一种鉴定大围山微型鸡品种的分子标记组合及其应用制造技术

本发明专利技术公开了一种鉴定大围山微型鸡品种的分子标记组合及其应用，涉及分子生物学检测领域。该分子标记组合包括核苷酸序列分别如SEQ ID NO.1

【技术实现步骤摘要】
一种鉴定大围山微型鸡品种的分子标记组合及其应用


[0001]本专利技术涉及分子生物学检测领域，特别是涉及一种鉴定大围山微型鸡品种的分子标记组合及其应用。

技术介绍

[0002]大围山微型鸡(DaweishanMini chicken)俗称“香鸡”、“金鸡”、“娇鸡”，属于肉蛋兼用和竞技观赏型地方品种，原产地及中心产区为云南省红河哈尼族族自治州屏边苗族自治县，分布于屏边县、湾塘乡、白河乡等地。大围山微型鸡形成历史悠久，具有体型小、骨骼细、低脂肪、胸腿肌发达，灵活好斗，耐粗饲，抗病性强等特点。
[0003]单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，SNP)，主要是指在基因组DNA等位基因中单个核苷酸碱基(A、T、C、G)的变异引起的DNA序列多态性，具有数密度高，代表性强，遗传稳定，易实现分析的自动化等优点。这种变异包括转换、颠换、缺失和插入，实际上SNP变异要求等位基因最少具有1％或更多的频率，后两者非常少见，几乎可以忽略。因此SNP变异形式只有装换和颠换，二者的比例为2:1.
[0004]限制性酶切位点关联DNA测序技术(restriction
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site
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associated DNA sequencing，RAD
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seq)是在二代测序技术基础上发展起来的一种简化基因组技术。简化基因组测序(reduced
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representation sequencing)是在新一代测序基础上发展起来的一种新型测序方法，利用限制性内切酶打断基因组DNA，选取特定片段进行高通量测序，获得海量遗传多态性标签序列来充分代表目标物种全基因组信息。此方法具有降低了基因组的复杂程度，实验步骤简单，成本低，不依赖参考基因等优点AD测序文库构建是对基因组DNA片段进行酶切，产生一定大小的片段，选取一端带有酶切位点，另一端为随机打断点的片段进行建库测序。RAD
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seq操作简便，实验周期短，准确性高，同时不受参考基因组的限制，可快速鉴定出高密度的SNP。但是目前用于大围山微型鸡评价的分子标记功能单一，难以评价大围山微型鸡遗传多样性，并且存在对纯种鉴定方法不准确的问题，因此，基于简化基因组测序，针对大围山微型鸡进行单核苷酸多态性分子标记筛选具有重要意义。

技术实现思路

[0005]本专利技术的目的是提供一种鉴定大围山微型鸡品种的分子标记组合及其应用，以解决上述现有技术存在的问题，本专利技术提供的分子标记组合可以高效、准确评价大围山微型鸡个体的血缘纯度，实现品种鉴定，有利于缓解现有技术中由于缺少能够评价大围山微型鸡遗传多样性的分子标记和现有纯种鉴定方法不准确的问题。
[0006]为实现上述目的，本专利技术提供了如下方案：
[0007]本专利技术提供一种鉴定大围山微型鸡品种的SNP位点组合，包括下表所示的SNP位点：
[0008]SNP编号染色体SNP位置野生型突变型SNP1142284399AG
SNP2199918703TCSNP31111211903TCSNP41123493475TCSNP51161539901CTSNP61163016285GASNP7234143429GASNP8450985628CTSNP91115691201CGSNP10149284081CT。
[0009]本专利技术还提供一种鉴定大围山微型鸡品种的分子标记组合，所述分子标记组合包括核苷酸序列分别如SEQ ID NO.1
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10所示的分子标记；
[0010]SEQ ID NO.1所示分子标记的11bp处碱基存在突变位点SNP1，为A/G突变；
[0011]SEQ ID NO.2所示分子标记的11bp处碱基存在突变位点SNP2，为T/C突变；
[0012]SEQ ID NO.3所示分子标记的11bp处碱基存在突变位点SNP3，为T/C突变；
[0013]SEQ ID NO.4所示分子标记的11bp处碱基存在突变位点SNP4，为T/C突变；
[0014]SEQ ID NO.5所示分子标记的11bp处碱基存在突变位点SNP5，为C/T突变；
[0015]SEQ ID NO.6所示分子标记的11bp处碱基存在突变位点SNP6，为G/A突变；
[0016]SEQ ID NO.7所示分子标记的11bp处碱基存在突变位点SNP7，为G/A突变；
[0017]SEQ ID NO.8所示分子标记的11bp处碱基存在突变位点SNP8，为C/T突变；
[0018]SEQ ID NO.9所示分子标记的11bp处碱基存在突变位点SNP9，为C/G突变；
[0019]SEQ ID NO.10所示分子标记的11bp处碱基存在突变位点SNP10，为C/T突变。
[0020]进一步地，所述SNP1的基因型为AA、AG或GG；所述SNP2的基因型为TT、TC或CC；所述SNP3的基因型为TT、TC或CC；所述SNP4的基因型为TT、TC或CC；所述SNP5的基因型为CC、CT或TT；所述SNP6的基因型为GG、GA或AA；所述SNP7的基因型为GG、GA或AA；所述SNP8的基因型为CC、CT或TT；所述SNP9的基因型为CC、CG或GG；所述SNP10的基因型为CC、CT或TT。
[0021]本专利技术还提供一种鉴定大围山微型鸡品种的引物对组合，所述引物对组合包括如下表所示的引物对1
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10：
[0022][0023]本专利技术还提供上述的SNP位点组合、分子标记组合或引物对组合在鉴定大围山微型鸡品种中的应用。
[0024]本专利技术还提供上述的引物对组合在制备大围山微型鸡品种鉴定试剂盒中的应用。
[0025]本专利技术还提供一种大围山微型鸡品种鉴定试剂盒，包括上述的引物对组合。
[0026]本专利技术还提供一种鉴定大围山微型鸡品种的方法，包括以下步骤：
[0027](1)获取待测鸡个体的全基因组DNA，以所述全基因组DNA为模板，PCR扩增得到含有上述的SNP位点组合的基因片段组合；
[0028](2)对所述基因片段组合进行测序，鉴定出上述SNP位点组合中各SNP位点的基因型；
[0029](3)根据步骤(2)鉴定得到的基因型，以下列公式计算血缘评价总得分S：
[0030][0031]其中，Ai为SNPi对应基因型的最终权重；i为大于0且小于11的整数；
[0032]所述Ai的值根据下表得出：
[0033][0034](4)当所述血缘评价总得分S>50时，所述待测鸡个体为大围山微型鸡。
[0035]进一步地，在步骤(1)中，所述PCR扩增采用上述的引物对组合。
[0036]进一步地，在步骤(1)中，所述PCR扩增的反应程序为：95℃预变性5min；94℃变性40s，58℃退火温度40s，72℃延伸40s，35个循环；最后72℃延伸10min。本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种鉴定大围山微型鸡品种的SNP位点组合，其特征在于，包括下表所示的SNP位点：SNP编号染色体SNP位置野生型突变型SNP1142284399AGSNP2199918703TCSNP31111211903TCSNP41123493475TCSNP51161539901CTSNP61163016285GASNP7234143429GASNP8450985628CTSNP91115691201CGSNP10149284081CT。2.一种鉴定大围山微型鸡品种的分子标记组合，其特征在于，所述分子标记组合包括核苷酸序列分别如SEQ ID NO.1
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10所示的分子标记；SEQ ID NO.1所示分子标记的11bp处碱基存在突变位点SNP1，为A/G突变；SEQ ID NO.2所示分子标记的11bp处碱基存在突变位点SNP2，为T/C突变；SEQ ID NO.3所示分子标记的11bp处碱基存在突变位点SNP3，为T/C突变；SEQ ID NO.4所示分子标记的11bp处碱基存在突变位点SNP4，为T/C突变；SEQ ID NO.5所示分子标记的11bp处碱基存在突变位点SNP5，为C/T突变；SEQ ID NO.6所示分子标记的11bp处碱基存在突变位点SNP6，为G/A突变；SEQ ID NO.7所示分子标记的11bp处碱基存在突变位点SNP7，为G/A突变；SEQ ID NO.8所示分子标记的11bp处碱基存在突变位点SNP8，为C/T突变；SEQ ID NO.9所示分子标记的11bp处碱基存在突变位点SNP9，为C/G突变；SEQ ID NO.10所示分子标记的11bp处碱基存在突变位点SNP10，为C/T突变。3.根据权利要求2所述的分子标记组合，其特征在于，所述SNP1的基因型为AA、AG或GG；所述SNP2的基因型为TT、TC或CC；所述SNP3的基因型为TT...

【专利技术属性】
技术研发人员：张会永，韩威，李国辉，周成浩，殷建玫，薛倩，蒋一秀，苏一军，
申请(专利权)人：江苏省家禽科学研究所，
类型：发明
国别省市：