鉴定传染原的方法技术

本发明专利技术提供了一种检测、鉴定、分类、量化和/或表征传染原的方法。本发明专利技术涉及一种用于检测、鉴定、分类、量化和/或遗传表征传染原的方法，包括以下步骤：提供核酸序列样品；从核酸序列样品中分离出高质量核酸序列；从高质量核酸序列中分离出至少一种非人高质量核酸序列；从多个已知序列中鉴定最接近的已知序列，其中最接近的已知序列与多个已知序列中的至少一个非人高质量核酸序列共享最大量的相似性，并且其中多个已知序列包含传染原的序列。且其中多个已知序列包含传染原的序列。且其中多个已知序列包含传染原的序列。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】鉴定传染原的方法


[0001]本专利技术涉及医学，特别是微生物学和传染病领域。

技术介绍

[0002]传染原的直接检测、鉴定、分类、定量和表征传统上是通过基于培养、抗原检测/定量、通过目标扩增方法(qPCR、qTMA、LAMP等)的DNA或RNA基因组检测/定量和/或通过靶向测序(包括Sanger测序或下一代测序[NGS])的DNA或RNA序列分析的方法来进行。然而，所有这些方法都有局限性，如表1所示。
[0003][0004]传染综合征的症状通常不是病毒、真菌、细菌或寄生虫病原学特有的。然而，医学
微生物学被人为地分为与每个病原体家族相对应的不同亚专业，主要是因为诊断这些传染原的技术不同。
[0005]最先进的微生物学技术的主要局限性是检测到的传染原的谱有限。实际上，除了在没有先验条件下生长的细菌/真菌培养物外，这些方法只能检测数量非常有限的预定传染原(例如对于当前的综合征qPCR组(panels)，一种到少于二十种病原体，包括细菌、病毒、真菌和/或寄生虫)。如流行病学研究中所述，可检测和表征的预定传染原列表基于这些病原体作为相应传染综合征中致病原的频率。然而，许多可能导致这些传染的传染原被忽略了，而它们的频率不断变化，并可能在气候变化、大规模迁移、流行病、新的医疗实践(例如移植、免疫抑制、抗传染治疗
……
)等的背景下急剧增加。这些变化无法通过当前寻找有限的预定传染原组的诊断分析反映出来，这些传染原需要不断更新和增加，从而在客户实验室中产生高昂的开发和认证成本。
[0006]这种情况强调需要一种能够检测、鉴定、分类、量化和表征的技术，而无需预先确定任何导致人类或动物传染的病原体。此外，需要一种能够在常规实践中发现迄今为止未知的新传染性病原体的技术，以填补流行病学和病理生理学知识空白。
[0007]还需要一种技术能够提供有关分析样品中存在的任何病原体数量的信息。在特定情况下，此信息对于衡量疾病的严重程度、确认病原体在症状中的作用、确定传染的预后、做出治疗决定和/或遵循抗传染治疗的功效是必要的。目前，只有在单一病原体测定基础上(例如HIV、CMV、HCV、HBV)，才能使用目标扩增方法和少量预定病原体进行量化。对于其他传染原，仅开发了内部单一病原体测定方法，其无法转移到常规诊断实验室，而且市场太小，无法确保未来标准化商业检测方法的开发。
[0008]标准培养可以诊断细菌或真菌传染，但它们很耗时，并且由于培养性能、病原体存活的需要、在培养中生长不良或需要具体条件的病原体的特征，和/或通过施用抗生素而导致鉴定可能存在缺陷。最近靶向的宏基因组学工具提供了一种替代培养的方法。然而，他们的表现被证明不如传统培养。
[0009]因此，确实需要一种新的快速可靠，无需先验的病原体鉴定方法。

技术实现思路

[0010]本专利技术提供了检测、鉴定、分类、量化和/或遗传表征传染原的方法。本专利技术满足了上述需求。特别地，本专利技术由以下权利要求限定。
[0011]本专利技术涉及一种鉴定传染原的方法，包括以下步骤：
[0012]a.提供核酸序列样品；
[0013]b.从核酸序列样品中分离出高质量核酸序列；
[0014]c.从高质量核酸序列中分离出至少一种非动物高质量核酸序列；
[0015]d.从多个已知序列中鉴定最接近的已知序列，其中最接近的已知序列与多个已知序列中的至少一个非动物高质量核酸序列共享最大量的信息，并且其中多个已知序列包含传染原的序列，优选至少一个目标真菌鉴定基因，其中所述鉴定指示传染原。
[0016]该方法使得检测、鉴定、分类、量化和/或遗传表征传染原成为可能。
[0017]如本文所用，术语“传染原”是指引起动物传染的微生物。通常，生物体是病毒、细菌、寄生虫、原生动物和/或真菌。
[0018]如本文所用，术语“动物”是指包括人类的所有哺乳动物。它还包括处于所有发育阶段的单个动物，包括胚胎和胎儿阶段。该术语包括农场动物(猪、山羊、绵羊、牛、马、兔等)、啮齿动物(例如小鼠)和家养宠物(例如猫和狗)。本专利技术的方法特别适用于鉴定人中的传染原。
[0019]与其他已知技术不同，本专利技术可以足够准确地进行传染原的鉴定以应用于传染及其致病传染原的诊断。具体而言，该方法可以从污染物中区分目标传染原。为此，该方法可以进一步包括在于从去除任何目标核酸序列的样品中分离出高质量核酸序列的步骤。因此，如果在核酸序列样品中发现，所有鉴定的序列都被认为是污染物并被忽略。
[0020]该方法还可以包括进一步的步骤，在于对含有至少一个已知序列的核酸序列样品重复步骤a)至d)。此步骤允许验证该方法的使用条件并检测任何异常。此外，可以使用截止值来解释属于一种正确鉴定的传染原的序列数量，以确定样品对于传染原的存在是否应被视为阴性或阳性。传染原的存在(阳性检测)可以列在可用于微生物实验室的医学解释的报告中。
[0021]该方法还可以包括以下任何步骤：量化病原体载量，重建传染原的基因组并进行变异检出以鉴定与参考序列相比的核苷酸或氨基酸差异。
[0022]如本文所用，术语“核酸序列”是指单链或双链形式的DNA或RNA分子。“分离的核酸序列”是指不再存在于其分离的自然环境中的核酸序列，例如细胞中的核酸序列。
[0023]因此，核酸序列样品可能由大量DNA和RNA序列组成，但RNA序列可能足以实现本专利技术方法的目标。样品可以通过任何方式获得。可从患者或动物身上采集的样品性质多种多样。事实上，该技术已在组织(来自各种器官的冷冻和石蜡包埋活检)和体液(脑脊液、支气管肺泡灌洗液、痰液、全血、血浆、血清、脓液、尿液、房水、骨髓、腹水等)上得到验证。
[0024]优选地，管理工具可以监测来自多个患者或动物的多个样品并允许匿名跟踪目标样品。
[0025]在一些实施方案中，步骤a)包括在于提取核酸序列的子步骤，并且其中监控所述子步骤以产生至少包括提取进度和样品来源的信息。
[0026]为了提供核酸序列样品，可以进行在于样品的机械、酶促和化学裂解的组合的预提取，以及在于通过去除膜、脂质、蛋白质和任何其他细胞或细胞外成分的核酸的纯化的提取，以提供高质量核酸。
[0027]本专利技术的方法对仅从RNA序列中鉴定传染原特别有效。根据ISO15189规范的建议，可以包括环境对照(阴性对照)和阳性对照(包含8种细菌、2种真菌和4种病毒)。
[0028]在一些实施方案中，制备提取物的核酸序列文库，然后对所述核酸序列进行测序。
[0029]如本文所用，术语“测序”是指确定核酸中核苷酸顺序的过程。用于对核酸进行测序的多种方法是本领域众所周知的并且可以使用。在一些实施方案中，进行下一代测序。如本文所用，术语“下一代测序”具有本领域的一般含义，并且是指与传统的基于Sanger和毛细管电泳的方法相比具有更高通量的测序技术，例如能够产生一次读取数十万或数百万个相对较短的序列。下一代测序仪是本领域公知的并且可以包括基于不同技术的多种不同测本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.鉴定传染原的方法，包括以下步骤：a.提供核酸序列样品；b.从核酸序列样品中分离出高质量核酸序列；c.从高质量核酸序列中分离出至少一种非动物高质量核酸序列；d.从多个已知序列中鉴定最接近的已知序列，其中最接近的已知序列与多个已知序列中的至少一个非动物高质量核酸序列共享最大量的信息，其中多个已知序列包含传染原的序列，优选至少一个目标真菌鉴定基因，其中所述鉴定指示传染原。2.根据权利要求1所述的鉴定传染原的方法，其中步骤a包括在于提取核酸序列的子步骤，并且其中监控所述子步骤以生成信息，所述信息包括提取进度和样品来源中的至少一种。3.根据权利要求1或2所述的鉴定传染原的方法，其中步骤a中提供的核酸序列样品是RNA序列样品。4.根据权利要求1至3中任一项所述的鉴定传染原的方法，其中在步骤b中分离的高质量核酸序列是质量高于预定阈值的序列。5.根据权利要求1至4中任一项所述的鉴定传染原的方法，其中步骤d中的多个已知序列是数据库。6.根据权利要求5所述的鉴定传染原的方法，其中所述数据...

【专利技术属性】
技术研发人员：C，
申请(专利权)人：巴黎第十二大学巴黎公共救济院，
类型：发明
国别省市：