更具体地，涉及鸭血糯鉴定
，特别是指鉴定鸭血糯的特异INDEL分子标记组合、其开发方法、相关试剂盒和应用。

技术介绍

[0002]中国是亚洲栽培稻的起源中心之一，稻作历史悠久，稻种资源十分丰富。根据水稻的种植区域和形态特征等，一般将栽培水稻分为籼稻和粳稻两类。此外，根据稻米直链淀粉含量的有无，又可将水稻分为糯稻和非糯稻两类，与之对应的籼稻和粳稻来源的糯稻又称为籼糯和粳糯。中国糯稻资源非常丰富，尤其是地方糯稻品种众多，命名也较具地方特色。然而，由于缺乏系统的收集和管理，不少地方品种往往使用同一个名字，而使得其中的优异特色品种的鉴定和利用较为困难。
[0003]鸭血糯，又名红莲糯、血糯、补血糯等，是太湖地区名贵的糯稻地方品种。鸭血糯为中籼早熟糯稻，由于其易倒伏和产量不高缺陷，后期经育种单位进行了改良，形成了矮秆鸭血糯。此外，一些农户也会自行选育，形成了一些外观相似的血糯品系。从地方品种保护来看，基于植株形态特征的鉴定方法容易受到发育时期和环境等因素影响而无法进行品种的准确鉴定。尽管DNA指纹图谱法是鉴定植物品种的有效方式，但是针对特定品种需要进行大量分子标记的筛选，方法繁琐且不一定有效。
[0004]因此，基于特定品种的全基因序列分析，开发出能够精准高效鉴定鸭血糯原种的分子标记，对于鸭血糯的保护和开发利用具有重要意义。

技术实现思路

[0005]为了克服上述现有技术中的缺点，本专利技术的一个目的在于提供鉴定鸭血糯的特异INDEL分子标记组合，其可用于精准鉴定鸭血糯，检测快速高效，特异性好，对于鸭血糯的的保护和开发利用具有重要意义，适于大规模推广应用。
[0006]本专利技术的另一目的在于提供一种鉴定鸭血糯的特异INDEL分子标记组合的开发方法，其能够用于开发鉴定鸭血糯的特异INDEL分子标记组合，操作简便，适于大规模推广应用。
[0007]本专利技术的另一目的在于提供一种鸭血糯鉴定试剂盒，其可用于精准鉴定鸭血糯，检测快速高效，特异性好，对于鸭血糯的的保护和开发利用具有重要意义，适于大规模推广应用。
[0008]本专利技术的另一目的在于提供一种采用鉴定鸭血糯的特异INDEL分子标记组合鉴定鸭血糯的检测方法，其可用于精准鉴定鸭血糯，检测快速高效，特异性好，对于鸭血糯的的保护和开发利用具有重要意义，适于大规模推广应用。
[0009]本专利技术的另一目的在于提供一种鉴定鸭血糯的特异INDEL分子标记组合在鉴定鸭血糯中的应用，其可用于精准鉴定鸭血糯，检测快速高效，特异性好，对于鸭血糯的的保护
和开发利用具有重要意义，适于大规模推广应用。
[0010]为达到以上目的，在本专利技术的第一方面，提供了鉴定鸭血糯的特异INDEL分子标记组合，其特点是，包括24对引物对，24对所述引物对的核苷酸序列分别如SEQ ID NO:1～SEQ ID NO:48所示。
[0011]在本专利技术的第二方面，提供了一种上述的鉴定鸭血糯的特异INDEL分子标记组合的开发方法，其特点是，包括以下步骤：
[0012](1)采用全基因组重测序方式对包括鸭血糯在内的多个水稻品种进行重测序，寻找所述鸭血糯的基因组特异性序列缺失多态性位点；
[0013](2)基于所述基因组特异性序列缺失多态性位点，参考水稻日本晴基因组序列，分别在水稻的12条染色体上各选择若干个所述基因组特异性序列缺失多态性位点，根据选择的每个所述基因组特异性序列缺失多态性位点分别设计一对引物对；
[0014](3)用所述引物对对包括所述鸭血糯在内的两个以上糯稻品种进行PCR检测，验证能够特异性区分所述鸭血糯和其它所述糯稻品种的所述引物对，将能够特异性区分所述鸭血糯和其它所述糯稻品种的所述引物对作为所述的鉴定鸭血糯的特异INDEL分子标记组合。
[0015]较佳地，在所述步骤(1)中，所述水稻品种的数目为114份，114份所述水稻品种的名称如表1所示。
[0016]较佳地，在所述步骤(2)中，在每条所述染色体上各选择两个所述基因组特异性序列缺失多态性位点。
[0017]较佳地，在所述步骤(3)中，所述糯稻品种的数目为21份，21份所述糯稻品种分别为鸭血糯、薄稻(糯)、白壳糯1、红壳糯1、花壳糯、紫壳糯、红芒糯1、香粳糯1、香芝糯、香珠糯2、香糯稻、香饭稻(糯)、金坛糯1、槐花糯、洋糯稻2、细柴糯1、麻筋糯、红麻筋糯、燕子糯、江西糯和苏御糯。
[0018]在本专利技术的第三方面，提供了一种鸭血糯鉴定试剂盒，其特点是，包括上述的鉴定鸭血糯的特异INDEL分子标记组合。
[0019]在本专利技术的第四方面，提供了一种采用上述的鉴定鸭血糯的特异INDEL分子标记组合鉴定鸭血糯的检测方法，其特点是，包括以下步骤：
[0020]1)提取待鉴别水稻品种的基因组DNA；
[0021]2)采用上述的鉴定鸭血糯的特异INDEL分子标记组合对所述的待鉴别水稻品种的基因组DNA和作为对照的鸭血糯的基因组DNA进行PCR扩增，获得扩增产物；
[0022]3)对所述扩增产物进行凝胶电泳，如果所述的待鉴别水稻品种的基因组DNA的所述扩增产物与所述的鸭血糯的基因组DNA的所述扩增产物均相同，则所述的待鉴别水稻品种为鸭血糯。
[0023]较佳地，所述PCR扩增的退火温度为52℃～55℃，所述PCR扩增的退火时间为15s。
[0024]更佳地，所述的PCR扩增的退火温度为55℃。
[0025]在本专利技术的第五方面，提供了一种上述的鉴定鸭血糯的特异INDEL分子标记组合在鉴定鸭血糯中的应用。
[0026]本专利技术的有益效果在于：
[0027]a.本专利技术的鉴定鸭血糯的特异INDEL分子标记组合包括24对引物对，24对引物对
的核苷酸序列分别如SEQ ID NO:1～SEQ ID NO:48所示，因此，其可用于精准鉴定鸭血糯，检测快速高效，特异性好，对于鸭血糯的的保护和开发利用具有重要意义，适于大规模推广应用。
[0028]b.本专利技术的鉴定鸭血糯的特异INDEL分子标记组合的开发方法包括：(1)采用全基因组重测序方式对包括鸭血糯在内的多个水稻品种进行重测序，寻找鸭血糯的基因组特异性序列缺失多态性位点；(2)基于基因组特异性序列缺失多态性位点，参考水稻日本晴基因组序列，分别在水稻的12条染色体上各选择若干个基因组特异性序列缺失多态性位点，根据选择的每个基因组特异性序列缺失多态性位点分别设计一对引物对；(3)用引物对对包括鸭血糯在内的两个以上糯稻品种进行PCR检测，验证能够特异性区分鸭血糯和其它糯稻品种的引物对，将能够特异性区分鸭血糯和其它糯稻品种的引物对作为鉴定鸭血糯的特异INDEL分子标记组合，因此，其能够用于开发鉴定鸭血糯的特异INDEL分子标记组合，操作简便，适于大规模推广应用。
[0029]c.本专利技术的鸭血糯鉴定试剂盒包括上述的鉴定鸭血糯的特异INDEL本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.鉴定鸭血糯的特异INDEL分子标记组合，其特征在于，包括24对引物对，24对所述引物对的核苷酸序列分别如SEQ ID NO:1～SEQ ID NO:48所示。2.一种如权利要求1所述的鉴定鸭血糯的特异INDEL分子标记组合的开发方法，其特征在于，包括以下步骤：(1)采用全基因组重测序方式对包括鸭血糯在内的多个水稻品种进行重测序，寻找所述鸭血糯的基因组特异性序列缺失多态性位点；(2)基于所述基因组特异性序列缺失多态性位点，参考水稻日本晴基因组序列，分别在水稻的12条染色体上各选择若干个所述基因组特异性序列缺失多态性位点，根据选择的每个所述基因组特异性序列缺失多态性位点分别设计一对引物对；(3)用所述引物对对包括所述鸭血糯在内的两个以上糯稻品种进行PCR检测，验证能够特异性区分所述鸭血糯和其它所述糯稻品种的所述引物对，将能够特异性区分所述鸭血糯和其它所述糯稻品种的所述引物对作为所述的鉴定鸭血糯的特异INDEL分子标记组合。3.如权利要求2所述的鉴定鸭血糯的特异INDEL分子标记组合的开发方法，其特征在于，在所述步骤(1)中，所述水稻品种的数目为114份，114份所述水稻品种的名称如表1所示。4.如权利要求2所述的鉴定鸭血糯的特异INDEL分子标记组合的开发方法，其特征在于，在所述步骤(2)中，在每条所述染色体上各选择两个所述基因组特异性序列缺失多态性位点。5.如权利要求2所述的鉴定鸭...

【专利技术属性】
技术研发人员：朱正斌，张昌泉，曹敏旭，刘巧泉，沈雪林，周莲，邹鑫，
申请(专利权)人：扬州大学，
类型：发明
国别省市：